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A database of Novel Metagenome Protein Families

A database of Novel Metagenome Protein Clusters

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Metagenome Family F029394

Metagenome Family F029394

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Overview Alignments Structure & Topology Gene Neighborhood Phylogeny Ecosystems Sequences
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Overview

Basic Information
Family ID F029394
Family Type Metagenome
Number of Sequences 188
Average Sequence Length 189 residues
Representative Sequence DVLALLGAIVALFLGPASGPWWSVTGATTSKLLTVQVSPFYLQADATGLSPSTLFSVPLGSFTSLLLILSMIALGASSFHPGTWWNKLAVYFSLCSMTELYLSFLLMYHGALTMLLGAYGILPPYLGTSPLLANIVGLDLNSHPNPLVTASFSLPFYLGFLSIGLITTSLIVNDIVERRKTREMQGVGAIFTNNS
Number of Associated Samples 115
Number of Associated Scaffolds 188

Quality Assessment
Transcriptomic Evidence No
Most common taxonomic group Archaea
% of genes with valid RBS motifs 13.44 %
% of genes near scaffold ends (potentially truncated) 68.62 %
% of genes from short scaffolds (< 2000 bps) 75.53 %
Associated GOLD sequencing projects 96
AlphaFold2 3D model prediction Yes
3D model pTM-score0.33

Note: High quality evidence is represented by blue. Low quality evidence is represented by red.
Hidden Markov Model
Powered by Skylign

Most Common Taxonomy
Group Archaea (85.106 % of family members)
NCBI Taxonomy ID 2157
Taxonomy All Organisms → cellular organisms → Archaea

Most Common Ecosystem
GOLD Ecosystem Environmental → Terrestrial → Soil → Unclassified → Grasslands → Soil
(44.681 % of family members)
Environment Ontology (ENVO) Unclassified
(62.766 % of family members)
Earth Microbiome Project Ontology (EMPO) Free-living → Non-saline → Soil (non-saline)
(65.426 % of family members)



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Multiple Sequence Alignments

Select alignment to view:      
Full Alignment
Alignment of all the sequences in the family.
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IDLabel
.2.4.6.8.10.12.14.16.18.20.22.24.26.28.30.32.34.36.38.40.42.44.46.48.50.52.54.56.58.60.62.64.66.68.70.72.74.76.78.80.82.84.86.88.90.92.94.96.98.100.102.104.106.108.110.112.114.116.118.120.122.124.126.128.130.132.134.136.138.140.142.144.146.148.150.152.154.156.158.160.162.164.166.168.170.172.174.176.178.180.182.184.186.188.190.192.194.196.198.200.202.204.206.208.210.212.214.216.218.220.222.224.226.228.230.232.234.236.238.240.242.244.246.248.250.252.254.256.258.260.262.264.266.268.270.272.274.276.278.280.282.284.286.288.290.292.294.296.298.300.302.304.306.
1JGI25384J37096_102259021
2JGI25382J37095_101284801
3JGI25382J43887_100065153
4JGI25382J43887_101799932
5JGI25390J43892_100028633
6JGI25390J43892_100385902
7JGI25389J43894_10689791
8Ga0066674_100916381
9Ga0066674_101127561
10Ga0066672_105015121
11Ga0066672_105299331
12Ga0066672_109781241
13Ga0066677_101626152
14Ga0066677_103230111
15Ga0066680_102753231
16Ga0066679_100782081
17Ga0066679_101344611
18Ga0066690_100506401
19Ga0066690_101253951
20Ga0066690_109610071
21Ga0066690_110011741
22Ga0066688_102998841
23Ga0066688_103345971
24Ga0066688_107089591
25Ga0066688_109428701
26Ga0066688_109709121
27Ga0066688_110161651
28Ga0066684_106745011
29Ga0066685_100208554
30Ga0066685_102667121
31Ga0066678_100111911
32Ga0066678_106621701
33Ga0066676_100559941
34Ga0066675_100967361
35Ga0070708_10000137311
36Ga0070708_1002118833
37Ga0066686_101763811
38Ga0066686_110087291
39Ga0066689_100062356
40Ga0066689_101907811
41Ga0066689_101939341
42Ga0066689_109712301
43Ga0066682_101291112
44Ga0066682_101501121
45Ga0066682_107734851
46Ga0070707_100000006165
47Ga0066701_100011202
48Ga0066701_104114631
49Ga0066701_106484971
50Ga0066701_108435511
51Ga0066695_100574002
52Ga0066695_100732161
53Ga0066661_103349011
54Ga0066692_103038671
55Ga0066704_107258541
56Ga0066704_108690381
57Ga0066700_110970351
58Ga0066699_101642023
59Ga0066699_112531781
60Ga0066703_106741831
61Ga0066705_100826071
62Ga0066702_100352802
63Ga0066708_100568851
64Ga0066708_102855671
65Ga0066691_100783552
66Ga0066691_108411931
67Ga0066706_106687561
68Ga0066706_107618811
69Ga0066706_114380691
70Ga0066706_114430491
71Ga0066696_102613961
72Ga0066656_108720151
73Ga0079222_114815671
74Ga0066665_100459934
75Ga0066665_101175771
76Ga0066665_103474042
77Ga0066659_101417131
78Ga0066659_109265402
79Ga0066660_101272163
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81Ga0099791_102928231
82Ga0099793_100020754
83Ga0099793_101021212
84Ga0099793_101103002
85Ga0099794_100105106
86Ga0066710_1004543753
87Ga0066710_1010629863
88Ga0066710_1017446691
89Ga0066710_1036571781
90Ga0099830_101410993
91Ga0099828_115333611
92Ga0099827_100930682
93Ga0099827_105247751
94Ga0066709_1017752921
95Ga0066709_1018797441
96Ga0134070_102421632
97Ga0134088_101289531
98Ga0134063_100328583
99Ga0134071_100540562
100Ga0137392_100764262
101Ga0137391_102406381
102Ga0137391_104946882
103Ga0137393_105323602
104Ga0137393_113164431
105Ga0137389_100163321
106Ga0137388_104341591
107Ga0137365_108017311
108Ga0137399_1000026419
109Ga0137399_101689531
110Ga0137399_104811192
111Ga0137362_100896921
112Ga0137380_100801541
113Ga0137380_100950124
114Ga0137380_102850712
115Ga0137381_110135261
116Ga0137381_111403661
117Ga0137379_106686661
118Ga0137377_111948861
119Ga0137387_100382512
120Ga0137386_101586472
121Ga0137367_109267411
122Ga0137366_102597112
123Ga0137371_102167571
124Ga0137371_104195232
125Ga0137385_107388271
126Ga0137360_101136772
127Ga0137361_106399622
128Ga0137390_108118641
129Ga0137396_100343633
130Ga0137396_101078372
131Ga0137419_106573181
132Ga0137416_104221351
133Ga0137410_103089722
134Ga0134076_103643521
135Ga0134087_106211451
136Ga0134081_104175451
137Ga0134075_104486711
138Ga0137409_100342697
139Ga0134112_102074111
140Ga0066667_101941043
141Ga0066667_105861941
142Ga0066667_114248801
143Ga0066662_103648112
144Ga0137417_11888021
145Ga0207646_10000017128
146Ga0209350_10005348
147Ga0209235_10641332
148Ga0209237_10062684
149Ga0209237_10246474
150Ga0209237_11008391
151Ga0209236_10336711
152Ga0209055_100108010
153Ga0209055_10472712
154Ga0209055_11669791
155Ga0209239_10496512
156Ga0209761_11776171
157Ga0209686_11007632
158Ga0209154_10467591
159Ga0209802_100080719
160Ga0209375_11308342
161Ga0209803_10391052
162Ga0209803_13088551
163Ga0209159_10419652
164Ga0257181_10187652
165Ga0209690_11420141
166Ga0209059_10927943
167Ga0209378_10005269
168Ga0209161_100427604
169Ga0209161_100622871
170Ga0209161_101341591
171Ga0209161_102255461
172Ga0209689_10748303
173Ga0209689_14355171
174Ga0209180_101304082
175Ga0209283_107881611
176Ga0209283_109498931
177Ga0209590_104687231
178Ga0307469_104365241
179Ga0307469_105119382
180Ga0307473_100424463
181Ga0307479_101559032
182Ga0307471_1000317751
183Ga0307471_1003567992
184Ga0307471_1004975771
185Ga0307471_1013799811
186Ga0307472_1001159333
187Ga0307472_1019974041
188Ga0307472_1024698491
Powered by MSAViewer


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Structure & Topology

Predicted Secondary Structure and Topology

Predicted Topology & Secondary Structure
Classification: Transmembrane (alpha-helical) Signal Peptide: Yes Secondary Structure distribution: α-helix: 51.12%    β-sheet: 0.00%    Coil/Unstructured: 48.88%
Feature Viewer
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20406080100120140160180DVLALLGAIVALFLGPASGPWWSVTGATTSKLLTVQVSPFYLQADATGLSPSTLFSVPLGSFTSLLLILSMIALGASSFHPGTWWNKLAVYFSLCSMTELYLSFLLMYHGALTMLLGAYGILPPYLGTSPLLANIVGLDLNSHPNPLVTASFSLPFYLGFLSIGLITTSLIVNDIVERRKTREMQGVGAIFTNNSExtracel.Cytopl.Extracel.Cytopl.Sequenceα-helicesβ-strandsCoilSS Conf. scoreSignal PeptideTM segmentsTopol. domains
Powered by Feature Viewer

Predicted 3D Structure

Structure Viewer
Per-residue confidence (pLDDT):
  0-50   51-70   71-90   91-100  
pTM-score: 0.33
Powered by PDBe Molstar

Low Quality Model:

This family has a low confidence model (pTM < 0.7) and has not been screened against SCOPe or PDB.


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Gene Neighborhood

Neighboring Pfam domains


Neighboring Clusters of Orthologous Genes (COGs)



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Phylogeny

NCBI Taxonomy

Select NCBI taxonomy Level:

Visualization
All Organisms
Unclassified
98.9%
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Associated Scaffolds





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Environmental Properties

Associated Habitat Types

Select Environment Taxonomy Level:

Visualization
Vadose Zone Soil
Grasslands Soil
Agricultural Soil
Soil
Grasslands Soil
Soil
Hardwood Forest Soil
Soil
Corn, Switchgrass And Miscanthus Rhizosphere
26.6%4.8%44.7%13.3%5.9%
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Associated Samples


Geographical Distribution
Zoom:     Powered by OpenStreetMap



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Family Sequences

Protein ID Sample Taxon ID Habitat Sequence
JGI25384J37096_1022590213300002561Grasslands SoilLTVQISPFYLRADATGLSASTFFSVPLGSFTSLLLILSLIALGASSFHPATWWNKLAVYFSLCSMTELYLSFLLMYHGALTMLLGAYGVLPPYSGTSLLPANVVGLDLNSHPNPLVTASFSVPFYLGFLSLGLITTSLIVNGIVERGKTRERRGVGAIFTNNSE*
JGI25382J37095_1012848013300002562Grasslands SoilLGLLRQIDVLALLGAIVALFLGPTSGPWWTVTGATTSKLLTVQVSPFYLQTDATGLSPTTFFSVPLGSFTSLLFILSLIALGASSIHRGTWWNKLAIYFSLCTMMELYLSFLLMYHGALTMLLGAYGIVPPYSGTSHLLGNIVGLDFNSYLNPLVTASFSLPFYLGFLSLGLIATSLILNDIAEK
JGI25382J43887_1000651533300002908Grasslands SoilLGLLRQIDVLALLGAIVALFLGPTSGPWWTVTGATTSKLLTVQVSPFYLQTDATGLSPTTFFSVPLGSFTSLLFILSLIALGASSIHRGTWWNKLAIYFSLCTMMELYLSFLLMYHGALTMLLGAYGIVPPYSGTSHLLGNIVGLDFNSYLNPLVTASFSLPFYLGFLSLGLIATSLILNDIAEKRKRRDQLGVAAIFTIDSEA*
JGI25382J43887_1017999323300002908Grasslands SoilTVQVSPFYLQTDVTGLSENTFFSVPLGSFTSLLLILSLIALGASSFHPGTWWNKLAVYFSLCSMTELYLSFLLMYHGALTMLLGAYGILPPYSGTSHLLANIVGLDLNSHLNPLVTASFSLPFYLGFVSIGLITTSLIVNDIVEKRKTRERRGVGAIFTNDS*
JGI25390J43892_1000286333300002911Grasslands SoilVGTIVALFLGPTSGPWWSITGATTSKLLRVQVSPFYLQTDASGLSPTTFFSVPLGSFTNLLFILSLIALGASSIHRGTWWNKLAVYFGLCSMTELYLSFLLMYHGALTLLLGAYGVVPPYFGTNHLFANIVGLDLNSHPNPLVTASFSLPFYLGFLSIGLITSSLIVNGIVERRETRERRGVGAIFTNDS*
JGI25390J43892_1003859023300002911Grasslands SoilGVTTSKLLTVQVSPFYLQTDATGLSMSAFFSVPLGLFTSLLLILSLIALGASSFHPGAWWNKLATYFSLCSMTELYLSFLLMYHGALTMLLGAYGILPAYSGTSHLLANVVGLDLNSHPNPLVTASFGLPFYLGFLSLGLIATSLIVNDIVEKRKMRDHRGVAAIFTTDSES*
JGI25389J43894_106897913300002916Grasslands SoilIRSAYLDVDGNDQVKASSLARRELRLLRRIDVLALLGAIVALFLGPAAIVALFLGPASGPWWSVTGATTSKLLTVQVSPFYLQADATGFSPSTFFSVPLGSFTSLLLILSLIALGASSFHPGAWWNKLAVYFSLCSMTELYLSFLLMYHGALTMLLGAYGILPPYSGTSLLPANVVGLDLNSHPNPLVTASFSLPFYLGFL
Ga0066674_1009163813300005166SoilDFLALLGAVVALFLGPASGPWWTVTGATTSKLLTVQVSPFYLQADATGLSPSTFFSVPLGSFTSLLLILSLIALGASSIHRGSWWNKLAVYFSLCSMTELYLSFLLMYHGALTMLLGAYGILPPYFGTSPLLANIVGLDLNSYPNPLVIAGFRLPFYLGFVSIGLITTSLIVNNIVGNREKRHQRGVAAVFTADSE*
Ga0066674_1011275613300005166SoilDFLALLGAVVALFLGPASGPWWTVTGATTRKLLTVQVSPFYLQADATGLSPSTFFSVPLGSFTSLLLILSLIALGASSIHRGSWWNKLAVYFSLCSMTELYLSFLLMYHGALTMLLGAYGILPPYLGTSPLLANIVGLDLNSHPNPLVTASFGLPFYLGFLSLGLITTSLIVNDIVERRKTREMRGVGAIFTNNS*
Ga0066672_1050151213300005167SoilLRRIDVLALLGAIVALFLGPASGPWWSITGATTSKLLTVQVSPFYLQADATGLSPSTFFSVPLGSFTSLLLILSMIALGASSFHPGTWWSKLAVYFSLCSMTELYLSFLLMYHGALTMLLGAYGILPPYLGTSPLLANIVGLDLNSHPNPLVTASFSLPFYLGFLSLGLITTSLIVNDIVERRKTREMRGVGAIFTNNS*
Ga0066672_1052993313300005167SoilWSVTGATTSNLLTVQVSPFYLQADAAGLSPSTFFSVPLGSLTSLLLTLSLIALGASSFHPGAWWNKLAVYFSLCSMTELYLSFLLMYHGALTMLLGAYGILPPYSGTSRLPANVVGLDLNSHPNPLVTASFSLPFYLGFLSIGLITTSLIVNGIVERGKTRERRGVGAIFTNNSE*
Ga0066672_1097812413300005167SoilLLGAIVALFLGPASGPWWSVTGATTSKLLTIQVSPFYLQADAAGLSPSTFFSVPLGSFTSLLLTLSLIALGASSFHPGTWWSKLAVYFSLCSMTELYLSFLLMYHGALTMLLGAYGILPPYLGTSHLLANIVGLDLNSHPNPLVTASFSLPFYLGFLSLGLITTSLIVNDIV
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Ga0066677_1032301113300005171SoilGAIVALFLGPASGPWWSITGATTSKLLTVQVSPFYLQADATGFSPSTFFSVPLGSFTSLLLILSMIALGASSFHPGTWWSKLAVYFSLCSMTELYLSFLLMYHGALTMLLGAYGILPPYSGTSLLPANVVGLDLNSHPNPLVTASFSLPFYLGFLSIGLITTSLIVNGIVDSRKTRERRGVGAIFTNNS*
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