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A database of Novel Metagenome Protein Families

A database of Novel Metagenome Protein Clusters

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Metagenome / Metatranscriptome Family F017797

Metagenome / Metatranscriptome Family F017797

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Overview Alignments Structure & Topology Gene Neighborhood Phylogeny Ecosystems Sequences
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Overview

Basic Information
Family ID F017797
Family Type Metagenome / Metatranscriptome
Number of Sequences 238
Average Sequence Length 206 residues
Representative Sequence TKGDIPKEGELVVTKDSSTEGWFLSEVLRVLPNLVEVRYFTTPTPALEDYEHCSVQKRSERLSEICFRRTWHVRFGKHVGRATYKPPYPNNEDLQVWKGVLNTSDLDDMLLIRNVKIDAEGKLDEASLRLAAQLPISHEKLDTIEDEMEMTSLTPNLFTSSREILCSCSACSSLLSRDYLVAQDTSKASDSHFPID
Number of Associated Samples 156
Number of Associated Scaffolds 238

Quality Assessment
Transcriptomic Evidence Yes
Most common taxonomic group Unclassified
% of genes with valid RBS motifs 0.00 %
% of genes near scaffold ends (potentially truncated) 0.42 %
% of genes from short scaffolds (< 2000 bps) 0.00 %
Associated GOLD sequencing projects 141
AlphaFold2 3D model prediction No

Note: High quality evidence is represented by blue. Low quality evidence is represented by red.
Hidden Markov Model
Powered by Skylign

Most Common Taxonomy
Group Unclassified (100.000 % of family members)
NCBI Taxonomy ID N/A
Taxonomy N/A

Most Common Ecosystem
GOLD Ecosystem Environmental → Aquatic → Freshwater → Lake → Unclassified → Freshwater
(44.538 % of family members)
Environment Ontology (ENVO) Unclassified
(73.529 % of family members)
Earth Microbiome Project Ontology (EMPO) Unclassified
(50.840 % of family members)



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Multiple Sequence Alignments

Select alignment to view:      
Full Alignment
Alignment of all the sequences in the family.
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Selection
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Extras
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Help

IDLabel
.2.4.6.8.10.12.14.16.18.20.22.24.26.28.30.32.34.36.38.40.42.44.46.48.50.52.54.56.58.60.62.64.66.68.70.72.74.76.78.80.82.84.86.88.90.92.94.96.98.100.102.104.106.108.110.112.114.116.118.120.122.124.126.128.130.132.134.136.138.140.142.144.146.148.150.152.154.156.158.160.162.164.166.168.170.172.174.176.178.180.182.184.186.188.190.192.194.196.198.200.202.204.206.208.210.212.214.216.218.220.222.224.226.228.230.232.234.236.238.240.242.244.246.248.250.252.254.256.258.260.262.264.266.268.270.272.274.276.278.280.282.284.286.288.290.292.294.296.298.300.302.304.306.308.310.312.314.316.318.320
1M3P_102391851
2B570J14230_101738791
3B570J29635_10066881
4B570J29631_1023261
5B570J29591_10021011
6JGI24768J34885_102046251
7JGI25917J50250_11105511
8JGI25922J50271_100183243
9JGI25926J51410_10150451
10Ga0007791_101273781
11Ga0070374_101133052
12Ga0070374_106159841
13Ga0068872_101515351
14Ga0049084_102325681
15Ga0075465_100860611
16Ga0073914_100175341
17Ga0075464_103727012
18Ga0102828_10313041
19Ga0102914_10750511
20Ga0102916_11432561
21Ga0102872_11253611
22Ga0102895_11118981
23Ga0102895_11881971
24Ga0102876_12018581
25Ga0102912_10884901
26Ga0105736_10468081
27Ga0114340_10335571
28Ga0114341_100782922
29Ga0114347_11808711
30Ga0114350_11438001
31Ga0114351_11176341
32Ga0114354_11023741
33Ga0114355_11689941
34Ga0114840_10174892
35Ga0114841_11106142
36Ga0102816_11011561
37Ga0102829_11139071
38Ga0102829_12383531
39Ga0114973_102824381
40Ga0114980_103333511
41Ga0114977_101791541
42Ga0114978_100928621
43Ga0114981_101688131
44Ga0114981_107604401
45Ga0114970_103748861
46Ga0114970_104479001
47Ga0114979_101025971
48Ga0114958_102173941
49Ga0114960_104190141
50Ga0114967_101951242
51Ga0114986_10176202
52Ga0136551_10936591
53Ga0133913_124072441
54Ga0137675_10045911
55Ga0180034_11381991
56Ga0194050_11580161
57Ga0211734_105841021
58Ga0211733_106729991
59Ga0211726_109337991
60Ga0211731_107864961
61Ga0208326_1174851
62Ga0208590_10119782
63Ga0208363_10263241
64Ga0208088_10159452
65Ga0208594_10031512
66Ga0208854_10410141
67Ga0208482_10507331
68Ga0207938_10260751
69Ga0207938_10573801
70Ga0208487_10050742
71Ga0208722_10140051
72Ga0208089_10024313
73Ga0208853_10335201
74Ga0208856_10096921
75Ga0208222_10350801
76Ga0214162_10331641
77Ga0214163_10765491
78Ga0210300_1519781
79Ga0210306_10469941
80Ga0210306_12090901
81Ga0210309_10704641
82Ga0210298_11377271
83Ga0210298_11779741
84Ga0210297_10147361
85Ga0210304_11031801
86Ga0244777_102059152
87Ga0208864_10268372
88Ga0208800_10465131
89Ga0208930_10164101
90Ga0208177_10046751
91Ga0208933_10507121
92Ga0208446_10862491
93Ga0208133_11209521
94Ga0209135_11776991
95Ga0209551_12679031
96Ga0209443_11751371
97Ga0209443_12390711
98Ga0209188_11806061
99Ga0209617_100749912
100Ga0209085_11148211
101Ga0209597_12443021
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104Ga0209088_103199721
105Ga0209500_101296452
106Ga0209246_102138821
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109Ga0209229_103268771
110Ga0209990_100749211
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112Ga0209230_105536591
113Ga0209230_106373441
114Ga0209866_10359611
115Ga0209298_101806681
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119Ga0315907_106572331
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134Ga0334977_0128639_479_1258
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139Ga0335003_0270927_1_591
140Ga0335003_0377964_1_612
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143Ga0334985_0507795_95_691
144Ga0334998_0200775_4_648
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149Ga0335004_0300844_169_900
150Ga0335004_0622205_4_504
151Ga0335004_0637893_2_556
152Ga0335004_0721252_3_509
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154Ga0335005_0239026_267_1106
155Ga0335005_0285642_3_794
156Ga0335005_0299025_23_535
157Ga0335005_0328038_1_642
158Ga0335005_0345155_225_869
159Ga0335005_0365622_28_798
160Ga0335005_0485359_2_649
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162Ga0335005_0607267_3_590
163Ga0335021_0627969_3_509
164Ga0335023_0159659_501_1268
165Ga0335023_0164049_1_699
166Ga0335023_0296636_3_503
167Ga0335023_0337775_1_693
168Ga0335023_0385269_3_743
169Ga0335024_0369559_135_719
170Ga0334983_0183529_2_619
171Ga0334983_0452702_1_597
172Ga0334983_0471244_218_709
173Ga0335000_0806059_1_504
174Ga0335001_0350376_199_798
175Ga0335001_0395698_42_572
176Ga0335019_0310774_365_985
177Ga0334990_0107043_704_1471
178Ga0334990_0137734_21_773
179Ga0334990_0177263_540_1163
180Ga0334990_0189345_16_540
181Ga0334990_0190584_93_830
182Ga0334990_0265431_218_730
183Ga0334990_0438446_3_692
184Ga0334990_0664623_1_540
185Ga0334990_0744049_6_503
186Ga0335028_0237292_504_1100
187Ga0335014_0102379_2_730
188Ga0335022_0482147_56_649
189Ga0335025_0143822_3_737
190Ga0335025_0151685_2_517
191Ga0335025_0185858_592_1182
192Ga0335025_0675062_2_493
193Ga0335027_0362479_2_589
194Ga0335035_0499879_105_665
195Ga0335035_0525033_3_641
196Ga0335036_0393029_388_891
197Ga0335037_0141735_12_782
198Ga0335037_0302567_167_868
199Ga0335037_0385760_1_723
200Ga0335037_0409428_3_590
201Ga0335037_0429095_1_705
202Ga0335037_0586996_1_567
203Ga0335037_0601870_3_578
204Ga0335037_0635069_2_559
205Ga0335050_0223040_3_599
206Ga0335051_0143388_1_558
207Ga0335051_0212159_3_572
208Ga0335051_0383477_2_667
209Ga0335051_0516429_1_552
210Ga0335033_0344537_28_750
211Ga0335054_0079824_381_1031
212Ga0335056_0238581_278_1021
213Ga0335056_0432514_2_703
214Ga0335058_0316751_2_715
215Ga0335058_0760356_6_530
216Ga0335060_0184488_6_617
217Ga0335060_0347904_207_797
218Ga0335060_0381937_1_537
219Ga0335017_0199520_167_904
220Ga0335017_0243952_2_832
221Ga0335017_0298648_1_771
222Ga0335017_0543065_3_608
223Ga0335061_0151117_3_614
224Ga0335061_0202039_206_943
225Ga0335061_0656599_3_521
226Ga0335065_0454961_44_772
227Ga0335052_0596158_2_553
228Ga0334997_0114344_1078_1809
229Ga0334997_0317878_2_730
230Ga0335007_0314359_3_563
231Ga0335013_0241791_41_808
232Ga0335039_0275915_2_694
233Ga0335039_0345903_2_685
234Ga0335039_0351328_10_606
235Ga0335039_0525445_1_588
236Ga0335064_0150616_747_1442
237Ga0335064_0236673_255_992
238Ga0335064_0258784_29_772
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Structure & Topology

Predicted Secondary Structure and Topology

Predicted Topology & Secondary Structure
Classification: Globular Signal Peptide: No Secondary Structure distribution: α-helix: 10.71%    β-sheet: 28.57%    Coil/Unstructured: 60.71%
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Get Predictions
20406080100120140160180Sequenceα-helicesβ-strandsCoilSS Conf. score
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Gene Neighborhood

Neighboring Pfam domains


Neighboring Clusters of Orthologous Genes (COGs)



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Phylogeny

NCBI Taxonomy


Visualization
Unclassified
100.0%
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Associated Scaffolds





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Environmental Properties

Associated Habitat Types

Select Environment Taxonomy Level:

Visualization
Freshwater
Freshwater And Sediment
Freshwater
Freshwater Lake
Freshwater Lentic
Freshwater And Sediment
Freshwater
Freshwater, Plankton
Anoxic Zone Freshwater
Freshwater Lake
Freshwater
Lotic
Freshwater
Pond Fresh Water
Aqueous
Estuary Water
Estuarine
Estuarine
Sand
Deep Subsurface
7.6%5.9%44.5%3.8%9.7%6.3%10.9%
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Associated Samples


Geographical Distribution
Zoom:     Powered by OpenStreetMap



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Family Sequences

Protein ID Sample Taxon ID Habitat Sequence
M3P_1023918513300000268LoticHVTTETVLTPSVHTKGDIPKEGELAVIKDSSTEDWFLSEVLRVLPNLVEVRYFTTPTPALEDYEHCSVQKRSERLSEICFRRTWHVRFGKHVGRATYKPPYPNNEDLQVWKGVLNTSDLDDVLLIRNVKIDAEGKLDEASLRLAAQLPISHEKLDTIEDEIEMTSLTPNLFTSS
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B570J29635_100668813300002302FreshwaterNGEVPREGELVVIKDSSTEGWFLSEVLRVLPNLVEVRYFTTPTPALENYEHCSVQKRSERLSEICFRRTWHVRFGKHVGRATYKPPYPNNEDLQVWXGVINTSDLDSMLLLRNVRIDAEGKLDEASLRLAAQLPISHEKLDTIEDEEEGLSLTRQTPNLFTSSREILCSCVECSSLLSRDYIVAQRTLTEHPTATSQSSND*
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