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A database of Novel Metagenome Protein Families

A database of Novel Metagenome Protein Clusters

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Metagenome / Metatranscriptome Family F073615

Metagenome / Metatranscriptome Family F073615

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Overview Alignments Structure & Topology Gene Neighborhood Phylogeny Ecosystems Sequences
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Overview

Basic Information
Family ID F073615
Family Type Metagenome / Metatranscriptome
Number of Sequences 120
Average Sequence Length 129 residues
Representative Sequence MSNRSLVMWLILGVLSLPVGMRSEDNASCSNATLHGSYAFHATGERFAAVARFTFDGRGGLTATFFGRSPGNPFGPIEFTGTYSVSPDCIVTDEWLDSIHHSVVYGKGKGYFILNSSPDGDPTQDTVNSGEGRRQ
Number of Associated Samples 105
Number of Associated Scaffolds 120

Quality Assessment
Transcriptomic Evidence Yes
Most common taxonomic group Bacteria
% of genes with valid RBS motifs 55.46 %
% of genes near scaffold ends (potentially truncated) 38.33 %
% of genes from short scaffolds (< 2000 bps) 79.17 %
Associated GOLD sequencing projects 89
AlphaFold2 3D model prediction Yes
3D model pTM-score0.63

Note: High quality evidence is represented by blue. Low quality evidence is represented by red.
Hidden Markov Model
Powered by Skylign

Most Common Taxonomy
Group Bacteria (88.333 % of family members)
NCBI Taxonomy ID 2
Taxonomy All Organisms → cellular organisms → Bacteria

Most Common Ecosystem
GOLD Ecosystem Host-Associated → Plants → Rhizoplane → Epiphytes → Unclassified → Corn Rhizosphere
(9.167 % of family members)
Environment Ontology (ENVO) Unclassified
(45.000 % of family members)
Earth Microbiome Project Ontology (EMPO) Host-associated → Plant → Plant rhizosphere
(64.167 % of family members)



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Multiple Sequence Alignments

Select alignment to view:      
Full Alignment
Alignment of all the sequences in the family.
Sorting
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Selection
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Extras
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IDLabel
.2.4.6.8.10.12.14.16.18.20.22.24.26.28.30.32.34.36.38.40.42.44.46.48.50.52.54.56.58.60.62.64.66.68.70.72.74.76.78.80.82.84.86.88.90.92.94.96.98.100.102.104.106.108.110.112.114.116.118.120.122.124.126.128.130.132.134.136.138.140.142.144.146.148.150.152.154.156.158.160.162.164.166.168.170.
1ICCgaii200_04713343
2INPhiseqgaiiFebDRAFT_1017724121
3JGI1027J11758_129251541
4JGI11643J12802_113162142
5soilL1_101669851
6soilH1_100652884
7soilH1_102910612
8Ga0062593_1001118921
9Ga0062589_1002571491
10Ga0062589_1007901622
11Ga0062590_1006242882
12Ga0063356_1017637871
13Ga0062595_1006561611
14Ga0062592_1004648853
15Ga0062592_1006188491
16Ga0062594_1034156232
17Ga0065704_108052331
18Ga0065715_104801152
19Ga0065705_109643941
20Ga0065707_103539601
21Ga0066388_1018830591
22Ga0066388_1027948051
23Ga0070680_1016456911
24Ga0068868_1010861352
25Ga0070660_1007102842
26Ga0070692_103099612
27Ga0070668_1019343321
28Ga0070671_1010726232
29Ga0070659_1000259393
30Ga0070663_1011788792
31Ga0070681_117271501
32Ga0070699_1016335981
33Ga0068853_1024833781
34Ga0070696_1006420562
35Ga0068855_1022702291
36Ga0070664_1002351312
37Ga0068854_1003208862
38Ga0068856_1004894122
39Ga0068852_1003645722
40Ga0068851_106409471
41Ga0068871_1012948702
42Ga0079222_117221461
43Ga0079221_100192275
44Ga0079220_106399102
45Ga0075433_100169092
46Ga0075436_1013281411
47Ga0105240_105847372
48Ga0075423_100286897
49Ga0105241_103244422
50Ga0105241_111447271
51Ga0105248_104602902
52Ga0105237_101544283
53Ga0105238_101269763
54Ga0126384_100069021
55Ga0126382_109511521
56Ga0134128_102125483
57Ga0134128_105085112
58Ga0134128_129615481
59Ga0105239_102912692
60Ga0126381_1003467763
61Ga0134124_102008742
62Ga0126383_103981391
63Ga0134122_105942502
64Ga0134122_126114561
65Ga0137391_113595451
66Ga0137365_111064461
67Ga0137379_108680661
68Ga0164305_105743231
69Ga0157371_104529691
70Ga0157369_103666823
71Ga0157374_100474662
72Ga0157378_113234531
73Ga0157372_109159041
74Ga0157372_125612161
75Ga0182008_102142941
76Ga0173483_107878721
77Ga0182007_100207151
78Ga0182005_10584791
79Ga0132258_100299731
80Ga0132258_1006326810
81Ga0132258_102011893
82Ga0132258_102711647
83Ga0132258_108188243
84Ga0132256_1003691501
85Ga0132256_1004451781
86Ga0132256_1038029941
87Ga0132255_1002155851
88Ga0173481_107552781
89Ga0173482_103143521
90Ga0210407_100019568
91Ga0210399_110465701
92Ga0210406_101485003
93Ga0182009_101024074
94Ga0210402_114526921
95Ga0222728_11056981
96Ga0207656_105672231
97Ga0207705_104125761
98Ga0207695_108724472
99Ga0207671_100832323
100Ga0207657_106026771
101Ga0207659_112908451
102Ga0207644_107363401
103Ga0207706_101418932
104Ga0207711_119629141
105Ga0207679_103207612
106Ga0207667_116967141
107Ga0207668_118406212
108Ga0207677_119181311
109Ga0207639_122273791
110Ga0207702_107914752
111Ga0207675_1018894951
112Ga0207698_107857242
113Ga0209982_10633751
114Ga0210002_10381831
115Ga0209799_10008605
116Ga0209701_101072041
117Ga0209974_100807891
118Ga0310813_118699311
119Ga0307479_101878873
120Ga0307471_1005251791
Powered by MSAViewer


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Structure & Topology

Predicted Secondary Structure and Topology

Predicted Topology & Secondary Structure
Classification: Globular Signal Peptide: Yes Secondary Structure distribution: α-helix: 18.40%    β-sheet: 43.56%    Coil/Unstructured: 38.04%
Feature Viewer
Position :
0
Zoom :
x 1
+ Add Multiple Variants

Enter the variants

Position

Original

Variant

Get Predictions
Get Predictions

Enter the variants

Position

Original

Variant

20406080100120MSNRSLVMWLILGVLSLPVGMRSEDNASCSNATLHGSYAFHATGERFAAVARFTFDGRGGLTATFFGRSPGNPFGPIEFTGTYSVSPDCIVTDEWLDSIHHSVVYGKGKGYFILNSSPDGDPTQDTVNSGEGRRQSequenceα-helicesβ-strandsCoilSS Conf. scoreDisordered RegionsSignal Peptide
Powered by Feature Viewer

Predicted 3D Structure

Structure Viewer
Per-residue confidence (pLDDT):
  0-50   51-70   71-90   91-100  
pTM-score: 0.63
Powered by PDBe Molstar

Low Quality Model:

This family has a low confidence model (pTM < 0.7) and has not been screened against SCOPe or PDB.


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Gene Neighborhood

Neighboring Pfam domains


Neighboring Clusters of Orthologous Genes (COGs)



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Phylogeny

NCBI Taxonomy

Select NCBI taxonomy Level:

Visualization
All Organisms
Unclassified
88.3%11.7%
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Associated Scaffolds





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Environmental Properties

Associated Habitat Types

Select Environment Taxonomy Level:

Visualization
Soil
Soil
Vadose Zone Soil
Terrestrial Soil
Tropical Forest Soil
Switchgrass Rhizosphere
Soil
Agricultural Soil
Sugarcane Root And Bulk Soil
Soil
Soil
Hardwood Forest Soil
Tropical Forest Soil
Corn, Switchgrass And Miscanthus Rhizosphere
Corn Rhizosphere
Arabidopsis Rhizosphere
Switchgrass Rhizosphere
Miscanthus Rhizosphere
Corn Rhizosphere
Switchgrass Rhizosphere
Arabidopsis Thaliana Rhizosphere
Miscanthus Rhizosphere
Miscanthus Rhizosphere
Populus Rhizosphere
Switchgrass Rhizosphere
Corn Rhizosphere
Corn Rhizosphere
Rhizosphere
Miscanthus Rhizosphere
Switchgrass Rhizosphere
Miscanthus Rhizosphere
Corn Rhizosphere
Arabidopsis Rhizosphere
4.2%3.3%5.0%3.3%6.7%3.3%4.2%5.0%9.2%3.3%6.7%3.3%3.3%6.7%
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Associated Samples


Geographical Distribution
Zoom:     Powered by OpenStreetMap



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Family Sequences

Protein ID Sample Taxon ID Habitat Sequence
ICCgaii200_047133432228664021SoilATLHGSYAFXATGERFAAVARFVFDGNGHLTATFYGRNPGTPFGPVEFEGEYSVNPECIVTDTWGPPLNSSHTSVIYEQGRGYFILNSTPDDDPAADTVNSGEGIRQ
INPhiseqgaiiFebDRAFT_10177241213300000364SoilMSRKYWFVPLGVTVALAFAAIRSDAQVKQHCTNATLHGSYAFRATGERFAAVARFVFDGNGGLTATFFGRTPGNPFGPVEFEGTYSVSPECIVTDTWGPPLSSSHTAVIYEQGKGYFILNSSPDGDPAADTVNSGEAIRQ*
JGI1027J11758_1292515413300000789SoilNKVVLGVTVALAFAIGSDAQVKQQCTNATLHGSYAFRATGERFAAVARFVFDGNGGLTATFFGRTPGNPFGPVEFEGTYSVSPECIVTDTWGPPLSSSHTAVIYEQGKGYFILNSSPDGDPAADTVNSGEAIRQ*
JGI11643J12802_1131621423300000890SoilTCTNATLHGSYAFRATGERFAAVARFVFDGNGHLTATFYGRNPGTPFGPVEFEGEYSVNPECIVTDTWGPPLNSSHTSVIYEQGRGYFILNSTPDDDPAADTVNSGEGIRQ*
soilL1_1016698513300003267Sugarcane Root And Bulk SoilMTRKHWFVAVGVAVALAVAIGSDAQVKHNCTNATLHGSYAFRATGERFAAVARFVFDGNGHLTATFYGRNPGMPFGPVEFEGEYSVGPDCIVTDTWGPPLNSSHTSVIYEQGRGYFILNSTPDGDPAADTVNSGEGIRQ*
soilH1_1006528843300003321Sugarcane Root And Bulk SoilMSPRNSFVTTLALVVLGLTVTLNADNGGICSNETLHGSYAFHATGERFAAVARFTFDGKGGLTAILFRRLPASPLGPIQLTGTYSVDSNCIVTDEWGGSIHTSVIYGHGNGYFILDSSPDGDQTGDTVNSGEAIRQ*
soilH1_1029106123300003321Sugarcane Root And Bulk SoilMCPRNLVLCLTLTLLILAIGMQAQDKANCSNATLHGSYGFHATGELFAAVARFDFDGQGGLKGTLFGRTPGHPFGPVDFSGTYSVSPDCIVTDSWLGSTHVSVIVDGGKGYFILDSTPDGSASADTVNSGEGRKQ*
Ga0062593_10011189213300004114SoilMSRKYWVLALGLTLALVFAIRSNAQVKQHCTDATLHGSYAFRATGERFAAVARFVFDGNGHLTATFFGRGPGNPFGPVEFEGTYSVSPECIVTDTFGDSIHTSVIYEQGRGYFILNSSPDGDPATDTVNSGEGIRQ*
Ga0062589_10025714913300004156SoilMSRKYWFVPLGVTVALAFAAIRSDAQVKQHCTNATLHGSYAFRATGERFAAVARFVFDGNGHLTATFFGRGPGNPFGPVEFEGEYSVSPECIVSDTWGGSNHTSVIYEQGKGYFILNSSPDGDPDADSVNSGEGIRQ*
Ga0062589_10079016223300004156SoilVIRKHWFVAVGVAVALAVAIGSDAQVKHTCTNATLHGSYAFRATGERFAAVARFVFDGNGHLTATFYGRNPGTPFGPVEFEGEYSVNPECIVTDTWGPPLNSSHTSVIYEQGRGYFILNSTPDDDPAADTVNSGEGIRQ*
Ga0062590_10062428823300004157SoilMSRPHRFVALVVGVTIALVFAMGSEAQVKQHCTNATLHGSYAFRATGERFAAVARFVFDGKGHLSATFFGRGPGNPFGPVEFEAEYSVSPECIVTDNFGGSTHTSVIYEQGRGYFILNSSPDGDPGADTVNSGEGIRQ*
Ga0063356_10176378713300004463Arabidopsis Thaliana RhizosphereMLRKSWVLALGVTLALAFALRSNAQVKQHCTNATLHGSYAFRATGELFAAVARFVFDGNGHLTATFFGRSPGNPFGPVEFDGTYSVSPECIVTDTWGPPLNSSHTAVIYEQGKGYFILNSSPDDDPSADTVNSGEGIRQ*
Ga0062595_10065616113300004479SoilRGRSAPVIRKYWFVAVGVAVALAVAIGSDAQVKHTCTNATLHGSYAFRATGERFAAVARFVFDGNGHLTATFYGRNPGTPFGPVEFEGEYSVNPECIVTDTWGPPLNSSHTSVTYEQGRGYFILNSTPDDDPAADTVNSGEGIRQ*
Ga0062592_10046488533300004480SoilMSRKYWVLALGVTLALAFAIRSNAQVKQHCTNATLHGSYAFRATGELFAAVARFVFDGNGHLTATFFGRSPGNPFGPVEFDGTYSVSPECIVTDTWGPPLNSSHTAVIYEQGKGYFILNSSPDDDPSADTVNSGEGIRQ*
Ga0062592_10061884913300004480SoilMSRQHRFVALVVGVTMALVFAMGSEAQVKQNCTNATLHGSYAFRATGERFAAVARFVFDGNGHLRATFFGRGPGNPFGPVEFEAEYSVSPECIVTDNFGGSTHTSVIYEQGRGYFILNSSPDGDPGADTVNSGEGIRQ*
Ga0062594_10341562323300005093SoilYAFHATGERFAAVARFTFDGRGGLAATFFGRSPGNPFGPIEFTGTYSVSPDCIVTDEWLDGIHHSVIYGKGKGYFILNSSPDGDPTQDTVNSGEGRR*
Ga0065704_1080523313300005289Switchgrass RhizosphereMLRKYWFLALGVTVALAFAIGSDAQVKQQCTNATLHGSYAFRATGERFAAVARFVFDGNGHLTATFFGRTPGNPFGPVEFEGPYSVSPECIVTDTWGPPLNSSHTAVIYEQGKGYFILNS
Ga0065715_1048011523300005293Miscanthus RhizosphereMSNRNLVMWLILGVLSLPVAMRSEDSASCSNATLHGSYAFHATGERFAAVARFTFDGRGGLTATFFGRSPGNPFGPIEFTGTYSVSPDCIVTDEWLDSIHHSVVYGKGTGYFILNSSPDGDPTQDTVNSGEGRRQ*
Ga0065705_1096439413300005294Switchgrass RhizosphereMLRKYWFLALGVTVALAFAIGSDAQVKQQCTNATLHGSYAFRATGERFAAVARFVFDGNGHLTATFFGRTPGNPFGPVEFEGPYSVSPECIVTDTWGPPLNSSHTAVIYEQGKGYFILNSTPDDDPAADTVNSGEGIRQ*
Ga0065707_1035396013300005295Switchgrass RhizosphereVIRKHWFVAVGVAVALAVAIGSDAQVKHNCTNATLHGSYAFRATGERFAAVARFVFDGNGHLTATFYGRNPGTPFGPVEFEGEYSVNPECIVTDTWGPPLNSSHTSVIYEQGRGYFILNSTPD
Ga0066388_10188305913300005332Tropical Forest SoilMSSSLSITLRGQEKTNCSNATLQGSYAFHATGELFAAVARFTFDGQGGITGTFFGRSPGSPFGPIEFTGSYSVSPDCIVTDEWLGSIHTSVIYENGKGYFILNNSPGGDPGQDSVNSGEGRRQ*
Ga0066388_10279480513300005332Tropical Forest SoilMFPRNLFILVAILLLLNLGIGMQAEDRANCSNATLHGSHAFRATGERFAAVARFTFDGRGGFTAIFFGRTPVNPFGFEFSGTYSVDSNCIVTVEWADGSIHHSVIYGEGEGYFILNSTPSSAGEASYPERLARSSHN*
Ga0070680_10164569113300005336Corn RhizosphereNEILHGSYAFHATGERFAAVARFTFDGKGGLTAILFRRLPASPLGPIQLTGTYSVDSNCIVTDEWGGSIHTSVIYGRGKGYFILDSSPDGDQTGDTVNSGEAIRQ*
Ga0068868_10108613523300005338Miscanthus RhizosphereMSNRNLVMWLILGVLSLPVGMRSEDNASCSNATLHGNYAFHATGERFAAVARFTFDGRGGLTATFFGRSPGNPFGPIEFTGTYSVSPDCIVTDEWLDGIHHSVIYGKGKGYFILNSSPDGDPTQDTVNSGEGRR*
Ga0070660_10071028423300005339Corn RhizosphereMFQKNFVIQLAILLLSLAISMQGENRATCSNATLHGSYAFRATGERFAAVARFTFNGRGGFTAIFFGRTPGNPFGFEFSGTYSVDSNCIVTDEWADGSIHHSVIYGNGKGYFILNSSPDGDPDQDSVNSGEGRRQ*
Ga0070692_1030996123300005345Corn, Switchgrass And Miscanthus RhizosphereMSNRNLVMWLILGVLSLPVAMRSEDSASCSNATLHGSYAFHATGERFAAVARFTFDGRGGLTATFFGRSPGNPFGPIEFTGTYSVSPDCIVTDEWLDSIHHSVVYGKGRGYFILNSSPDGDPTQDTVNSGEGRRQ*
Ga0070668_10193433213300005347Switchgrass RhizosphereLVMWLILGVLSLPVAMRSEDSASCSNATLHGSYAFHATGERFAAVARFTFDGRGGLTATFFGRSPGNPFGPIEFTGTYSVSPDCIVTDEWLDSIHHSVVYGKGTGYFILNSSPDGDPTQDTVNSGEGRRQ*
Ga0070671_10107262323300005355Switchgrass RhizosphereMSNRNLVMWLILGVLSLPVAMRSEDSASCSNATLHGSYAFHATGERFAAVARFTFDGRGGLTATFFGRSPGNPFGPIEFTGTYSVSPDCIVTDEWLDGIHHSVIYGKGKGYFILNSSPDGDPTQDTVNSGEGRRQ*
Ga0070659_10002593933300005366Corn RhizosphereMSNRSLVMWLILGVLSLPVGMRSEDNASCSNATLHGNYAFHATGERFAAVARFTFDGRGGLAATFFGRSPGNPFGPIEFTGTYSVSPDCIVTDEWLDGIHHSVIYGKGKGYFILNSSPDGDPTQDTVNSGEGRRQ*
Ga0070663_10117887923300005455Corn RhizosphereMSNRNPVMWLILGVLSFSVGMRSEDSASCSNATLHGSYAFHATGERFAAVARFTFDGRGGLTATFFGRSPGNPFGPIEFTGTYSVSPDCIVTDEWLDSIHHSVVYGKGTGYFILNSSPDGDPTQDTVNSGEGRRQ*
Ga0070681_1172715013300005458Corn RhizosphereMSNRSLVMWLILGVLSLPVGMRSEDNASCSNATLHGNYAFHATGERFAAVARFTFDGRGGLTATFFGRSPGNPFGPIEFTGTYSVSPDCIVTDEWLDSIHHSVVYGKGTGYFILNSSPDGDPTQDTVNSGEGRRQ*
Ga0070699_10163359813300005518Corn, Switchgrass And Miscanthus RhizosphereVTLNADNGGICSNEILHGSYAFHATGERFAAVARFTFDGKGGLTAILFRRLPASPLGPIQLTGTYSVDSNCIVTDEWGGSIHTSVIYGRGKGYFILDSSPDGDQTGDTVNSGEAIRQ*
Ga0068853_10248337813300005539Corn RhizosphereMSNRSLVMWLILGVLSLPVGMRSEDNASCSNATLHGNYAFHATGERFAAVARFTFDGRGGLTATFFGRSPGNPFGPIEFTGTYSVSPDCIVTDEWLDSIHHSVVYGNGKGYFILN
Ga0070696_10064205623300005546Corn, Switchgrass And Miscanthus RhizosphereMSNRSLVMWLILGVLSLPVGMRSEDNASCSNATLHGSYAFHATGERFAAVARFTFDGRGGLTATFFGRSPGNPFGPIEFTGTYSVSPDCIVTDEWLDSIHHSVVYGKGTGYFILNSSPDGDPTQDTVNSGEGRR*
Ga0068855_10227022913300005563Corn RhizosphereSYAFRATGERFAAVARFTFDGRGGFTAIFFGRTPGNPFGFEFSGTYSVDSNCIVTDEWADGSIHHSVIYGNGKGYFILNSSPDGDPDQDSVNSGEGRRQ*
Ga0070664_10023513123300005564Corn RhizosphereMSNRNLVMWLILGVLSLPVAMRSEDSASCSNATLHGSYAFHATGERFAAVARFTFDGRGGLAATFFGRSPGNPFGPIEFTGTYSVSPDCIVTDEWLDGIHHSVIYGKGKGYFILNSSPDGDPTQDTVNSGEGRRQ*
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