Metagenome Family F065862

Overview

Basic Information

• Family ID: F065862
• Family Type: Metagenome
• Number of Sequences: 127
• Average Sequence Length: 289 residues
• Representative Sequence: LTVSDRFTPAAFEIESVNNTVSDRFTPAAFEIESVKLTVSDRFTPAVFDIESVNNTVSDRFTPAVFEIESVNNTVSDRFTPAVFDIESVNNTVSDRFTPAVFDIESVNDTDSDRFTGAVFEIESVNDTDSVRFTGAVFEIESVNDTDSVRFTGAVFEIESVNDTDSVRFTGAVFDIESVNNTVSDRFTPAVFEIESVNDTDSDRFTGAVFEIESVKLTVSDRFTPAAFEIESVNNTVSDRFTPAAFDIESVNNTVSDRFTPAVFEIESVNDTDSDRFTG
• Number of Associated Samples: 35
• Number of Associated Scaffolds: 127

Quality Assessment

• Transcriptomic Evidence: No
• Most common taxonomic group: Unclassified
• % of genes with valid RBS motifs: 0.00 %
• % of genes near scaffold ends (potentially truncated): 99.21 %
• % of genes from short scaffolds (< 2000 bps): 99.21 %
• Associated GOLD sequencing projects: 31
• AlphaFold2 3D model prediction: Yes
• 3D model pTM-score: 0.72

Note: High quality evidence is represented by blue. Low quality evidence is represented by red.

Most Common Taxonomy

• Group: Unclassified (92.913 % of family members)
• NCBI Taxonomy ID: N/A
• Taxonomy: N/A

Most Common Ecosystem

• GOLD Ecosystem: Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Unclassified → Marine (53.543 % of family members)
• Environment Ontology (ENVO): Unclassified (99.213 % of family members)
• Earth Microbiome Project Ontology (EMPO): Unclassified (49.606 % of family members)

Structure & Topology

Predicted Secondary Structure and Topology

Predicted Topology & Secondary Structure

• Classification: Mixed
• Signal Peptide: No
• Secondary Structure distribution:
  α-helix: 0.00%
  β-sheet: 77.20%
  Coil/Unstructured: 22.80%

Predicted 3D Structure

Structural matches with SCOPe domains

SCOP family	SCOP domain	Representative PDB	TM-score
b.80.1.7: Pectin lyase-like	d1daba_	1dab	0.84
b.80.1.7: Pectin lyase-like	d1daba_	1dab	0.84
b.80.1.6: Pectin lyase-like	d2vfna_	2vfn	0.75
b.80.1.0: Pectin lyase-like	d3riqa_	3riq	0.75
b.80.1.6: Pectin lyase-like	d2vfna_	2vfn	0.75
b.80.1.0: Pectin lyase-like	d3riqa_	3riq	0.75
b.80.1.4: Pectin lyase-like	d7o78a_	7o78	0.73
b.80.1.4: Pectin lyase-like	d7o78a_	7o78	0.73
b.80.1.3: Pectin lyase-like	d1rmga_	1rmg	0.67
b.80.1.3: Pectin lyase-like	d1rmga_	1rmg	0.67

Phylogeny

NCBI Taxonomy

Level 1

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
All Organisms	root	All Organisms	7.09 %

Level 2

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
cellular organisms	root	All Organisms → cellular organisms	7.09 %

Level 3

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
Bacteria	superkingdom	All Organisms → cellular organisms → Bacteria	7.09 %

Level 4

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
Terrabacteria group	clade	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group	6.30 %

Level 5

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
Firmicutes	phylum	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes	6.30 %

Level 6

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
Bacilli	class	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli	6.30 %

Level 7

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
Lactobacillales	order	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales	6.30 %

Level 8

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
Streptococcaceae	family	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae	6.30 %

Level 9

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
Streptococcus	genus	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus	6.30 %

Level 10

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
Streptococcus parasanguinis	species	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus parasanguinis	3.15 %
Streptococcus suis	species	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus suis	1.57 %
Streptococcus agalactiae	species	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus agalactiae	0.79 %
unclassified Streptococcus	no rank	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → unclassified Streptococcus	0.79 %

Level 11

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	92.91 %
Streptococcus parasanguinis	species	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus parasanguinis	3.15 %
Streptococcus suis	species	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus suis	1.57 %
Streptococcus sp. HSISM1	species	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → unclassified Streptococcus → Streptococcus sp. HSISM1	0.79 %
Streptococcus agalactiae	species	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus agalactiae	0.79 %

Associated Scaffolds

Scaffold	Taxonomy	Length
3300001781|Deep_1057733	Not Available	774
3300005953|Ga0066383_10135781	Not Available	734
3300005953|Ga0066383_10138771	Not Available	725
3300005969|Ga0066369_10114386	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus parasanguinis	910
3300005969|Ga0066369_10125866	Not Available	860
3300005969|Ga0066369_10140660	Not Available	806
3300005969|Ga0066369_10155147	Not Available	760
3300006002|Ga0066368_10147954	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus parasanguinis	804
3300006002|Ga0066368_10164950	Not Available	757
3300006002|Ga0066368_10168497	Not Available	748
3300006012|Ga0066374_10108224	Not Available	800
3300006019|Ga0066375_10108329	Not Available	887
3300006019|Ga0066375_10142432	Not Available	756
3300006304|Ga0068504_1087510	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus suis	987
3300006316|Ga0068473_1366471	Not Available	833
3300006330|Ga0068483_1260589	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → unclassified Streptococcus → Streptococcus sp. HSISM1	780
3300006330|Ga0068483_1263180	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus parasanguinis	795
3300006331|Ga0068488_1237166	Not Available	812
3300006338|Ga0068482_1465371	Not Available	713
3300006340|Ga0068503_10498117	Not Available	826
3300006346|Ga0099696_1108247	Not Available	856
3300006346|Ga0099696_1313672	Not Available	762
3300006347|Ga0099697_1157922	Not Available	676
3300006347|Ga0099697_1194840	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus suis	1915
3300006347|Ga0099697_1200154	Not Available	1061
3300006347|Ga0099697_1370286	Not Available	779
3300006347|Ga0099697_1402694	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus agalactiae	772
3300006567|Ga0099958_1031600	Not Available	1082
3300006567|Ga0099958_1035429	Not Available	716
3300006567|Ga0099958_1037763	All Organisms → cellular organisms → Bacteria	1993
3300006900|Ga0066376_10280694	Not Available	977
3300006900|Ga0066376_10381986	Not Available	809
3300007160|Ga0099959_1086864	Not Available	1064
3300007160|Ga0099959_1139558	All Organisms → cellular organisms → Bacteria → Terrabacteria group → Firmicutes → Bacilli → Lactobacillales → Streptococcaceae → Streptococcus → Streptococcus parasanguinis	858
3300007160|Ga0099959_1150128	Not Available	938
3300007160|Ga0099959_1265304	Not Available	840
3300007160|Ga0099959_1269678	Not Available	875
3300007160|Ga0099959_1340281	Not Available	753
3300020434|Ga0211670_10215534	Not Available	779
3300025183|Ga0208700_1021594	Not Available	839
3300025184|Ga0208832_108649	Not Available	767
3300026080|Ga0207963_1082564	Not Available	729
3300026087|Ga0208113_1074109	Not Available	826
3300026108|Ga0208391_1067489	Not Available	778
3300026119|Ga0207966_1066441	Not Available	900
3300026119|Ga0207966_1092122	Not Available	719
3300026119|Ga0207966_1093246	Not Available	713
3300026253|Ga0208879_1117175	Not Available	1119
3300026253|Ga0208879_1122278	Not Available	1086
3300026253|Ga0208879_1180723	Not Available	831
3300026253|Ga0208879_1186985	Not Available	812
3300026253|Ga0208879_1191654	Not Available	798
3300026253|Ga0208879_1193401	Not Available	793
3300026253|Ga0208879_1195084	Not Available	788
3300026253|Ga0208879_1197227	Not Available	782
3300027685|Ga0209554_1094972	Not Available	985
3300027685|Ga0209554_1105490	Not Available	916
3300027685|Ga0209554_1141135	Not Available	746
3300028190|Ga0257108_1109544	Not Available	815
3300028190|Ga0257108_1122201	Not Available	764
3300028487|Ga0257109_1118657	Not Available	793
3300028488|Ga0257113_1114145	Not Available	829
3300028489|Ga0257112_10189771	Not Available	720
3300031800|Ga0310122_10110208	Not Available	1362
3300031800|Ga0310122_10112801	Not Available	1342
3300031800|Ga0310122_10113514	Not Available	1337
3300031800|Ga0310122_10143070	Not Available	1152
3300031800|Ga0310122_10143275	Not Available	1151
3300031800|Ga0310122_10144281	Not Available	1146
3300031800|Ga0310122_10158289	Not Available	1080
3300031800|Ga0310122_10164826	Not Available	1052
3300031800|Ga0310122_10168957	Not Available	1035
3300031800|Ga0310122_10172013	Not Available	1023
3300031800|Ga0310122_10179144	Not Available	996
3300031800|Ga0310122_10185142	Not Available	975
3300031800|Ga0310122_10190566	Not Available	956
3300031800|Ga0310122_10194349	Not Available	944
3300031800|Ga0310122_10196444	Not Available	937
3300031800|Ga0310122_10201555	Not Available	921
3300031800|Ga0310122_10219094	Not Available	872
3300031800|Ga0310122_10232821	Not Available	838
3300031800|Ga0310122_10234867	Not Available	833
3300031800|Ga0310122_10235774	Not Available	831
3300031800|Ga0310122_10239296	Not Available	823
3300031800|Ga0310122_10239298	Not Available	823
3300031800|Ga0310122_10242465	Not Available	816
3300031800|Ga0310122_10249676	Not Available	800
3300031800|Ga0310122_10256987	Not Available	785
3300031800|Ga0310122_10264498	Not Available	770
3300031800|Ga0310122_10272348	Not Available	755
3300031800|Ga0310122_10272907	Not Available	754
3300031800|Ga0310122_10280236	Not Available	741
3300031800|Ga0310122_10281300	Not Available	739
3300031800|Ga0310122_10282461	Not Available	737
3300031800|Ga0310122_10287243	Not Available	729
3300031800|Ga0310122_10289676	Not Available	725
3300031800|Ga0310122_10292839	Not Available	720
3300031801|Ga0310121_10226214	Not Available	1126
3300031801|Ga0310121_10300090	Not Available	941
3300031801|Ga0310121_10304021	Not Available	933
3300031801|Ga0310121_10396672	Not Available	784
3300031802|Ga0310123_10217616	Not Available	1282
3300031802|Ga0310123_10256052	Not Available	1163
3300031802|Ga0310123_10270846	Not Available	1124
3300031802|Ga0310123_10407137	Not Available	873
3300031802|Ga0310123_10410028	Not Available	869
3300031802|Ga0310123_10430185	Not Available	843
3300031802|Ga0310123_10484809	Not Available	781
3300031802|Ga0310123_10490613	Not Available	775
3300031802|Ga0310123_10497617	Not Available	768
3300031802|Ga0310123_10508897	Not Available	757
3300031802|Ga0310123_10509548	Not Available	757
3300031802|Ga0310123_10522683	Not Available	744
3300031803|Ga0310120_10097405	Not Available	1686
3300031803|Ga0310120_10176164	Not Available	1183
3300031803|Ga0310120_10184755	Not Available	1149
3300031803|Ga0310120_10209008	Not Available	1065
3300031803|Ga0310120_10226412	Not Available	1013
3300031803|Ga0310120_10230321	Not Available	1002
3300031803|Ga0310120_10252642	Not Available	945
3300031803|Ga0310120_10280878	Not Available	883
3300031803|Ga0310120_10322931	Not Available	808
3300031803|Ga0310120_10327378	Not Available	801
3300031803|Ga0310120_10331950	Not Available	794
3300031803|Ga0310120_10340681	Not Available	781
3300031804|Ga0310124_10430575	Not Available	780

Environmental Properties

Associated Habitat Types

Ecosystem

Habitat	Taxonomy	Distribution
Environmental	Environmental	100.00%

Class

Habitat	Taxonomy	Distribution
Aquatic	Environmental → Aquatic	100.00%

Category

Habitat	Taxonomy	Distribution
Marine	Environmental → Aquatic → Marine	100.00%

Type

Habitat	Taxonomy	Distribution
Oceanic	Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic	98.43%
Unclassified	Environmental → Aquatic → Marine → Unclassified	0.79%
Hydrothermal Vents	Environmental → Aquatic → Marine → Hydrothermal Vents	0.79%

Subtype

Habitat	Taxonomy	Distribution
Unclassified	Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Unclassified	80.31%
Photic Zone	Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Photic Zone	12.60%
Aphotic Zone	Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Aphotic Zone	5.51%
Unclassified	Environmental → Aquatic → Marine → Unclassified → Unclassified	0.79%
Unclassified	Environmental → Aquatic → Marine → Hydrothermal Vents → Unclassified	0.79%

Habitat

Habitat	Taxonomy	Distribution
Marine	Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Unclassified → Marine	53.54%
Marine	Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Unclassified → Marine	25.20%
Marine	Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Photic Zone → Marine	12.60%
Marine	Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Aphotic Zone → Marine	5.51%
Deep Ocean	Environmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Unclassified → Deep Ocean	1.57%
Marine	Environmental → Aquatic → Marine → Unclassified → Unclassified → Marine	0.79%
Hydrothermal Vent Plume	Environmental → Aquatic → Marine → Hydrothermal Vents → Unclassified → Hydrothermal Vent Plume	0.79%

Associated Samples

Taxon OID	Sample Name	Habitat Type
3300001781	Hydrothermal vent plume microbial communities from the Mid Cayman Rise - Deep Sites	Environmental
3300005953	Seawater microbial communities from Saanich Inlet, British Columbia, Canada - Knorr_S23_td_Bottom_ad_3770_LV_A	Environmental
3300005969	Seawater microbial communities from Saanich Inlet, British Columbia, Canada - Knorr_S7_td_Bottom_ad_4513_LV_A	Environmental
3300006002	Seawater microbial communities from Saanich Inlet, British Columbia, Canada - Knorr_S7_td_NADW_ad_2505m_LV_A	Environmental
3300006012	Seawater microbial communities from Saanich Inlet, British Columbia, Canada - Knorr_S15_td_AAIW_ad_750m_LV_A	Environmental
3300006019	Seawater microbial communities from Saanich Inlet, British Columbia, Canada - Knorr_S15_td_NADW_ad_2500m_LV_A	Environmental
3300006304	Marine microbial communities from North Pacific Subtropical Gyre, Station ALOHA - HOT238_1_1000m	Environmental
3300006316	Marine microbial communities from North Pacific Subtropical Gyre, Station ALOHA - HOT229_1_1000m	Environmental
3300006330	Marine microbial communities from North Pacific Subtropical Gyre, Station ALOHA - HOT232_1_1000m	Environmental
3300006331	Marine microbial communities from North Pacific Subtropical Gyre, Station ALOHA - HOT233_1_1000m	Environmental
3300006338	Marine microbial communities from North Pacific Subtropical Gyre, Station ALOHA - HOT232_1_0770m	Environmental
3300006340	Marine microbial communities from North Pacific Subtropical Gyre, Station ALOHA - HOT238_2_0770m	Environmental
3300006346	Marine microbial communities from North Pacific Subtropical Gyre, Station ALOHA - HOT224_1_0770m	Environmental
3300006347	Marine microbial communities from North Pacific Subtropical Gyre, Station ALOHA - HOT224_1_1000m	Environmental
3300006567	Marine microbial communities from North Pacific Subtropical Gyre, Station ALOHA - HOT225_1_0770m	Environmental
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