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A database of Novel Metagenome Protein Families

A database of Novel Metagenome Protein Clusters

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Metagenome / Metatranscriptome Family F000173

Metagenome / Metatranscriptome Family F000173

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Overview Alignments Structure & Topology Gene Neighborhood Phylogeny Ecosystems Sequences
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Overview

Basic Information
Family ID F000173
Family Type Metagenome / Metatranscriptome
Number of Sequences 1777
Average Sequence Length 80 residues
Representative Sequence MKTFEVQFRYRDRNEGTVESTVKVDASSLPGAVGKAAREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKSVGTTTEAQAETPAEAAAG
Number of Associated Samples 597
Number of Associated Scaffolds 1777

Quality Assessment
Transcriptomic Evidence Yes
Most common taxonomic group Unclassified
% of genes with valid RBS motifs 97.32 %
% of genes near scaffold ends (potentially truncated) 4.39 %
% of genes from short scaffolds (< 2000 bps) 19.98 %
Associated GOLD sequencing projects 498
AlphaFold2 3D model prediction Yes
3D model pTM-score0.64

Note: High quality evidence is represented by blue. Low quality evidence is represented by red.
Hidden Markov Model
Powered by Skylign

Most Common Taxonomy
Group Unclassified (68.768 % of family members)
NCBI Taxonomy ID N/A
Taxonomy N/A

Most Common Ecosystem
GOLD Ecosystem Environmental → Terrestrial → Soil → Unclassified → Unclassified → Vadose Zone Soil
(22.003 % of family members)
Environment Ontology (ENVO) Unclassified
(27.856 % of family members)
Earth Microbiome Project Ontology (EMPO) Free-living → Non-saline → Soil (non-saline)
(54.474 % of family members)



 ⦗Top⦘

Multiple Sequence Alignments

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Alignment of all the sequences in the family.
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IDLabel
.2.4.6.8.10.12.14.16.18.20.22.24.26.28.30.32.34.36.38.40.42.44.46.48.50.52.54.56.58.60.62.64.66.68.70.72.74.76.78.80.82.84.86.88.90.92.94.96.98.100.102.104.106.108.110.112.114.116.118.120.122.124.126.128.130.132.134.136.138.140.142.144.146.148.150.152.154.156.158.160.
1GPIPI_00785140
2E1_02866190
3E41_05966820
44ZMR_02031480
5FA3_10509600
6FG2_08032670
7INPhiseqgaiiFebDRAFT_1013742614
8INPhiseqgaiiFebDRAFT_1015354374
9F24TB_164589062
10JGI12270J11330_100294286
11JGI12270J11330_100498353
12JGI12683J13190_10030772
13JGI12683J13190_10109212
14JGI12637J13337_10141973
15JGI12637J13337_10208141
16JGI12636J13339_10002747
17JGI12636J13339_10213392
18JGI12673J13574_10106712
19JGI12630J15595_100236362
20JGI12635J15846_100085424
21JGI12635J15846_100388792
22JGI12635J15846_100439414
23JGI12635J15846_101119253
24JGI12635J15846_101237394
25JGI12635J15846_101252622
26JGI12635J15846_106134692
27JGI12635J15846_107676051
28JGI12053J15887_100458522
29JGI12053J15887_101746361
30JGI12053J15887_101915433
31JGI12627J18819_100055961
32JGIcombinedJ26739_1000646491
33JGIcombinedJ26739_1001785605
34JGIcombinedJ26739_1002010532
35JGIcombinedJ26739_1002179482
36JGIcombinedJ26739_1003800042
37JGIcombinedJ26739_1005241281
38JGIcombinedJ26739_1005360482
39JGIcombinedJ26739_1005422341
40JGIcombinedJ26739_1007649593
41JGIcombinedJ26739_1010391261
42JGIcombinedJ26739_1011906751
43JGIcombinedJ26739_1012039231
44JGI25381J37097_10170451
45JGI25385J37094_100098123
46JGI25383J37093_101130691
47JGI25384J37096_100119173
48JGI25613J43889_100892812
49JGI25613J43889_101208132
50JGI25613J43889_101344771
51JGI25388J43891_10226071
52JGI25390J43892_100536832
53JGI25390J43892_101404871
54JGI25617J43924_100003799
55JGI25617J43924_100029405
56JGI25617J43924_100348801
57JGI25617J43924_101026942
58JGI25617J43924_101544693
59JGI25616J43925_101464082
60JGI25616J43925_101546652
61JGI25616J43925_101796782
62JGI25616J43925_101978062
63JGI25616J43925_103884211
64JGI25616J43925_103940492
65JGI26343J46809_10036021
66JGI26346J50198_10002462
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69Ga0055438_100398072
70Ga0055460_101709732
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75Ga0062389_1002823374
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220Ga0066705_103100182
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223Ga0066691_106713412
224Ga0066654_100673243
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226Ga0070761_101682712
227Ga0070761_103051182
228Ga0070761_108246081
229Ga0066706_101674822
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231Ga0070762_102141583
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234Ga0070763_104735101
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236Ga0068856_1003832022
237Ga0070764_103307382
238Ga0070764_107303942
239Ga0066903_1014608582
240Ga0074470_110288382
241Ga0068860_1004676763
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243Ga0070766_100369624
244Ga0070766_101079682
245Ga0070766_101281011
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259Ga0075029_1000072357
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287Ga0070712_1016221332
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1719Ga0307470_101169062
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1723Ga0307470_113754932
1724Ga0307470_116256392
1725Ga0307471_1000989033
1726Ga0307471_1001106892
1727Ga0307471_1001901963
1728Ga0307471_1002713311
1729Ga0307471_1006542332
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1734Ga0307471_1016618082
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1736Ga0307471_1022212801
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1739Ga0307471_1027699142
1740Ga0307471_1031795081
1741Ga0307471_1033886342
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1746Ga0306920_1012679371
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1749Ga0348332_116618682
1750Ga0348332_116678221
1751Ga0348332_119256742
1752Ga0348332_121429532
1753Ga0348332_125183002
1754Ga0348332_132382802
1755Ga0348332_138294132
1756Ga0335079_100389762
1757Ga0335079_101249532
1758Ga0335079_110017362
1759Ga0335079_111304932
1760Ga0335078_100990684
1761Ga0335078_103716342
1762Ga0335080_101909483
1763Ga0335081_115819561
1764Ga0335069_118456522
1765Ga0335076_104944232
1766Ga0335077_111518482
1767Ga0335077_116055031
1768Ga0335077_121388411
1769Ga0310810_101849241
1770Ga0326726_100950373
1771Ga0316620_113597662
1772Ga0316620_117596171
1773Ga0316624_100522442
1774Ga0316624_102611931
1775Ga0316628_1006707153
1776Ga0316628_1006908002
1777Ga0370492_0067495_345_596
Powered by MSAViewer


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Structure & Topology

Predicted Secondary Structure and Topology

Predicted Topology & Secondary Structure
Classification: Globular Signal Peptide: No Secondary Structure distribution: α-helix: 22.02%    β-sheet: 23.85%    Coil/Unstructured: 54.13%
Feature Viewer
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Zoom :
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Variant

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Variant

1020304050607080MKTFEVQFRYRDRNEGTVESTVKVDASSLPGAVGKAAREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKSVGTTTEAQAETPAEAAAGSequenceα-helicesβ-strandsCoilSS Conf. score
Powered by Feature Viewer

Predicted 3D Structure

Structure Viewer
Per-residue confidence (pLDDT):
  0-50   51-70   71-90   91-100  
pTM-score: 0.64
Powered by PDBe Molstar

Low Quality Model:

This family has a low confidence model (pTM < 0.7) and has not been screened against SCOPe or PDB.


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Gene Neighborhood

Neighboring Pfam domains


Neighboring Clusters of Orthologous Genes (COGs)



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Phylogeny

NCBI Taxonomy

Select NCBI taxonomy Level:

Visualization
All Organisms
Unclassified
31.2%68.8%
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Associated Scaffolds





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Environmental Properties

Associated Habitat Types

Select Environment Taxonomy Level:

Visualization
Watersheds
Peatland
Bog Forest Soil
Bog
Peatland
Freshwater Wetlands
Freshwater Sediment
Soil
Natural And Restored Wetlands
Iron-Sulfur Acid Spring
Soil
Sediment (Intertidal)
Watersheds
Soil
Soil
Vadose Zone Soil
Terrestrial Soil
Tropical Forest Soil
Glacier Forefield Soil
Grasslands Soil
Grass Soil
Surface Soil
Peatlands Soil
Soil
Agricultural Soil
Arctic Peat Soil
Permafrost
Soil
Grasslands Soil
Grass Soil
Soil
Forest Soil
Soil
Hardwood Forest Soil
Soil
Untreated Peat Soil
Tropical Peatland
Bog Forest Soil
Bog
Prmafrost Soil
Palsa
Permafrost
Soil
Tropical Forest Soil
Forest Soil
Soil
Corn, Switchgrass And Miscanthus Rhizosphere
Corn Rhizosphere
Agricultural Soil
Soil
Palsa
Peat Soil
Plant Litter
Biofilm
Arabidopsis Rhizosphere
Corn Rhizosphere
Switchgrass Rhizosphere
Miscanthus Rhizosphere
Populus Rhizosphere
Switchgrass Rhizosphere
Miscanthus Rhizosphere
Corn Rhizosphere
Miscanthus Rhizosphere
Switchgrass Rhizosphere
Rhizosphere
Switchgrass Rhizosphere
Attine Ant Fungus Gardens
Switchgrass, Maize And Mischanthus Litter
Boreal Forest Soil
2.8%22.0%3.3%4.9%3.5%20.3%6.6%9.9%3.2%
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Associated Samples


Geographical Distribution
Zoom:     Powered by OpenStreetMap



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Family Sequences

Protein ID Sample Taxon ID Habitat Sequence
GPIPI_007851402088090014SoilMKSFEVQFRYQDRSEGAVEKTLNVDASNLPGAVGKAAREFVKSLDRKQRFDMNKNGLEITAKPIAGAAEAPEPSSKAATN
E1_028661902170459002Grass SoilWDAQSGLYSILQKTEVWSMKTFEVQFRYRDRKEETVESTVKVEASSLQGAVGKAAREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEIAAKSAGTRTDTPADRSAEAAAG
E41_059668202170459005Grass SoilGQKREVRSMKTFEVQFRYQDRSAGTVEATVKVEASSLPGGVGKAVREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKSGGAATEAETSSTAAVS
4ZMR_020314802170459017Switchgrass, Maize And Mischanthus LitterTNLKPKKGGKRIMKSFEVQFRFRDRNEETVSSTVLVDASSLPGGVAKATRQFVKGLDRKQRFDMNKSGLEITARPSGSAAEAPEKSTAEAAG
FA3_105096002170459023Grass SoilMKTFEVQFRYQDRNEGAAESTVKVEASSLPGAVGKATREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKPIGTTTEAPASAGAASS
FG2_080326702189573004Grass SoilMKTFEVQFRYRDRKEETVESTVKVEASSLQGAVGKAAREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEIAAKSAGTRTDTPADRSAEAAAG
INPhiseqgaiiFebDRAFT_10137426143300000364SoilMKTFEVQFRYQDRTEGAVEKTLNVAASSLPGAVGKAAREFVKSLDRKQRFDMNKNGLEISAKSSGTGAEPPAEESSKAAAS*
INPhiseqgaiiFebDRAFT_10153543743300000364SoilMKTFEVQFRYRDRNENTVESTVKVDASSLPGGVAKATREFVKSLDRKQRFDMNKNGLEITAKTVGESEAPAKASSEAAAG*
F24TB_1645890623300000550SoilMKTFEVQFRYLDRNQATVESTVKVDASSLPGAVGKAAREFVKGLDRKQKFDMNKNGLEITAKSVGTTREAQAETSAEAAAS*
JGI12270J11330_1002942863300000567Peatlands SoilMKTFEVQFRYRDRNEETVESAAKVDASSLPRAVAKAAREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKSVGTTTEAKAETSAEAAAG*
JGI12270J11330_1004983533300000567Peatlands SoilMKTFEVQFRYCDRNEETVESTVNVDASSLPGGVAKATREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEIVAKSTGTATEAKAKSSAEAAG*
JGI12683J13190_100307723300001089Forest SoilMKAFEVQFRYRDRNEGTVESTVKVDASSLPGAVGKAVREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKPVGAPTETQTKTSTEAAAG*
JGI12683J13190_101092123300001089Forest SoilMKTFEMQIRYRDRSDETVESTVRVDASSLPGAVAKAAREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEIIAKSAGSATEPQAAKSAETAAG*
JGI12637J13337_101419733300001137Forest SoilMKTFEVQFRYQDRTEGTVESTVKVEASSLPGAVGKAVREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKPVGTASEAQAAKSE
JGI12637J13337_102081413300001137Forest SoilMKTFEVQFRFRDRSEETVESTVTVEASSLPGAVAKAARGFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKSSGTTTPEQAQTSKEASAG*
JGI12636J13339_100027473300001154Forest SoilMKTFEVQFRYRDRNEGTAESTVKVEASSLPGAVGKATRQFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKSISTTTEAQASAEAAAS*
JGI12636J13339_102133923300001154Forest SoilMKTFEVQFRYRDRNEGTVESTVKVDASSLPGAVAKAAREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKSVGTTTEAQAERSAEGAAG*
JGI12673J13574_101067123300001167Forest SoilMKTFEVRFRFQDRNQGNVESTVKVDASSLPGAVGKAAREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEISSKAVEKETEAQAGGTSA*
JGI12630J15595_1002363623300001545Forest SoilMKTFEVQFRYRDRNEETVESTVKVDASSLPGAVAKAAREFVKGLDRKQKFDMNKNGLEITAKSVGTTTEAPAKSSADAAAD*
JGI12635J15846_1000854243300001593Forest SoilMKTFEVQFRYQDRTEGTVESTVKVEASSLPGAVGKAVREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKPVGTASEAQAAKSEEAAAG*
JGI12635J15846_1003887923300001593Forest SoilMKXFEVQFRYRDRNEGTVESTVKVDASSLPGAVGKAVREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKPVGAPTETQTKTSTEAAAG*
JGI12635J15846_1004394143300001593Forest SoilMKTFEVQFRFRDRSEETVESKVKMDASSLPGAVAKAAREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKSAGTTDAQAETSAEGAAG*
JGI12635J15846_1011192533300001593Forest SoilMKTFDVQFRFRDRSEETVESTVTVEASSLPGAVAKAARGFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKSAGTTAPEQATTSKEAAAG*
JGI12635J15846_1012373943300001593Forest SoilMKAFEVQLRYRDRNEETKESTVIVDASSLPGAVAKAAREFVKSLDRKQRFDMNKNGLEITARSSGASAEAQATTSSEAAAG*
JGI12635J15846_1012526223300001593Forest SoilMGGSGMKTFEVRFRYQDRNQGTVESTVKVDASSLPGAVGKAAREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEISSKAVEKETEAQAGGAST*
JGI12635J15846_1061346923300001593Forest SoilMKSFEVQFRFQDRGEGHVEATKIVAASSLPGGVAKATREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEIKAKPTDASTGQGESEAASAS*
JGI12635J15846_1076760513300001593Forest SoilMKTFEVQFRYRDRNEETLESTVKVDASSLPGGVAKATREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEIVAKSNGAAAEAPAKSSAEAAG*
JGI12053J15887_1004585223300001661Forest SoilMKTFEAQFRYRDRNEGTVESTVKVDASSLPGAVGKAVREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKPVGTSTETQAKTSAEAAAG*
JGI12053J15887_1017463613300001661Forest SoilMKTFEVQFRYRDRNEATVESTVKLDASSLPGAVAKAAREFVKSLDRKQRFDMNKNGLEITAKSVGTTAEAHAKTSAGTAAD*
JGI12053J15887_1019154333300001661Forest SoilMKTFEVHFRYQDRNESAVESTAKVDASNLPGAVAKATREFVKGLDRKQRFDMNKSGLEIKAKPSGAAADPEAKASAESAAG*
JGI12627J18819_1000559613300001867Forest SoilMKTFEVQFRYVDRNEEKVQSTVMVDASNLPGAIGKAARQFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKPFGAAAESQSXKSSEAAAG*
JGIcombinedJ26739_10006464913300002245Forest SoilMKSFEVQFRYQDRTEGTVESTVKVDASSLPGAVGKAVREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEIAAKSVGSAAEAPADKSAEAAAS*
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JGIcombinedJ26739_10020105323300002245Forest SoilMKTFEVQFRYRDRKEETTESMVKVEASSLPGAVGKATREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKPISATTEAEATKQAAAS*
JGIcombinedJ26739_10021794823300002245Forest SoilMKSFEVQFRYQDRTEGTVESTVKAEASSLPGAVGKAVREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKSVGATTEAQAAKSAEAAAT*
JGIcombinedJ26739_10038000423300002245Forest SoilMKAFEVQLRYRDRNDETKESTAIVDASSLPGAVAKATREFVKSLDRKQRFDMNKNGLEITAKASGAATEAEPKKSTEATAG*
JGIcombinedJ26739_10052412813300002245Forest SoilMKTFEVQFRFRDRSEETVESTVTVEASSLPGAVAKAARGFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKSAGTTTPEQPGTSTGAAAG*
JGIcombinedJ26739_10053604823300002245Forest SoilMKSFEVQFRYQDRTEGTVESTVKVDASSLPGAVGKAVREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEIAAKSVGSAAEATADKSAEAAAT*
JGIcombinedJ26739_10054223413300002245Forest SoilMKTFEVQLRYXDRNEESVESTVKVDASSLPGAVARAAREFVKGLDRKQRFDLNKNGLEVTARLVNSATEAKLETSSGATAR*
JGIcombinedJ26739_10076495933300002245Forest SoilMKAFEVQLRYRDRNEETKESTVIVDASSLPGAVAKAAREFVKSLDRKQRFDMNKNGLEITARSSGASAEARATTSSEAAAG
JGIcombinedJ26739_10103912613300002245Forest SoilMKSFEVQFRFRDRTESTVESTVKADASSLPGAVGKAVREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKSLGTTETESEKSAEAAAG*
JGIcombinedJ26739_10119067513300002245Forest SoilMKTFEVHFRYRDRDEKTAESTVKVDASSLPGGVAKATREFVKSLDRKQRFDMNKNGLEITAKTLGATEAPARASSEAAAG*
JGIcombinedJ26739_10120392313300002245Forest SoilMKSFEVHFRFQDRKXEPVESTVKVDASSLPGGVAKATREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEINAKTSGSAEESPERASAESA
JGI25381J37097_101704513300002557Grasslands SoilMKTFEVQFRYRDRNEETVESTVKVEASSLPGAVGKAAREFVKGLDRKQRFDMNKNGLDITAKSVGTTTSAEAETSAEAAAG*
JGI25385J37094_1000981233300002558Grasslands SoilMKTFEVQFRYRDRNEETVESTAKVEASNLPGAVGKAAREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKSVGTTTEAQAETSADAAAS*
JGI25383J37093_1011306913300002560Grasslands SoilMKTFEVQFRYRDRNEETVESTAKVEASSLPGAVGKAAREFVKGLDRKQRFDMNKNGLEITAKSVGTTTEAQAETSAD
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