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A database of Novel Metagenome Protein Families

A database of Novel Metagenome Protein Clusters

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Metagenome / Metatranscriptome Family F006848

Metagenome / Metatranscriptome Family F006848

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Overview Alignments Structure & Topology Gene Neighborhood Phylogeny Ecosystems Sequences
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Overview

Basic Information
Family ID F006848
Family Type Metagenome / Metatranscriptome
Number of Sequences 363
Average Sequence Length 196 residues
Representative Sequence MELKLPHRWSDLSLGELQVMMTADNPLEKISICSGYSVEKLRAMPQKLIQAASAHLDNLLTQETARHEKVVEIDGKRFGFIPNWDEFTAGEWIDMENHLEDFWKNAHKITALLYREVTYELGDKYEVKKYTAKEDASIFEEMGADLVSGMLLFFWTSRNQLLHDMQFSLLEVADKAIQSAKNGGGTISSTPSQEKTSSRWTRLRNSLSKSYSNTSAI
Number of Associated Samples 215
Number of Associated Scaffolds 363

Quality Assessment
Transcriptomic Evidence Yes
Most common taxonomic group Viruses
% of genes with valid RBS motifs 18.36 %
% of genes near scaffold ends (potentially truncated) 60.06 %
% of genes from short scaffolds (< 2000 bps) 75.48 %
Associated GOLD sequencing projects 158
AlphaFold2 3D model prediction No

Note: High quality evidence is represented by blue. Low quality evidence is represented by red.
Hidden Markov Model
Powered by Skylign

Most Common Taxonomy
Group unclassified viruses (67.493 % of family members)
NCBI Taxonomy ID 12429
Taxonomy All Organisms → Viruses → unclassified viruses

Most Common Ecosystem
GOLD Ecosystem Environmental → Aquatic → Marine → Coastal → Unclassified → Aqueous
(38.292 % of family members)
Environment Ontology (ENVO) Unclassified
(81.818 % of family members)
Earth Microbiome Project Ontology (EMPO) Free-living → Saline → Water (saline)
(87.603 % of family members)



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Multiple Sequence Alignments

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Alignment of all the sequences in the family.
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IDLabel
.2.4.6.8.10.12.14.16.18.20.22.24.26.28.30.32.34.36.38.40.42.44.46.48.50.52.54.56.58.60.62.64.66.68.70.72.74.76.78.80.82.84.86.88.90.92.94.96.98.100.102.104.106.108.110.112.114.116.118.120.122.124.126.128.130.132.134.136.138.140.142.144.146.148.150.152.154.156.158.160.162.164.166.168.170.172.174.176.178.180.182.184.186.188.190.192.194.196.198.200.202.204.206.208.210.212.214.216.218.220.222.224.226.
1DelMOSum2010_101566001
2DelMOSum2011_101862281
3DelMOSum2011_101963371
4DelMOSum2011_102284411
5DelMOSum2011_102306651
6DelMOWin2010_100089075
7DelMOWin2010_100452531
8DelMOWin2010_102424811
9BBAY94_102024881
10BBAY93_101157131
11JGI20151J14362_100343944
12JGI20151J14362_100595072
13JGI20151J14362_100801181
14JGI20156J14371_100911912
15JGI20154J14316_100046155
16JGI20154J14316_100457721
17JGI20154J14316_100803952
18JGI20158J14315_100920292
19JGI24003J15210_100004582
20JGI24004J15324_100289122
21Ga0066224_10346453
22Ga0066222_11363221
23Ga0073579_10765522
24Ga0070726_101531662
25Ga0074649_10119622
26Ga0078745_10470352
27Ga0070725_101706051
28Ga0075474_1000302214
29Ga0075474_100108841
30Ga0075478_100133411
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32Ga0075478_101054821
33Ga0075478_102226631
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37Ga0075466_11094221
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39Ga0075466_11515611
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43Ga0101442_1274832
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46Ga0098048_10643262
47Ga0098054_13701221
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49Ga0098074_11819581
50Ga0098055_10087912
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282Ga0208643_10182232
283Ga0208643_10202542
284Ga0208134_10010092
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286Ga0208134_10412601
287Ga0208134_10511161
288Ga0208134_10919212
289Ga0208134_11552271
290Ga0208134_11777161
291Ga0208428_12063671
292Ga0208795_10273392
293Ga0208898_10156525
294Ga0209715_11699401
295Ga0209602_10699232
296Ga0209602_11528682
297Ga0208899_10201832
298Ga0208899_11777621
299Ga0208767_10283902
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303Ga0208545_10242163
304Ga0208545_10762051
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363Ga0348336_105515_412_936
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Structure & Topology

Predicted Secondary Structure and Topology

Predicted Topology & Secondary Structure
Classification: Globular Signal Peptide: No Secondary Structure distribution: α-helix: 59.45%    β-sheet: 5.99%    Coil/Unstructured: 34.56%
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Get Predictions
20406080100120140160180200Sequenceα-helicesβ-strandsCoilSS Conf. scoreDisordered Regions
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Gene Neighborhood

Neighboring Pfam domains


Neighboring Clusters of Orthologous Genes (COGs)



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Phylogeny

NCBI Taxonomy

Select NCBI taxonomy Level:

Visualization
All Organisms
Unclassified
96.1%3.9%
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Associated Scaffolds



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Environmental Properties

Associated Habitat Types

Select Environment Taxonomy Level:

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Sediment
Freshwater
Marine
Marine
Deep Subsurface
Seawater
Marine
Marine Sediment
Microbial Mat
Marine
Aqueous
Seawater
Marine Surface Water
Sackhole Brine
Freshwater To Marine Saline Gradient
Marine
Marine
Seawater
Estuarine
Salt Marsh
Marine
Estuarine Water
Pelagic Marine
Seawater
Pelagic Marine
Marine
Seawater
Sediment
Sediment
Pond Water
Saline Water And Sediment
Hypersaline Lake Sediment
Macroalgal Surface
8.0%38.3%5.2%4.1%12.1%3.0%6.1%4.7%
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Associated Samples

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Geographical Distribution
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Family Sequences

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Protein ID Sample Taxon ID Habitat Sequence
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DelMOSum2011_1018622813300000115MarineMMELKLPHRWSDLSLGELQVMMTADNPLEKISICSGYSVEKLRAMPQKLIQAATAHLDNLLTQETARHEKVVEIDGKRFGFIPNWDEFTAGEWIDMENHLEDFWKNAHKITALLYREVTYELGDKYEVKKYTAKEDASIFEEMGADLVSGMLLFFWTSRNQLLHDMQFSLLE
DelMOSum2011_1019633713300000115MarineVIRMMELKLPHRWSDLSLGELQVMMTADNPLEKISICSGYSVEKLRAMPQKLIQAASAHLDNLLTQETARHEKVVEIDGKRFGFIPNWDEFTAGEWIDMENHLEDFWKNAHKITALLYREVTYELGDKYEVKKYTAKEDASIFEEMPADLVSGMLLFFWTSRNQLLHDMQFSLLEVADKAIQSAKNGG
DelMOSum2011_1022844113300000115MarineLGELQVMMTADNPLEKISICSGYSVEKLRAMPQKLIQAATSHLDNLLTQETARHEKVIEMDGKRFGFIPNWDEFTAGEWIDMENHLEDFWKNAHKITALLYREVTYELGDKYEVKKYTAKEDASIFEEMGADLVSGMLLFFWTSRNQLLHDMQFSLLEVADKAIQSA
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DelMOWin2010_1024248113300000117MarineMELKLPHRWSDLSLGELQVMMTADNPLEKISICSGYSVEKLRAMPQKLIQAATAHLDNLLTQETARHEKVVEIDGKRFGFIPNWDEFTAGEWIDMENHLEDFWKNAHKITALLYREVTYELGDKYEVKKYTAKEDASIFEEMGADLVSGMLLFFWTSRNQLLHDMQF
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BBAY93_1011571313300000973Macroalgal SurfaceMELRLPHRWSDLTLGELQVMMTSENQLERISICTGQSVEKLRTMPQKLIEAAGAHIDNLLTQETARFEKVVQMDGKRFGFVPDWDAFTAGEWIDLENYLEDFWKNAHKVMSVLFREVTYELGEKYEVKKYTAKEDASIFEEMPADLVSGTLLFF
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JGI20151J14362_1008011813300001346Pelagic MarineMELKLPHRWSDLSLGELQVMMTADNPLEKISICSGYSVEKLRAMPQKLIQAASAHLDNLLTQETARHEKVIEIDGKRFGFIPNWDEFTAGEWIDMENHLEDFWKNAHKITALLYREVTYELGDKYEVKKYTAKEDASIFEEMGADLISGMLLFFWTSRNQLLHDMQFSLLEVADKAIQSAKNGGGTISSTPSPEKTSSRWTRLRN
JGI20156J14371_1009119123300001347Pelagic MarineMELKLPHRWSDLSLGELQVMMTADNPLEKISICSGYSVEKLRAMPQKLIQAASAHLDNLLTQETARHEKVVEIDGKRFGFIPNWDDFTAGEWIDMENHLEDFWKNAHKITALLYREVTYELGDKYEVKKYTAKEDASIFEEMGADLISGMLLFFWTSRNQLLHDMQFSLLEVADKAIQSAKNGGGTISSTPSQEKTSSRWTRLRNSLFKSYSNTSAI*
JGI20154J14316_1000461553300001348Pelagic MarineMELKLPHRWSDLSLGELQVMMTSENPLERVSACSGKSVAQLRKMPQKLLEAAGEHIDNLLTQETARFEKVLEMDGKRLGFIPDWDAFTAGEWIDLETYLEDFWKNAHKVMAILYREVTYELGESYEIKKYTAKEDASTFEEMPADLVSGTLLFFWTTRNELLHSIQSSLLRVAEEATRLAKSGGGITSSIPSQAKTSSRWTRLRRYLSKLFSNTSHI*
JGI20154J14316_1004577213300001348Pelagic MarineMELKLPHRWSDLSLGELQVMMTADNPLEKISICSGYSVEKLRAMPQRLIQAATAHLDNLLTQETARHEKVVEIDGKRFGFIPNWDEFTAGEWIDMENHLEDFWANAHKITALLYREVTYELGDKYEVKKYTAKEDASIFEEMGADLISGMLLFFWTSRNQLLHDMQFSLLEVADKAIQSAKNGDGTISSTPSQEKTSSRWTRLRNSLFKSYSNTSAI*
JGI20154J14316_1008039523300001348Pelagic MarineMMELKLPHRWSDLSLGELQVMMTADNPLEKISICSGYSVEKLRAMPQKLIEAASAHLDNLLTQETARHEKVVEIDGKRFGFIPNWDEFTAGEWIDMENHLEDFWKNAHKITALLYREVTYELGDKYEVKKYTAKEDASIFEEMGADLISGMLLFFWTSRNQLLHDMQFSLLE
JGI20158J14315_1009202923300001355Pelagic MarineISICSKQSVDKLRGMPKKLIDAASEHLDGLLTQETARHEKVLEIDGKRFGFIPNWDEFTAGEWIDIEAYLEDFWANAHKIMALLYREVTYEIGEKYEVKKYTAKEDPTIFEEVPADLVSGMXLFFWTTRNRLLHDMKSSLLEVAGKAIQSAXNGDGTTSSLPSQEXTSSXWTRLRNSLFKSYSNTSVT*
JGI24003J15210_1000045823300001460MarineMMELKLPHRWSDLSLGELQVMMTADNPLEKISICSGYSVEKLRAMPQKLIEAASAHLDNLLTQETARHEKVVEMDGKRFGFIPSWDEFTAGEWIDMENHLEDFWANAHKITALLYREVTYELGDKYEIKKYTAKEDASIFEEMPADLVSGMLLFFWTSRNQLLHDMQFSLLEVADKAIQSAKNGDGITSSIPSQEKTFSKWTRLQNSLFKSSSNTSAI*
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