Metagenome Family F018297

Overview

Basic Information

• Family ID: F018297
• Family Type: Metagenome
• Number of Sequences: 235
• Average Sequence Length: 168 residues
• Representative Sequence: TAVQQWFNGGTTVDQQWFNRGTTVVQQWYNSGSTVVQQWFNSGTTVVQQWLNSGSTVFQQWYNSGPTVVRQWFNSGSTVVQQWYNRGSTVVQHWFNSGTTVVQQWFNSGSTVVQQWFNRGTAVVQQWFNSGSTVVQQWFNRGTAVVQQWFNSGSTVVQ
• Number of Associated Samples: 29
• Number of Associated Scaffolds: 227

Quality Assessment

• Transcriptomic Evidence: No
• Most common taxonomic group: Unclassified
• % of genes with valid RBS motifs: 0.00 %
• % of genes near scaffold ends (potentially truncated): 0.00 %
• % of genes from short scaffolds (< 2000 bps): 0.00 %
• Associated GOLD sequencing projects: 20
• AlphaFold2 3D model prediction: Yes
• 3D model pTM-score: 0.86

Note: High quality evidence is represented by blue. Low quality evidence is represented by red.

Most Common Taxonomy

• Group: Unclassified (100.000 % of family members)
• NCBI Taxonomy ID: N/A
• Taxonomy: N/A

Most Common Ecosystem

• GOLD Ecosystem: Environmental → Terrestrial → Peat → Unclassified → Unclassified → Bog (97.447 % of family members)
• Environment Ontology (ENVO): Unclassified (57.447 % of family members)
• Earth Microbiome Project Ontology (EMPO): Unclassified (65.106 % of family members)

Structure & Topology

Predicted Secondary Structure and Topology

Predicted Topology & Secondary Structure

• Classification: Mixed
• Signal Peptide: No
• Secondary Structure distribution:
  α-helix: 0.00%
  β-sheet: 59.14%
  Coil/Unstructured: 40.86%

Predicted 3D Structure

Structural matches with SCOPe domains

SCOP family	SCOP domain	Representative PDB	TM-score
b.80.6.1: Stabilizer of iron transporter SufD	d1vh4a_	1vh4	0.86
b.80.6.1: Stabilizer of iron transporter SufD	d1vh4a_	1vh4	0.86
b.80.1.3: Pectin lyase-like	d1bhea_	1bhe	0.76
b.80.1.3: Pectin lyase-like	d1hg8a_	1hg8	0.76
b.80.1.0: Pectin lyase-like	d4c2la_	4c2l	0.76
b.80.1.4: Pectin lyase-like	d7o78a_	7o78	0.76
b.80.1.3: Pectin lyase-like	d1bhea_	1bhe	0.76
b.80.1.3: Pectin lyase-like	d1hg8a_	1hg8	0.76
b.80.1.0: Pectin lyase-like	d4c2la_	4c2l	0.76
b.80.1.4: Pectin lyase-like	d7o78a_	7o78	0.76

Phylogeny

NCBI Taxonomy

Name	Rank	Taxonomy	Distribution
Unclassified	root	N/A	100.00 %

Environmental Properties

Associated Habitat Types

Ecosystem

Habitat	Taxonomy	Distribution
Environmental	Environmental	100.00%

Class

Habitat	Taxonomy	Distribution
Terrestrial	Environmental → Terrestrial	100.00%

Category

Habitat	Taxonomy	Distribution
Peat	Environmental → Terrestrial → Peat	98.72%
Plant Litter	Environmental → Terrestrial → Plant Litter	0.85%
Soil	Environmental → Terrestrial → Soil	0.43%

Type

Habitat	Taxonomy	Distribution
Unclassified	Environmental → Terrestrial → Peat → Unclassified	98.72%
Unclassified	Environmental → Terrestrial → Plant Litter → Unclassified	0.85%
Unclassified	Environmental → Terrestrial → Soil → Unclassified	0.43%

Subtype

Habitat	Taxonomy	Distribution
Unclassified	Environmental → Terrestrial → Peat → Unclassified → Unclassified	98.72%
Unclassified	Environmental → Terrestrial → Plant Litter → Unclassified → Unclassified	0.85%
Unclassified	Environmental → Terrestrial → Soil → Unclassified → Unclassified	0.43%

Habitat

Habitat	Taxonomy	Distribution
Bog	Environmental → Terrestrial → Peat → Unclassified → Unclassified → Bog	97.45%
Fen	Environmental → Terrestrial → Peat → Unclassified → Unclassified → Fen	1.28%
Plant Litter	Environmental → Terrestrial → Plant Litter → Unclassified → Unclassified → Plant Litter	0.85%
Soil	Environmental → Terrestrial → Soil → Unclassified → Unclassified → Soil	0.43%

Associated Samples

Taxon OID	Sample Name	Habitat Type
3300028012	Plant litter microbial communities from Maridalen valley, Oslo, Norway - NLE4	Environmental
3300028572	Peat permafrost microbial communities from Stordalen Mire near Abisko, Sweden - I_Bog_N2_1	Environmental
3300028766	Peat permafrost microbial communities from Stordalen Mire near Abisko, Sweden - III_Bog_E2_2	Environmental
3300028854	Peat permafrost microbial communities from Stordalen Mire near Abisko, Sweden - III_Bog_E2_1	Environmental
3300028859	Peat permafrost microbial communities from Stordalen Mire near Abisko, Sweden - III_Bog_E1_1	Environmental
3300028873	Peat permafrost microbial communities from Stordalen Mire near Abisko, Sweden - II_Bog_N2_1	Environmental
3300028874	Peat permafrost microbial communities from Stordalen Mire near Abisko, Sweden - I_Bog_N3_1	Environmental
3300028909	Peat permafrost microbial communities from Stordalen Mire near Abisko, Sweden - II_Bog_N3_1	Environmental
3300029908	II_Bog_E1 coassembly	Environmental
3300029914	III_Bog_E2 coassembly	Environmental
3300029915	III_Bog_E1 coassembly	Environmental
3300029917	I_Bog_E1 coassembly	Environmental
3300029922	III_Fen_E1 coassembly	Environmental
3300029945	I_Bog_N2 coassembly	Environmental
3300029952	II_Bog_N3 coassembly	Environmental
3300029953	II_Bog_E3 coassembly	Environmental
3300029954	I_Bog_N3 coassembly	Environmental
3300030004	Peat permafrost microbial communities from Stordalen Mire near Abisko, Sweden - II_Bog_E1_1	Environmental
3300030011	Peat permafrost microbial communities from Stordalen Mire near Abisko, Sweden - III_Bog_E2_3	Environmental
3300030044	Peat permafrost microbial communities from Stordalen Mire near Abisko, Sweden - III_Fen_E1_2	Environmental
3300030049	Peat permafrost microbial communities from Stordalen Mire near Abisko, Sweden - II_Bog_E3_1	Environmental
3300030507	Peat permafrost microbial communities from Stordalen Mire near Abisko, Sweden - II_Bog_E3_2	Environmental
3300030508	Peat permafrost microbial communities from Stordalen Mire near Abisko, Sweden - II_Bog_E1_2	Environmental
3300030688	II_Bog_N2 coassembly	Environmental
3300031258	Peat permafrost microbial communities from Stordalen Mire near Abisko, Sweden - Bog_T0_1	Environmental
3300031261	Peat permafrost microbial communities from Stordalen Mire near Abisko, Sweden - I_Bog_E1_1	Environmental
3300031524	Peat permafrost microbial communities from Stordalen Mire near Abisko, Sweden - Bog_T0_3	Environmental
3300031708	FICUS49499 Metagenome Czech Republic combined assembly	Environmental
3300031788	Peat permafrost microbial communities from Stordalen Mire near Abisko, Sweden - Bog_T0_2	Environmental

Family Sequences

Protein ID	Sample Taxon ID	Habitat	Sequence
Ga0265346_1012442	3300028012	Plant Litter	VVQQWFNSGSTQVQQWFNSGSTVVQQWFNSGSTVVQQRYNSSSTVVQQWFNSGSTVVQQWFNRGTTVEQQWYNSGSTVVNQWFNSGSTVVQKRYSIFTAVVHSGSTVVQQRNNSGLTVVQKWFNCGSTVVQQWFNSGSTVVQQRYNSGLRLVQQWYSNGTTVVQQWFNNGTTVVQQWFNSGSTLVQQWFNSGSTVVQQWFNNGSTVVRQRYNSGTAVV
Ga0265346_1026192	3300028012	Plant Litter	VSGTTVVQQWFNSGSTVVQQWYNSGSTVQQWYNSGTTVVQQWFNSGSTVVQQWFNNGSTVVEQWFNRGSTEVQQWYISGSTVVQQWFNNGITVVQQWFNSGSTVVQQWFNSGSTVVQQWFNSGSTVVQLWF
Ga0302152_100731122	3300028572	Bog	VIQQWFNCGSKVVEQWFNRGSTEVQQQYNSGSTVVQQWFNSGSTELQQWFNCGSTVVQQWYNSGSTVVQQWFNRGTTVVQQWFNTGSTEVQQWYNSGSTVVQQWFNSGLTVVQQWFNRGPTVVQQWFN
Ga0302152_101950281	3300028572	Bog	TVVQQCLNNGSTVDQQWFNSGSTVVQQWFNSGSTVVQQWYNSGSTVVQQWFNSGSTVVQQWFNSGSTVVQQWYNSGTAVVQQWFNSGSTMVQQWFNSGSTEYNGGSTVVQQWFNSGTTVVQQWFNSGSTVVQQWFISGSTVVQQWFNRGTTVVQQWFNSGSTVVQQRYNSGTAVVQQWFNSGSTVVQQWFNSLSKVVQQWYSSGSTVVQQWFNRGATD
Ga0302152_102539001	3300028572	Bog	VVQQWFNSGSTVVQQWFNSGKHRGTTVVQQWYNSGSTVAQQWFNSGGTVVEQWLNSGSTVVPQWCNSGSTVVQQWYNSRTTVVQQWFNSGSTEVQQWYSSGTTVVHQRYNSGTAVVHQWF
Ga0302152_102862851	3300028572	Bog	VVQQWFNSGSTVVQQWFNSGETEIQQYNSGTAVVQQWFNSGTTVVQQWFNNGSIVVQQRFNSGTTVIQQWYNSGTAVVQQRFNSGSTVVQQFFNSGSIVVQQWFNSGSTVVQQWFNNGSTVVQQWFNNGSTVVQLWFNSGSTVVQQWFNSGETEIQQYNSGTAVVQQ
Ga0302152_102879491	3300028572	Bog	TTVIQQWFNSGSTVVQQLFNNGTTLVQQWFNSGSTEVQQLYSSGTTVVQQWFNSGSTVVQQWFNRGTTVVQEWYNSDSTVVQEWFNSGTTVVQQWFNSGLTEVQQWYSSGTTVAQQWFNSGSTVVRKWFDSGSTVVQQWYNTGSTVVQQWFNRGTTVVQQ
Ga0302269_10757811	3300028766	Bog	WFNSGSTVVQQWYNSGTAVVQQWFNSGSTMVQQWFNSGSTEYNGGSTVVQQWFNSGTTVVQQWFNSGSTVVQQWFISGSTVVQQWFNRGTTVVQQWFNSGSTVVQQRYNSGTAVVQQWFNSGSTVVQQWFNSLSKVVQQWYSSGSTVVQQWFNRGATVVKQWYNSG
Ga0302269_10839631	3300028766	Bog	VVQQWLKSGTTVVQQWFNSGSTEVQLWYSSGTTVVQQWFNSGSSVIEQWFNSGSTVVQPWFNSGSTVVQQWFNSGSTVIQQRYNSGSTVVQQWYNSDSTVVQQWFNRSTTVEQQWFNIGSTVEQQWYNSGSTVVHQWFNSGSTVVQKRYSSFT
Ga0302269_11219111	3300028766	Bog	VVQQWYNSGSTVVQQIYNSGTVVGQQWFNSGSTVVQQWYSSGTTVVQQWFNSDTAVVQQWFNSGSAVVQQWFNRGTTVIQQWYSSGTTVVQQWFHSGSTVVQQWFNSDLTVVQLWFNSASTVVQQWYSSGTTVVQQWFNSGSTVVQQWFNSGSTEVQQWFKSGSTVVQQWFNSGSTVVQQWFNSGTTVVQQWFNRSTTVVQQWFNRGSTVVQQRYNSGITVVQQ
Ga0302269_11248661	3300028766	Bog	STVFNSGSTVVQQWFNSGSTVVQQWYSSGTTVVQKWFNSGSTVIQQWFNSDSTVVQQWYNSGSTQVQQWYSSGTTAVQQWFNSGTTVVQQWFNSSSTMVQQWFNSGSIMVQLWFNSGSTVVQQWYNSVSTVVQHRCNSGSTVVQQRYNSGSIVVQQWFHGGSIVVQQRFNSGTTVVQQWFNSGSTQVQQWYSSGTKRFNSGTTVFQQWFNSGSTVVQQWFSSGSTEVRQWYSSGTTVVQKWFNSCSTV
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Ga0302269_12231511	3300028766	Bog	VVQQWFNSGSTVVQQWFNSGSTVVQQWYNRGSTVVQQWFNSGTTVVQQWFNSGSTAVQQRYNSGTTVVQQWFNSDSTVVQQWFNSGSTVVQQRYNSASTVVQQWFNSGSTEVQQWFNSGSTVVPM
Ga0302269_12399711	3300028766	Bog	VVQQRYNCGKAVVQQWFNSGSTVVQLRLNSGSTVVQQWYNSGSTVVQQWFNRGTTVVQQWFNIGSTVEQQWYNSGSTVVHQWFNSGSTVVQKRYSSFTAVVQQWFISGSTMTQPWFNSGSTVVQLWFNSGTTVVQQWFNRGTTVVQQWYNSGSTMDQQWFNSGSTVV
Ga0302268_10712141	3300028854	Bog	FNRVTTVVQQWFNSGSTVVQQWFNSGSTVVQQWFNTISTKVRFNSGSTVVEQWFNRGSEVQQWYNSGSTVVQQWYNSGSTVIQQWYNSGSKVVQQWFNSDTTVVQQ
Ga0302268_10771221	3300028854	Bog	SGSTVVQQWFNRGTTVVQQWFNIGSTVEQQWYNSGSTVVHQWFNSGSTVVQKRYSSFTAVVQQWFISGSTMTQQWFNSGSTVVQLWFNSGSTAVQQWFNSGSTVVQQRYNSGLTLVQQWYSSGTTVVQQWFNNGTTVVQQWFNIGSTVLQQWFNRGSTEVQQWYSNGTTVVQQWFNSGSTVVQQWYNSGTAVVQQWFNNGSTVVQQWFNSGSTVVQQWFNRGTTVEQQWYNSGSTVVNQWFNSGSTVVQKRYSIFTAVVQQWFNSGSTVKQQWFNSGS
Ga0302268_11426082	3300028854	Bog	TVVQQWLNSGSTVVQQWFNSGETEIQQYNSGTAVVQQWFNSGSTVVQQRFGSTVVQQWYNSGSTVIQQWYNRGATVIQQWFNSGSTVVQQWFNSGSTVVQQWYNSGSTVVQQWFNSGSTVVQQWFNSGSTVVQ
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Ga0302155_105263651	3300028874	Bog	STVVQQWLSSISTVVKQRFNSGSTVVQQWFNSDXTVVPQXLNSGSTVVQQWLSSISTVVKQRFNSGSTVVQQWFNSDXTVVPQXLNSGSTVVQQRFNSGSTVFQQWFNSGSTVIEQWIHSDXTVVPQWFNSGSTVVQQXLNSGSTVVEQRFNSGXTVVEQWFNSGST
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Ga0302200_104064722	3300028909	Bog	VDQQWYSSGSLVVQQWCNSGSTVAQQWYNSGSTVVRQWFNSGSAVVQQWYNSGSTVVQQRYNSGSTVVQQWFNRGTTVVQQLYNSGSTVVQQWLNSGTAVAQQWFNSNSKVVQQWFTV
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Ga0302200_104406152	3300028909	Bog	QQWYNSGTTVVQQWFNSGSKVFRQWFNSCSTMVQHWFNSGSTVVQQRYNSGTAVVVQQWFNSGSTEVQQWYSSGTTVVQQWFNSGSTEVQQWYSSSGTTVVQQWFNSGPTVVQQRYNSGTGVVQQ
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Ga0311341_102596992	3300029908	Bog	SGTTVVQQWYTSGTTVVQQWFNSGSTVVQQRYNSGTAVVQQWFNSGTTVIQQWFNSGTAVVQQWFNSSSKVVQQWFTVVQQWCNSGTTVVQQWFNSGSTEVQQWYSSSTTVVGSQWFNSGSTVVQQWYNSGSTVVR
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Ga0311341_106676421	3300029908	Bog	NSGSTVVQHWFNTGSTEVRFNNGSTEVQQWFSSGTTVVQQRYNSGTTVVQQWFNSGTTVVQQWFNSGSTQVQQWYSSGTTVVQQWFNSGSTVVQQWFNTGSTEVLFNSGSTEVQPWFNSGATVVQQRYNSGTTVAQKWLNSGSTVVKSGKQWFNGGSTQVQQLYSSGTTVVQQWFNSGSIVVQ
Ga0311341_106759052	3300029908	Bog	VVQQWYNSGSTVVQQWLNRGTAVVQQWFNSGTTVVQQWFNSGSTEVQQWFNSGSTEVQQWFNSGSTVVQQRFNSGSTVVQQWFNRGTAVVQQWFNRGSTVVQQWFNSGTAVVQQWYNSGSTVVQQRYSSGTTVVQQWFNCGSTVVQQW
Ga0311341_106790571	3300029908	Bog	NCGSTVVQQWYNSGSTVVQQWFNSGSTEVQQWYNSGSTVVQQRNDSGTAVALYNSGSTVVQQWFNSVSTLVKQWFKSGSTVIQQWFNSGSTVVQQWFNSDSTVVQLWIRSCRTVVQQRFNRGTTVVQQWFNSGSTVVQQWFNSGSTVIQQWYSSGTTVVQQWFNSGSTVVQQ
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