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A database of Novel Metagenome Protein Families

A database of Novel Metagenome Protein Clusters

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Metagenome / Metatranscriptome Family F074843

Metagenome / Metatranscriptome Family F074843

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Overview Alignments Structure & Topology Gene Neighborhood Phylogeny Ecosystems Sequences
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Overview

Basic Information
Family ID F074843
Family Type Metagenome / Metatranscriptome
Number of Sequences 119
Average Sequence Length 194 residues
Representative Sequence SGDMTIGLTFKSWVRVHDVGYQGMIAVMTDGMRRFGLPELRLGPASPELREELTTLLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRANGVPNRGGMFALIGLQFDPVQGEDSGGWLTVCPPTCWDTSWEDFIADTCHGMFGFEKPRWHYIPEFGALVDALAKA
Number of Associated Samples 109
Number of Associated Scaffolds 119

Quality Assessment
Transcriptomic Evidence Yes
Most common taxonomic group Unclassified
% of genes with valid RBS motifs 3.36 %
% of genes near scaffold ends (potentially truncated) 99.16 %
% of genes from short scaffolds (< 2000 bps) 99.16 %
Associated GOLD sequencing projects 105
AlphaFold2 3D model prediction Yes
3D model pTM-score0.28

Note: High quality evidence is represented by blue. Low quality evidence is represented by red.
Hidden Markov Model
Powered by Skylign

Most Common Taxonomy
Group Unclassified (91.597 % of family members)
NCBI Taxonomy ID N/A
Taxonomy N/A

Most Common Ecosystem
GOLD Ecosystem Environmental → Terrestrial → Soil → Unclassified → Forest Soil → Soil
(31.933 % of family members)
Environment Ontology (ENVO) Unclassified
(36.134 % of family members)
Earth Microbiome Project Ontology (EMPO) Free-living → Non-saline → Soil (non-saline)
(37.815 % of family members)



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Multiple Sequence Alignments

Select alignment to view:      
Full Alignment
Alignment of all the sequences in the family.
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Filter
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IDLabel
.2.4.6.8.10.12.14.16.18.20.22.24.26.28.30.32.34.36.38.40.42.44.46.48.50.52.54.56.58.60.62.64.66.68.70.72.74.76.78.80.82.84.86.88.90.92.94.96.98.100.102.104.106.108.110.112.114.116.118.120.122.124.126.128.130.132.134.136.138.140.142.144.146.148.150.152.154.156.158.160.162.164.166.168.170.172.174.176.178.180.182.184.186.188.190.192.194.196.198.200.202.204.206.208.210.212.214.216.218.220.222.224.226.228.230.232.234.236.238.240.242.244.246.248.250.252.254.256.258.260.262.264.266.268.270.272.274.276.278.280.282.284.286.288.290.292.294.296.298.300.302.304.306.308.310.312.314.316.318.
1Ga0062385_106367291
2Ga0062385_112200431
3Ga0066810_101941351
4Ga0070674_1019943711
5Ga0070714_1024877431
6Ga0070713_1014388171
7Ga0070705_1008329061
8Ga0070679_1017864051
9Ga0068853_1021455101
10Ga0070732_107382111
11Ga0070732_108967941
12Ga0070763_108619491
13Ga0068852_1022892781
14Ga0068863_1021564381
15Ga0075028_1009400461
16Ga0074054_117578221
17Ga0075436_1012756251
18Ga0099795_103685391
19Ga0105248_125962351
20Ga0116125_12552071
21Ga0116215_14859211
22Ga0116216_106884771
23Ga0126373_124115601
24Ga0134088_105313451
25Ga0126370_118261811
26Ga0126378_122160271
27Ga0136449_1036954561
28Ga0134123_125733561
29Ga0126361_110476921
30Ga0137776_17337981
31Ga0137362_116262321
32Ga0137366_111258941
33Ga0137361_116649481
34Ga0137390_118329911
35Ga0137396_111332281
36Ga0126369_126315441
37Ga0182012_106535951
38Ga0182036_118092131
39Ga0182033_116764571
40Ga0182035_112326431
41Ga0182032_105536822
42Ga0182039_111379271
43Ga0182039_115188211
44Ga0182038_107064742
45Ga0187807_11132651
46Ga0187807_12810071
47Ga0187806_10546331
48Ga0187814_102480371
49Ga0187809_102481451
50Ga0187808_103569981
51Ga0187819_108095511
52Ga0187847_108520021
53Ga0187883_104745301
54Ga0187784_109263451
55Ga0187772_108534571
56Ga0187769_107792251
57Ga0210399_108309401
58Ga0210400_108515371
59Ga0210408_104306261
60Ga0210385_110803651
61Ga0210389_113791991
62Ga0179589_105400881
63Ga0207692_110303031
64Ga0207668_114908171
65Ga0257156_10938361
66Ga0208732_10148451
67Ga0208096_1064611
68Ga0209139_103196891
69Ga0209701_105734361
70Ga0209006_114694531
71Ga0265754_10132631
72Ga0170823_108890621
73Ga0307497_105700901
74Ga0318573_105299181
75Ga0318573_106301791
76Ga0318574_106912941
77Ga0310686_1032277671
78Ga0307474_114802581
79Ga0318493_105643121
80Ga0306918_113591091
81Ga0318492_108142261
82Ga0307475_110565961
83Ga0318535_103965301
84Ga0318526_103103471
85Ga0318546_107989401
86Ga0318498_103029371
87Ga0318498_103315781
88Ga0318497_104634921
89Ga0318564_105248221
90Ga0318564_105346541
91Ga0310917_111399101
92Ga0318511_105211941
93Ga0318511_106027051
94Ga0318512_106937081
95Ga0306923_120126781
96Ga0310916_111691021
97Ga0310910_113938141
98Ga0306926_127563101
99Ga0318531_105179401
100Ga0318562_106551461
101Ga0318556_105833841
102Ga0318506_105392771
103Ga0318575_106359271
104Ga0318505_103634801
105Ga0318510_105570941
106Ga0318513_106794491
107Ga0318514_104136801
108Ga0318514_106518421
109Ga0306924_118029601
110Ga0318525_104594111
111Ga0318525_106220281
112Ga0311301_123527681
113Ga0348332_135724831
114Ga0335082_108259522
115Ga0335079_100479487
116Ga0335078_118105571
117Ga0335083_110424311
118Ga0318519_107336021
119Ga0334854_097987_3_701
Powered by MSAViewer


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Structure & Topology

Predicted Secondary Structure and Topology

Predicted Topology & Secondary Structure
Classification: Globular Signal Peptide: No Secondary Structure distribution: α-helix: 31.25%    β-sheet: 10.58%    Coil/Unstructured: 58.17%
Feature Viewer
Position :
0
Zoom :
x 1
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Original

Variant

Get Predictions
Get Predictions

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Position

Original

Variant

20406080100120140160180SGDMTIGLTFKSWVRVHDVGYQGMIAVMTDGMRRFGLPELRLGPASPELREELTTLLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRANGVPNRGGMFALIGLQFDPVQGEDSGGWLTVCPPTCWDTSWEDFIADTCHGMFGFEKPRWHYIPEFGALVDALAKASequenceα-helicesβ-strandsCoilSS Conf. score
Powered by Feature Viewer

Predicted 3D Structure

Structure Viewer
Per-residue confidence (pLDDT):
  0-50   51-70   71-90   91-100  
pTM-score: 0.28
Powered by PDBe Molstar

Low Quality Model:

This family has a low confidence model (pTM < 0.7) and has not been screened against SCOPe or PDB.


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Gene Neighborhood

Neighboring Pfam domains




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Phylogeny

NCBI Taxonomy

Select NCBI taxonomy Level:

Visualization
All Organisms
Unclassified
8.4%91.6%
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Associated Scaffolds





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Environmental Properties

Associated Habitat Types

Select Environment Taxonomy Level:

Visualization
Peatland
Bog Forest Soil
Peatland
Freshwater Sediment
Sediment
Watersheds
Soil
Soil
Vadose Zone Soil
Terrestrial Soil
Tropical Forest Soil
Grasslands Soil
Surface Soil
Peatlands Soil
Soil
Forest Soil
Soil
Hardwood Forest Soil
Soil
Tropical Peatland
Bog
Forest Soil
Soil
Corn, Switchgrass And Miscanthus Rhizosphere
Corn Rhizosphere
Agricultural Soil
Soil
Plant Litter
Corn Rhizosphere
Switchgrass Rhizosphere
Populus Rhizosphere
Switchgrass Rhizosphere
Switchgrass Rhizosphere
Miscanthus Rhizosphere
Boreal Forest Soil
5.9%6.7%3.4%3.4%31.9%9.2%3.4%
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Associated Samples


Geographical Distribution
Zoom:     Powered by OpenStreetMap



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Family Sequences

Protein ID Sample Taxon ID Habitat Sequence
Ga0062385_1063672913300004080Bog Forest SoilALPDTTLTIPASISGDMTIGLTFKSWVRVHDVGYQGMIAVMTDGMRRFGLPELRLGPASPELREELTTLLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEIDIHRRDLDRANGVPNRGGMFALIGLQFDPGQSEDSGGWLTVCPPACWDTSWEDFIADTCHGMFGFEKPRWHYIPEFGALVDALAKAAQTLPEARSRFLSGDLPPGGRLMVRYDAADADE
Ga0062385_1122004313300004080Bog Forest SoilGMAFRVWSDLLARAQDTPNASGLLHLPRFLRTPAEMDIHRRDLDRAAGVPNRGGMFCLIGLRFDPAQGEDSGGWLTVCPPACWDTSWEDFIAHTCHGMFGFEKPRWHYIPEFGALVDALAKAAQTLPQARSRFLRGDLPPGGRLMVRYDAADADELRWARVESWDDAGHAV
Ga0066810_1019413513300005169SoilLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRANGVPNRGGTFALIGLQFDPVQGEDSGGWLTVCPPTCWDTSWEDFIADTCHGMFGFEKPRWHYIPEFGALVDALAKAAQTLPEARSRFLSGDLPPGGRLMVRYDAADADELRWARVESWEDA
Ga0070674_10199437113300005356Miscanthus RhizosphereKSWVRVHDVGYQGMIAVMTDGMRRFGLPELRLGPASPELREELTTLLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRANGVPNRGGTFALIGLQFDPVQSEDSGGWLTVCPPTCWDTSWEDFIADTCHGMFGFEKPRWHYIPEFGALVDALAEAAQTLPE
Ga0070714_10248774313300005435Agricultural SoilGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRANGVPNRGGTFALIGLQFDPVQGEDSGGWLTVCPPACWDTSWEDFIADTCHGMFGFEKPRWHYIPEFGALVDALAKAAQTLPEARSRFLSGDLPPGGRLMVRYDAADADELRWAKVESWEDA
Ga0070713_10143881713300005436Corn, Switchgrass And Miscanthus RhizosphereHNHRPHVQILGAVYDVGYQGTIAVMTDGMCRFGLPELRLGPASPDLQEELTTLLNGVAFRIWSDLIARARDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRASGVPNRGGMRTIIGLQFDPPKSEDSRGWLTICPPTCWDTNWEDFIADTCHAMFGFEKPRWHYIPEFGALVDALAKAAQTLPEARSRFLSGDLPPGGRLMVRYDAADADELRWAKVESWEDA
Ga0070705_10083290613300005440Corn, Switchgrass And Miscanthus RhizosphereLAAELGAPVLDPQALQVLTAEDALAALPDTTLTIPASISGDITIGLTFKSWVRVHDVGYQGMIAVMTDGMRRFGLPELRLGPASPELREELTTLLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRANGVPNRGGMFALIGLQFDPVQGEDSGGWLTVCPPTCWDTSWEDFIADTCHGMFGFEKPRWHYIPEFGALVDALAKAAQTLPEARSRFLSGDLPPGGRLMVRYD
Ga0070679_10178640513300005530Corn RhizosphereAEDALAALPDTTLTIPASISGDVTIGLTFKSWVRVHDVGCQGMIAVMTDGMRRFGLPELRLGPASPELREELTTLLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRANGVPNRGGTFALIGLRFDPVQSEDSGGWLTVCPPTCWDTSWEDFIADTCHGMFGFEKPRWHYIP
Ga0068853_10214551013300005539Corn RhizosphereLDPQALQVLTAEDALAALPDTRLTIPVSISGDITIGLTFKSWVRVHDVGYQGMIAVMTDGMRRFGLPELRLGPASPELREELTTLLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRANGVPNRGGMFALIGLQFDPVQGEDSGGWLTVCPPTCWDTSWEDFIAD
Ga0070732_1073821113300005542Surface SoilIAVMTDGMRRFGLPELRMGPASPDLREELTTILTGVAFRIWSDLLARAQDTPNATGLLHLPRFLRMPAEIDIHRRDLDRANGVPNRGGMFVTIGLQFDPAQSEDPVDWLTVCPPASWDMSWEDFIAETCHAMFGFEKPPWHYMPELGALLDALGEAARTLPEARSRFLGGDLPPGARLMARYDAADADELRWARVESWE
Ga0070732_1089679413300005542Surface SoilSGDMTIGLTFKSWVRVHDVGYQGMIAVMTDGMRRFGLPELRLGPASPELREELTTLLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRANGVPNRGGMFALIGLQFDPVQGEDSGGWLTVCPPTCWDTSWEDFIADTCHGMFGFEKPRWHYIPEFGALVDALAKA
Ga0070763_1086194913300005610SoilLLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRASGVPNRGGMFAVIGLQFDPVQNEDSGGWLTVCPPACWDTSWEDFIADMCHGMFGFEKPRWHYIPEFGALMDALAKAAQTLPETRSRFLSGDLPPGGQLMVRYDAADADELRWARVESWEDAGYAVIRDT
Ga0068852_10228927813300005616Corn RhizosphereTFKSWVRVHDVGYQGMIAVMTDGMRRFGLPELRLGPASPELREELTTLLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRANGVPNRGGMFALIGLQFDPVQSDEDSGGWLTVCPPTCWDTSWEDFIADTCHGMFGFEKPRWHYIPEFGALVDALAKAAQTLPEARSRFLSG
Ga0068863_10215643813300005841Switchgrass RhizosphereLDPQALQVLTAEDALAALPDTTLTIPASISGDITIGLTFKSWVRVHDVGYQGMIAVMTDGMRRFGLPELRLGPASPELREELTTLLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRANGVPNRGGTFALIGLQFDPVQSEDSGGWLTVCPPTCWDTSWEDFIADTCHGMFGF
Ga0075028_10094004613300006050WatershedsMRRFGLPELRLGPASPELREELTTLLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKAAGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRADGVPNRGGMVALIGLRFDPAESKDFGGWLTVCPPACWDTSWEDFIADTCHAMFGFEKPRWHYIPEFGALLDAMTKATKTLPEARSRFLHGDLPADGRLMVRHETA
Ga0074054_1175782213300006579SoilVLDPQALQVLTAEDALAPLPDTTLTIPASISGDITIGLTFKSWVRVHDVGYQGMIAVMTDGMRRFGLPELRLGPASPELREELTTLLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRANGVPNRGGTFALIGLQFDPVQGEDSGGWLTVCPPTC
Ga0075436_10127562513300006914Populus RhizosphereFKSWVRVDDVGYQGMIAVMTDGMRRFGLPELRLGPASPELREELTTLLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRASGVPNRGGMRTIIGLQFDPPKSEDSRGWLTICPPTCWDTNWEDFIADTCHAMFGFEKPRWHYIPEFGALVDALAKAAQTLPEARSRFLSG
Ga0099795_1036853913300007788Vadose Zone SoilTIGLTFKSWVRVHDVGYQGMIAVMTDGMRRFGLPELRLGPASPELQEELTTLLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRANGVPNRGGMFALIGLQFDPVQSEDSGGWLTVCPPTCWDTSWEDFIADTCHGMFGFEKPRWHYIPEFGALLDAMSKATKTLPEARSRFLHGDLPADGRLMVRHETADTGELRWARV
Ga0105248_1259623513300009177Switchgrass RhizosphereLQVLTAEDALAALPDTTPTIPASISDAITIGLDFKPWVRVDDVGYQGMIAVMTDGMRRFGLPELRLGPASPELREELTTLLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRANGVPNRGGTFALIGLRFDPVQSEDSGGWLTVCPPTCWDTSWEDFIADTCHGMFGFEKPRWHYIP
Ga0116125_125520713300009628PeatlandTFKSWVRVHDVGYQGVIAVMTDGMRRFGLPELRLGPTSPELREELTTLLNGVAFRIWSDLIARALDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMEIHRRDLDRANGVPNRGGAFALIGLQFDPAQGEDSGSWLTVCPPACWDTSWEDFIADMCHGMFGFEKPRWHYIPEFGALMDAL
Ga0116215_148592113300009672Peatlands SoilNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRANGVPNRGGMFALIGLQFDPGQSEDSGGWLTVCPPACWDTSWEDFIADTCHGMFGFEKPRWHYIPEFGALVDALAKAAQTLPEARSRFLSGDLPPGGRLMVRYDAADAGELRWARVESWEDAGHAVIRDTG
Ga0116216_1068847713300009698Peatlands SoilVGYQGMIAVMTDGMRRFGLPELRLGPALPELREELTTLLNGVAFRTWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRANGVPNRGGTFALIRLQFDPVQSEDSGGWLTVCPPACWDTSWEDFIADTCHGMFGFEKPRWHYIPEFGALVDALAKAAQTLPEARSRFLSGDLPPGGRLMVRYDAADADELRWAKVESW
Ga0126373_1241156013300010048Tropical Forest SoilLDSQAPQVLTAEQALLALPTMELTIPASSSDDVTVGLTFKLWVHVHVVGYLSMMAVMTDGMRRFGLPELRIGPASPDLREELTALLNGVAFRIWSGLLARAQQTPNGTGLVNTPRFLRIPAEMDIHRRDLDRANGVPNLGGMYTTVGLEVDPGPNENPRGLADRMPAGRLGLGHLGRR*
Ga0134088_1053134513300010304Grasslands SoilALQVLTAEDALAALPDTTLTIPASISGDITIGLTFKSWVRVHDVDYQGMIAVMTDGMRRFGLPELRLGPASPELREELTTLLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRVLRVPAEMDIHRRDLDRANGVPNRGGMFVLIGLQFDPGQSEDSGGWLTVCPPACWDTSWEDFIADTCHGMFGFEKPRWHYIP
Ga0126370_1182618113300010358Tropical Forest SoilLGAPVLDLQAPQVLTAEDALAALPDTTLTIPASISDDITIGLTFKSWVRVHDVGYQGMIAVMTDGMRRFGLPELRLGPASPELREELTTLLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRANGVPNRGGMFALIGLQFDPGQSEDSGGWLTVCPPACWDTSWEDFIADTCHGMFGFEKP
Ga0126378_1221602713300010361Tropical Forest SoilALKVPASISDNVSIGLAFKPWVRIHHVGYLGMIAVMTDGMRRFGLPEFRMGAAPPDLREELVMLLSGVAFRFWSDLIARAQQTPNAVGLLNLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRANGVPNRGGTVTTVGLSFEPAQSGRPGGWLTVCPPADWDMGWEDFIANTCHAMFGFEKPRWHYIPELGALLDAVDKATQTLPAARSRFLRGDLPPGG
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Ga0134123_1257335613300010403Terrestrial SoilIGLTFKSWVRVHDVGCQGMIAVMTDGMRRFGLPELRLGPASPELREELTTLLNGVAFRIWSDLIARAQDTPKATGLLHLPRFLRVPAEMDIHRRDLDRANSVPNRGGMFALIGLQFDPAQGEDSGGWLTVCPPTCWDTSWEDFIADTCHGMFGFEKPRWHYIPEFGALVDALAEAAQTLPEARSRFLSGDLP
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