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A database of Novel Metagenome Protein Families

A database of Novel Metagenome Protein Clusters

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Metagenome / Metatranscriptome Family F093173

Metagenome / Metatranscriptome Family F093173

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Overview Alignments Structure & Topology Gene Neighborhood Phylogeny Ecosystems Sequences
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Overview

Basic Information
Family ID F093173
Family Type Metagenome / Metatranscriptome
Number of Sequences 106
Average Sequence Length 170 residues
Representative Sequence MRLGDMRVRASPFCGQRQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDAEHGHMKITAVKMVSDSCQK
Number of Associated Samples 106
Number of Associated Scaffolds 106

Quality Assessment
Transcriptomic Evidence Yes
Most common taxonomic group Unclassified
% of genes with valid RBS motifs 25.47 %
% of genes near scaffold ends (potentially truncated) 42.45 %
% of genes from short scaffolds (< 2000 bps) 68.87 %
Associated GOLD sequencing projects 96
AlphaFold2 3D model prediction No

Note: High quality evidence is represented by blue. Low quality evidence is represented by red.
Hidden Markov Model
Powered by Skylign

Most Common Taxonomy
Group Unclassified (72.642 % of family members)
NCBI Taxonomy ID N/A
Taxonomy N/A

Most Common Ecosystem
GOLD Ecosystem Environmental → Terrestrial → Soil → Unclassified → Unclassified → Grasslands Soil
(50.000 % of family members)
Environment Ontology (ENVO) Unclassified
(84.906 % of family members)
Earth Microbiome Project Ontology (EMPO) Free-living → Non-saline → Soil (non-saline)
(85.849 % of family members)



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Multiple Sequence Alignments

Select alignment to view:      
Full Alignment
Alignment of all the sequences in the family.
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IDLabel
.2.4.6.8.10.12.14.16.18.20.22.24.26.28.30.32.34.36.38.40.42.44.46.48.50.52.54.56.58.60.62.64.66.68.70.72.74.76.78.80.82.84.86.88.90.92.94.96.98.100.102.104.106.108.110.112.114.116.118.120.122.124.126.128.130.132.134.136.138.140.142.144.146.148.150.152.154.156.158.160.162.164.166.168.170.172.174.176.178.180.182.184.186.188.190.192.194.196.198.200.202.
1JGI25381J37097_10072623
2JGI25385J37094_100173633
3JGI25383J37093_100089182
4JGI25382J37095_100084863
5JGI25382J43887_101040232
6JGI25388J43891_10075733
7JGI25390J43892_100242192
8JGI25386J43895_100092585
9Ga0066687_101806251
10Ga0070697_1000583172
11Ga0066701_103653342
12Ga0066699_111818891
13Ga0066693_100288122
14Ga0066654_101294452
15Ga0099829_100202856
16Ga0127428_1582091
17Ga0127476_10066402
18Ga0127490_10128222
19Ga0127475_10609932
20Ga0127473_10255752
21Ga0127463_10783701
22Ga0127446_10176271
23Ga0127470_10372742
24Ga0127494_10445801
25Ga0127474_10707982
26Ga0127491_11325762
27Ga0127444_10764932
28Ga0127466_11044931
29Ga0127451_10273901
30Ga0127479_11203381
31Ga0127486_10874992
32Ga0127484_11560933
33Ga0127447_10209432
34Ga0127464_10959772
35Ga0127483_10446542
36Ga0134070_100119442
37Ga0134082_102567802
38Ga0134086_102267461
39Ga0134080_100899143
40Ga0134063_103692041
41Ga0137389_110133242
42Ga0137382_105677421
43Ga0137365_101242261
44Ga0137362_108742602
45Ga0137381_112596671
46Ga0137378_102916411
47Ga0134028_10330181
48Ga0137371_108321922
49Ga0134039_10122591
50Ga0134034_10503241
51Ga0134032_12048422
52Ga0134029_10754801
53Ga0134025_11744921
54Ga0134058_12185932
55Ga0134038_10531392
56Ga0134033_11522942
57Ga0134036_12829331
58Ga0134031_11656652
59Ga0134044_11663472
60Ga0134057_13202471
61Ga0134051_12530722
62Ga0134061_11784431
63Ga0134059_13272201
64Ga0134049_10119942
65Ga0134050_13568951
66Ga0134045_13549121
67Ga0137373_103982502
68Ga0137358_100573642
69Ga0137359_109277691
70Ga0137407_122792421
71Ga0134077_100864521
72Ga0134081_101360071
73Ga0134075_103577042
74Ga0134078_100390661
75Ga0134073_100041464
76Ga0134072_101599901
77Ga0134089_100210812
78Ga0134112_100280072
79Ga0134074_10190523
80Ga0209350_10194461
81Ga0209234_10063235
82Ga0209235_10192566
83Ga0209236_10365362
84Ga0209238_10401303
85Ga0209688_10299561
86Ga0209468_10184405
87Ga0209055_10529533
88Ga0209153_10691042
89Ga0209686_10111772
90Ga0209154_10220265
91Ga0209471_10056702
92Ga0209687_10044156
93Ga0209472_10187515
94Ga0209801_10116481
95Ga0209803_10137196
96Ga0209158_10116685
97Ga0209159_10090598
98Ga0209808_10462911
99Ga0209690_12175372
100Ga0209059_10224434
101Ga0209160_10486261
102Ga0209056_100087246
103Ga0209805_10079425
104Ga0209689_10212546
105Ga0209180_103196502
106Ga0209590_100681471
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Structure & Topology

Predicted Secondary Structure and Topology

Predicted Topology & Secondary Structure
Classification: Transmembrane (alpha-helical) Signal Peptide: No Secondary Structure distribution: α-helix: 23.60%    β-sheet: 22.47%    Coil/Unstructured: 53.93%
Feature Viewer
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Original

Variant

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Position

Original

Variant

20406080100120140160MRLGDMRVRASPFCGQRQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDAEHGHMKITAVKMVSDSCQKCytopl.Extracel.Sequenceα-helicesβ-strandsCoilSS Conf. scoreTM segmentsTopol. domains
Powered by Feature Viewer


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Gene Neighborhood

Neighboring Pfam domains




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Phylogeny

NCBI Taxonomy

Select NCBI taxonomy Level:

Visualization
All Organisms
Unclassified
27.4%72.6%
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Associated Scaffolds





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Environmental Properties

Associated Habitat Types

Select Environment Taxonomy Level:

Visualization
Vadose Zone Soil
Grasslands Soil
Soil
Grasslands Soil
Soil
Corn, Switchgrass And Miscanthus Rhizosphere
13.2%50.0%22.6%12.3%
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Powered by ApexCharts



Associated Samples


Geographical Distribution
Zoom:     Powered by OpenStreetMap



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Family Sequences

Protein ID Sample Taxon ID Habitat Sequence
JGI25381J37097_100726233300002557Grasslands SoilMQVRASPFCGQSQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHARLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDTEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
JGI25385J37094_1001736333300002558Grasslands SoilMSLSDMQVRASPFCGQSQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVVLAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDTEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
JGI25383J37093_1000891823300002560Grasslands SoilMRVRASPFCGQRQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHVKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDTEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
JGI25382J37095_1000848633300002562Grasslands SoilMXLXDMXVRASPFCGQXQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHVKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDTEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
JGI25382J43887_1010402323300002908Grasslands SoilMRVRASPFCGQSQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHVKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDTEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
JGI25388J43891_100757333300002909Grasslands SoilMRVRASPFCGQRQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDAEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
JGI25390J43892_1002421923300002911Grasslands SoilMRVRASPFCGQRQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDTEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
JGI25386J43895_1000925853300002912Grasslands SoilMRVRASPFCGQRQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVXLAKHVGHTITATGVVSHXXLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDTEHGHMKITAVK
Ga0066687_1018062513300005454SoilMSLSDMQVRASPFCGQSQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVVLAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDAEHGHMKITAVKMVSDS
Ga0070697_10005831723300005536Corn, Switchgrass And Miscanthus RhizosphereMSDIEVRAIPFCRHGQTVKETTPTARHNPKLLNSANILASSQHGKHNQIGEKMRMKINQFLLFVIFASLTTPFALGKSKGEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNNGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDTEHGHLKITAVKMVSDSCQK*
Ga0066701_1036533423300005552SoilSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTAPFALGRSKADVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHAKMHNLKEDTKEMAKDTGVKKSDTEHGHMKITEVKMLSDSCQKIGVSER*
Ga0066699_1118188913300005561SoilPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVVLAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDTEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
Ga0066693_1002881223300005566SoilMRVRASPFCGQRQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVVLAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDAEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
Ga0066654_1012944523300005587SoilMRVRASPFCGQRQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSTRVVLAKHVGHTITATGVVSHARLHNMKEDTKEMAKDTGMKKS
Ga0099829_1002028563300009038Vadose Zone SoilMRLGDMRVRASPFCGQRQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVVLAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKDMAKDTGMKKSDTEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
Ga0127428_15820913300010072Grasslands SoilMSLSDMQVRASPFCGQSQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCVSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDAEHGHMKITAVKMVSDS
Ga0127476_100664023300010088Grasslands SoilMRLGDMRVRASPFCGQSQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHVKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDTEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
Ga0127490_101282223300010093Grasslands SoilMRLGDMRVRASPFCGQRQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKAKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDTEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
Ga0127475_106099323300010095Grasslands SoilMSLSDMQVRASPFCGQSQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVVLAKHVGHTITATGVVSHARLHNMNEDTKEMAKDTGMKKSDTEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
Ga0127473_102557523300010096Grasslands SoilMRLGDMRVRASPFCGQRQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSTRVVLAKHVGHTITATGVVSHARLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDTEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
Ga0127463_107837013300010098Grasslands SoilLSDMQVRASPFCGQSQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTCEVRSSRVVLAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDAEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
Ga0127446_101762713300010104Grasslands SoilNSNVELHMSLSDMQVRASPFCGQSQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKAKGEVIDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVVLAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDSGMKKSNAEHGHMKITEVKIVSDS
Ga0127470_103727423300010105Grasslands SoilMSLSDMQVRASPFCGQSQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDNAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVVLAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDAEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
Ga0127494_104458013300010107Grasslands SoilAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDNAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVVLAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDAEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
Ga0127474_107079823300010108Grasslands SoilMSLSDMQVRASPFCGQSQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDAEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
Ga0127491_113257623300010111Grasslands SoilMRLGDMRVRASPFCGQRQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDAEHGHMKITAVKMVSDS
Ga0127444_107649323300010113Grasslands SoilMRLGDMRVRASPFCGQRQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDAEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
Ga0127466_110449313300010116Grasslands SoilMSLSDMQVRASPFCGQSQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVVLAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDAEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
Ga0127451_102739013300010120Grasslands SoilRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDAEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
Ga0127479_112033813300010123Grasslands SoilRVRASPFCGQRQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDAEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
Ga0127486_108749923300010128Grasslands SoilMRLGDMRVRASPFCGQRQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKAKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDAEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
Ga0127484_115609333300010134Grasslands SoilMRLGDMRVRASPFCGQRQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDSAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVVLAKHVGHTITATGVVSHAKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDAEHGHMKITAVKMVSDSCQK*
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Ga0127464_109597723300010139Grasslands SoilMSLSDMQVRASPFCGQSQAVKRNDAKGKLAPKLQSSENVIGIISVRKHNQIGEKMRMKINQLLLFVILASLTTPFALGKTKAEVRDITGCLSKGDNAHEFLLTGNDGSTWEVRSSRVALAKHVGHTITATGVVSHVKLHNMKEDTKEMAKDTGMKKSDTEHGHMKITAVKMVTDSCQK*
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