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A database of Novel Metagenome Protein Families

A database of Novel Metagenome Protein Clusters

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Metagenome Family F043439

Metagenome Family F043439

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Overview Alignments Structure & Topology Gene Neighborhood Phylogeny Ecosystems Sequences
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Overview

Basic Information
Family ID F043439
Family Type Metagenome
Number of Sequences 156
Average Sequence Length 128 residues
Representative Sequence NIVDEFGYTVRGVGVSNGFAYAGPRQRNLRAPFQRYAHNNGILLEGATETGNSNIKLENESGVLTSEFGISASTTIADWAQLRFTGTLNTNVDGETMRFKDLEGTNSDLDHRNNFAFPTDITQEPS
Number of Associated Samples 127
Number of Associated Scaffolds 156

Quality Assessment
Transcriptomic Evidence No
Most common taxonomic group Unclassified
% of genes with valid RBS motifs 0.00 %
% of genes near scaffold ends (potentially truncated) 100.00 %
% of genes from short scaffolds (< 2000 bps) 97.44 %
Associated GOLD sequencing projects 118
AlphaFold2 3D model prediction No

Note: High quality evidence is represented by blue. Low quality evidence is represented by red.
Hidden Markov Model
Powered by Skylign

Most Common Taxonomy
Group Unclassified (91.026 % of family members)
NCBI Taxonomy ID N/A
Taxonomy N/A

Most Common Ecosystem
GOLD Ecosystem Environmental → Aquatic → Marine → Unclassified → Unclassified → Marine
(29.487 % of family members)
Environment Ontology (ENVO) Unclassified
(83.333 % of family members)
Earth Microbiome Project Ontology (EMPO) Free-living → Saline → Water (saline)
(96.154 % of family members)



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Multiple Sequence Alignments

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Alignment of all the sequences in the family.
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IDLabel
.2.4.6.8.10.12.14.16.18.20.22.24.26.28.30.32.34.36.38.40.42.44.46.48.50.52.54.56.58.60.62.64.66.68.70.72.74.76.78.80.82.84.86.88.90.92.94.96.98.100.102.104.106.108.110.112.114.116.118.120.122.124.126.128.130.132.134.136.138.140.142.144.146.148.150.152.154.156.158.160
1LPaug09P1610mDRAFT_10258942
2JGI20151J14362_100841451
3JGI24006J15134_102187201
4Ga0068511_10249121
5Ga0066825_103313881
6Ga0066377_102504122
7Ga0066370_103041412
8Ga0099693_10354001
9Ga0098042_10309712
10Ga0098041_10092293
11Ga0098036_10291952
12Ga0102817_11211181
13Ga0102825_10200091
14Ga0105748_102379082
15Ga0115566_104899871
16Ga0114994_104204571
17Ga0114998_101441281
18Ga0115548_10480292
19Ga0115545_11314501
20Ga0114932_106405212
21Ga0115571_11647331
22Ga0115572_101930982
23Ga0115013_103468572
24Ga0115013_114266181
25Ga0114933_101445991
26Ga0114933_103338801
27Ga0115002_109824001
28Ga0115001_101303681
29Ga0098043_12087732
30Ga0098043_12299841
31Ga0098056_12868202
32Ga0160422_105375941
33Ga0160423_110487231
34Ga0163179_106855942
35Ga0163179_112337651
36Ga0163111_117970071
37Ga0163111_120541382
38Ga0163111_125621291
39Ga0181377_10780032
40Ga0181369_10591891
41Ga0181387_10788361
42Ga0181387_11168712
43Ga0181412_10483892
44Ga0181383_10551852
45Ga0181398_11662211
46Ga0181419_10580482
47Ga0181396_10653111
48Ga0181396_11358621
49Ga0181416_10644941
50Ga0181415_10085523
51Ga0181415_10131232
52Ga0181415_10594512
53Ga0181426_11078512
54Ga0181433_11691081
55Ga0181421_11588901
56Ga0181402_11913712
57Ga0181397_10506652
58Ga0181389_12089721
59Ga0181405_10876402
60Ga0181405_11895761
61Ga0187219_10931551
62Ga0181407_11679081
63Ga0181420_10838171
64Ga0181420_12140011
65Ga0181420_12232661
66Ga0181409_12214731
67Ga0181414_10494461
68Ga0181414_12018631
69Ga0181408_11248442
70Ga0181408_11808371
71Ga0181385_10613111
72Ga0181385_10858252
73Ga0181406_12314901
74Ga0181425_10679731
75Ga0181430_10811651
76Ga0181430_11356221
77Ga0181386_10556022
78Ga0181386_10971802
79Ga0181394_12681921
80Ga0181395_11522092
81Ga0181423_11687472
82Ga0181380_12347082
83Ga0206127_12651542
84Ga0206127_12706302
85Ga0211584_10670562
86Ga0211635_10121221
87Ga0211627_10188751
88Ga0211495_11083581
89Ga0211667_10491811
90Ga0211597_10550972
91Ga0211507_10484202
92Ga0211605_10254231
93Ga0211626_10761072
94Ga0211626_11339791
95Ga0211477_100987972
96Ga0211647_101577962
97Ga0211647_102382332
98Ga0211652_100971971
99Ga0211652_102945921
100Ga0211582_103987581
101Ga0211499_101123632
102Ga0211499_101359852
103Ga0211496_102634812
104Ga0211472_103096652
105Ga0211587_102703181
106Ga0211644_102129431
107Ga0211528_102005591
108Ga0211528_104025841
109Ga0211653_100775672
110Ga0211653_101488172
111Ga0211620_102331722
112Ga0211565_100738371
113Ga0211539_102123981
114Ga0211576_102097492
115Ga0211574_104152712
116Ga0211638_102312001
117Ga0211642_105101672
118Ga0211641_104121651
119Ga0211545_102086851
120Ga0211643_104000782
121Ga0211486_102648291
122Ga0211713_104559322
123Ga0211475_103256642
124Ga0211475_105675341
125Ga0211547_105475242
126Ga0211541_104176341
127Ga0206682_101544342
128Ga0206123_103510212
129Ga0213863_101182372
130Ga0222717_104899481
131Ga0224906_10492981
132Ga0244775_107143331
133Ga0244776_106404701
134Ga0208669_10945272
135Ga0208159_10623972
136Ga0209337_13227881
137Ga0209532_11278242
138Ga0209193_10831072
139Ga0209632_104138912
140Ga0209710_11480961
141Ga0209192_100072273
142Ga0209433_102156131
143Ga0209090_101507072
144Ga0209090_104792901
145Ga0209359_100742481
146Ga0209092_103749032
147Ga0209503_101853912
148Ga0257106_11149602
149Ga0257110_13367621
150Ga0185543_10402752
151Ga0185543_10682942
152Ga0183748_11088952
153Ga0183826_10245081
154Ga0315316_104554212
155Ga0315315_109581021
156Ga0315315_117685551
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Structure & Topology

Predicted Secondary Structure and Topology

Predicted Topology & Secondary Structure
Classification: Globular Signal Peptide: No Secondary Structure distribution: α-helix: 0.00%    β-sheet: 42.86%    Coil/Unstructured: 57.14%
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Original

Variant

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Get Predictions

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Position

Original

Variant

102030405060708090100110120NIVDEFGYTVRGVGVSNGFAYAGPRQRNLRAPFQRYAHNNGILLEGATETGNSNIKLENESGVLTSEFGISASTTIADWAQLRFTGTLNTNVDGETMRFKDLEGTNSDLDHRNNFAFPTDITQEPSSequenceα-helicesβ-strandsCoilSS Conf. score
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Gene Neighborhood

Neighboring Pfam domains




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Phylogeny

NCBI Taxonomy

Select NCBI taxonomy Level:

Visualization
All Organisms
Unclassified
9.0%91.0%
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Associated Scaffolds





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Environmental Properties

Associated Habitat Types

Select Environment Taxonomy Level:

Visualization
Marine
Seawater
Marine
Marine Water
Marine
Surface Seawater
Seawater
Seawater
Estuary Water
Seawater
Estuarine
Marine
Estuarine
Estuarine Water
Pelagic Marine
Seawater
Pelagic Marine
Seawater
Deep Subsurface
18.6%29.5%3.8%27.6%
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Associated Samples


Geographical Distribution
Zoom:     Powered by OpenStreetMap



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Family Sequences

Protein ID Sample Taxon ID Habitat Sequence
LPaug09P1610mDRAFT_102589423300000149MarineFAYAGPRMKNLQAPFTRYAHSNGILLEGSTETGNSNLKLENESGVITSEFGISASTTLADWAQLRFTGTLNTSVDGETMRIQDINGTNSNVNHKNNFAFPSDITQEPS*
JGI20151J14362_1008414513300001346Pelagic MarineEDGTGKVAAEDVGLIVDEFGYTVRGTGVSNGFAYGGPRMRNLRAPFTRYAHNNGILLEGATETGNSNIRLESESGVITSEFGISASTTIADWAQLRFTGTLNTDVDGETMRLKDLEGTNSDLDHKNNFAFPTDITQEPS*
JGI24006J15134_1021872013300001450MarineELNLHPETTIETEQRSRNSFYSLNSYKVRNVEVSNGFAYAGPRQRNLKAPFSRYAHNNGILLEGHTETGDSNIRLENESGVLASEFGISASTTIADWAQLRFTGTLNTSVDGETMRIQDLEGTNSNLNHKNNFAFPTDITQEPS*
Ga0068511_102491213300005057Marine WaterNIVDEFGYTVRGVGVSNGFAYAGPRQRNLRAPFQRYAHNNGILLEGATETGNSNIKLENESGVLTSEFGISASTTIADWAQLRFTGTLNTNVDGETMRFKDLEGTNSDLDHRNNFAFPTDITQEPS*
Ga0066825_1033138813300005510MarinePFTLEDGTGFLAAEDVGNIVDESGYTVRGTAVSNGFAYAGPRQRNLRAPFQRYAHSNGILLEGATETGNSNIKLENESGALISEFGISASTTIADWAQLRFTGTLNENVDGETMRFKDLEGTNSDLDHRNNFAFPTDITQEPS*
Ga0066377_1025041223300005934MarineYTVRGVGVSNGFAYAGPRQRNLRAPFQRYAHNNGILLEGATETGNSNIKLENESGVLTSEFGISASTTIADWAQLRFTGTLNENVDGETMRFKDLEGTNSDLDHRNNFAFPTDITQEPS*
Ga0066370_1030414123300005971MarineSLNSEPFTLEDGTGFLAKEDVGNIVDEFGYTVRGTAVSNGFAYAGPRQRNLRAPFQRYAHSNGILLEGATETGNSNIKLENESGALISEFGISASTTIADWAQLRFTGTLNENVDGETMRFKDLEGTNSDLDHRNNFAFPTDITQEPS*
Ga0099693_103540013300006345MarineAGPRQRNLRAPFQRYAHNNGILLEGATETGNSNVKLENESGVIASEFGASASTTIADWAQLRFTGTLNTNVDGETMRFKDLEGTNSDLDHRNNFAFPTDITQEPS*
Ga0098042_103097123300006749MarineYSLNSTPFTLEDGTGKIAAEDVGFIVDEFGYTVRGVGVSTGFAYAGPRMRNLRAPFERYAHNNGILLEGHTETGNSNVKLENESGVLQSEFGISASTTISDWAQLRFTGTLNTNVDGETMRLKDLEGTNSDLGHRNNFAFPTDVTSEPT*
Ga0098041_100922933300006928MarineRMRNLRAPFTRYAHNNGILLEGHTETGNSNIRLESESGVLQSEFGISASTTIADWAQLRFTGTLNTDVDGETMRFKDLEGTNSDLDHKNNFAFPTDITQEPS*
Ga0098036_102919523300006929MarineSNGFAYAGPRQRNLRAPFSRYAHNNGILLEGHTETGNSNIRLESESGVITSEFGISASTTLSDWAQLRFTGTLNTSVDGETMRLQDLEGTNSNLNHKNNFAFPTDITQEPS*
Ga0102817_112111813300007555EstuarinePETTIETEQRSRNSFYSLNSYKVRNVDVSNGFAYAGPRQRNLRSPFQRYAHNNGILLEGHTETGDSNIRLESESGVITSEFGISASTTLADWAQLRFTGTLNTSVDGETMRIQDLEGTNSNLNHKNNFAFPTDITQEPS*
Ga0102825_102000913300007655EstuarineQKELNLSPETTIETEQRSRNSFYSLNSYKVRNVDVSNGFAYAGPRQRNLRSPFQRYAHNNGILLEGHTETGDSNIRLESESGVITSEFGISASTTIADWAQLRFTGTLNTSVDGETMRIQDINGTNSNVNHKNNFAFPSDITQEPS*
Ga0105748_1023790823300007992Estuary WaterKVRNVDVSNGFAYAGPRMKNLQAPFTRYAHGNGILLEGSTETGNSNLKLENESGVITSEFGISASTTLADWAQLRFTGTLNTSVDGESMRIQDINGTNSNVNHKNNFAFPSDITQEPS*
Ga0115566_1048998713300009071Pelagic MarineGFAYGGPRMRNLRAPFTRYAHNNGILLEGATETGNSNIKLESESGVLASEFGASASTTIADWAQLRFTGTLNTDVDGETMRFKDLEGTNSDLDHKNNFAFPTDITQEPS*
Ga0114994_1042045713300009420MarineETTIELEQRNRNSFYSLNSYKVRNVDVSNGFAYAGPRMKNLQAPFTRYAHSNGILLEGSTATGNSNLKLENESGVITSEFGISASTTLADWAQLRFTGTLNTSVDGETMRIQDINGTNSNVNHKNNFAFPSDITQEPS*
Ga0114998_1014412813300009422MarinePETTIETEQRSRNSFYSLNSYKVRNVEVSNGFAYAGPRQRNLKAPFSRYAHNNGILLEGHTETGDSNIRLENESGVLASEFGISASTTIADWAQLRFTGTLNTSVDGETMRISDLEGTNSSLNHKNNFAFPTDITQEPS*
Ga0115548_104802923300009423Pelagic MarineFLAAEDVGNIVDEFGYTVRGAAVSNGFAYGGARMRNLKAPFTRYAHNNGILLEGATETGNSNIRLESESGVITSEFGISASTTIADWAQLRFTGTLNTDVDGETMRLKDLEGTNSDLDHKNNFAFPTDITQEPS*
Ga0115545_113145013300009433Pelagic MarineNVDVSNGFAYAGPRQRNLRAPFSRYAHNNGILLEGHTETGDSNIRLESESGVITSEFGISASTTLADWAQLRFTGTLNTSVDGETMRIQDLEGTNSNLNHKNNFAFPTDITQEPS*
Ga0114932_1064052123300009481Deep SubsurfacePRMRNLRAPFTRYAHNNGILLEGATETGNSNIKLESESGVLASEFGISASTTIADWAQLRFTGTLNTDVDGETMRLKDLEGTNSDLDHRNNFAFPTDITQEPS*
Ga0115571_116473313300009495Pelagic MarineRSRNSFYSLNSYKVRNVDVSNGFAYAGPRQRNLRAPFSRYAHNNGILLEGHTETGDSNIRLESESGVITSEFGISASTTIADWAQLRFTGTLNENVDGETMRLQDLEGTNSNLNHKNNFAFPTDITQEPS*
Ga0115572_1019309823300009507Pelagic MarineVSNGFAYGGPRMRNLRAPFTRYAHNNGILLEGATETGNSNIRLESESGVITSEFGISASTTIADWAQLRFTGTLNTDVDGETMRLKDLEGTNSDLDHKNNFAFPTDITQEPS*
Ga0115013_1034685723300009550MarineETEQRSRNSFYSLNSYKVRNVDVSNGFAYAGPRQRNLRAPFERYAHNNGILLEGHTETGNSNIRLESESGVITSEFGISASTTLSDWAQLRFTGTLNTSVDGETMRLQDLEGTNSNLNHKNNFAFPTDITQEPS*
Ga0115013_1142661813300009550MarineRNRNSFYSLNSEGFTLEDGTGKVAAEDVGLIVDEFGYTVRGVSVSNGFAYAGPRQRNLRAPFQRYAHNNGILLEGHTETGNSNIRLENESGVLQSEFGISASTTIADWAQLRFSGTLNENVDGETMRLKDLEGTNSDLDHRNNFAFPTDITQEPS*
Ga0114933_1014459913300009703Deep SubsurfaceNVDVSNGFAYAGPRQRNLRAPFIRYAHNNGILLEGNTETGNSNIRLESESGVIASEFGISASTTLSDWAQLRFTGTLNTNVDGETMRLSDLEGTNSNLDHRNNFAFPTDITQEPS*
Ga0114933_1033388013300009703Deep SubsurfaceANEDVGKILDESGYTVKGTGVSNGYAYAGPRMRNLKTYALSLFAHNNGLLLEGATETGNSNIKLENESGVLASEFGISSSTTISDWDQLRFTGTLNTSVDGESLTLGDINGNNTNLNHKTNFAFPTDITQEPS*
Ga0115002_1098240013300009706MarineETEQRSRNSFYSLNSYKVRNVDVSNGFAYAGPRQRNLKAPFSRYAHNNGILLEGHTETGDSNIRLENESGVLASEFGISASTTIADWAQLRFTGTLNTSVDGETMRIQDLEGTNSNLNHKNNFAFPTDITQEPS*
Ga0115001_1013036813300009785MarineHPETTIETEQRSRNSFYSLNSYKVRNVEVSNGFAYAGPRQRNLKAPFSRYAHNNGILLEGHTETGDSNIRLENESGVLASEFGISASTTIADWAQLRFTGTLNTSVDGETMRISDLEGTNSSLNHKNNFAFPTDITQEPS*
Ga0098043_120877323300010148MarineVSNGFAYGGPRMRNLRAPFTRYAHNNGILLEGHTETGNSNIRLESESGVLQSEFGISASTTIADWAQLRFTGTLNEDVDGETMRLLDLDGVNTDLDHKNNFAFPTDITQEPS*
Ga0098043_122998413300010148MarineEQRNRNSFYSLNTDPFTLEDGTGFIAAEDVGNIVDESGYTVRGTAVSNGFAYAGPRQRNLRAPFQRYAHSNGILLEGATETDNSNVKLENESGALISEFGISASTTLSDWAQLRFTGTLNENVDGETMRFKDLEGTNSDLDHRNNFAFPTDITQEPS*
Ga0098056_128682023300010150MarineSNGFAYAGPRQRNLRAPFERYAHNNGILLEGHTETGNSNIRLESESGVITSEFGISASTTIADWAQLRFTGTLNTNVDGETMRLKDLEGTNSDLRHRNNFAFPTDVTSEPT*
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