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A database of Novel Metagenome Protein Families

A database of Novel Metagenome Protein Clusters

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Metagenome / Metatranscriptome Family F048181

Metagenome / Metatranscriptome Family F048181

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Overview Alignments Structure & Topology Gene Neighborhood Phylogeny Ecosystems Sequences
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Overview

Basic Information
Family ID F048181
Family Type Metagenome / Metatranscriptome
Number of Sequences 148
Average Sequence Length 207 residues
Representative Sequence RVGLGLKGRLQLAFGAITLLVVIATGVGLYAFFQVGKSLQRITEEALPPVLAASELSTRAEFIVGVGPALLAANNADEINRLSASVAGELINVTRLLDQLRRADLEKGVPDAIGAAISNLGANLALLETTTLEKVGAETRREALVEATFAAHREFDEIWEPRFADMRSKVLRLQRALVSSNESQQDRRADLNSLDQAILAL
Number of Associated Samples 118
Number of Associated Scaffolds 148

Quality Assessment
Transcriptomic Evidence Yes
Most common taxonomic group Unclassified
% of genes with valid RBS motifs 38.10 %
% of genes near scaffold ends (potentially truncated) 99.32 %
% of genes from short scaffolds (< 2000 bps) 91.22 %
Associated GOLD sequencing projects 108
AlphaFold2 3D model prediction No

Note: High quality evidence is represented by blue. Low quality evidence is represented by red.
Hidden Markov Model
Powered by Skylign

Most Common Taxonomy
Group Unclassified (73.649 % of family members)
NCBI Taxonomy ID N/A
Taxonomy N/A

Most Common Ecosystem
GOLD Ecosystem Environmental → Terrestrial → Soil → Unclassified → Forest Soil → Soil
(39.189 % of family members)
Environment Ontology (ENVO) Unclassified
(58.108 % of family members)
Earth Microbiome Project Ontology (EMPO) Free-living → Non-saline → Soil (non-saline)
(47.297 % of family members)



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Multiple Sequence Alignments

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Full Alignment
Alignment of all the sequences in the family.
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IDLabel
.2.4.6.8.10.12.14.16.18.20.22.24.26.28.30.32.34.36.38.40.42.44.46.48.50.52.54.56.58.60.62.64.66.68.70.72.74.76.78.80.82.84.86.88.90.92.94.96.98.100.102.104.106.108.110.112.114.116.118.120.122.124.126.128.130.132.134.136.138.140.142.144.146.148.150.152.154.156.158.160.162.164.166.168.170.172.174.176.178.180.182.184.186.188.190.192.194.196.198.200.202.204.206.208.210.212.214.216.218.220.222.224.226.228.230.232.234.236.238.240.242.244.246.248.250.252.254.256.258.260.262.264.266.268.270.272.274.276.278.280.282.284.286.288.290.292.294.296.298.300.302.304.306.308.310.312.314.316.318.320.322.
1AP72_2010_repI_A01DRAFT_10449831
2AF_2010_repII_A01DRAFT_10021711
3AF_2010_repII_A1DRAFT_100349981
4AF_2010_repII_A10DRAFT_10249861
5AP72_2010_repI_A100DRAFT_10027133
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7JGI25615J43890_10359351
8Ga0066683_107077731
9Ga0066388_1008429172
10Ga0066388_1065846891
11Ga0008090_101901731
12Ga0070708_1002566161
13Ga0066701_105255851
14Ga0066692_110370961
15Ga0066703_104137791
16Ga0066905_1003599692
17Ga0066903_1022336731
18Ga0066903_1043890671
19Ga0081540_11258432
20Ga0075417_101518251
21Ga0066660_111647501
22Ga0075433_111634821
23Ga0075434_1021139011
24Ga0075434_1026296861
25Ga0075429_1004360842
26Ga0081244_14950921
27Ga0099793_101619342
28Ga0126374_105707071
29Ga0126374_110415601
30Ga0126384_103631832
31Ga0126384_109887331
32Ga0126384_115109701
33Ga0126384_122594011
34Ga0126370_114809351
35Ga0126372_109652172
36Ga0126372_127641121
37Ga0126379_126204001
38Ga0126381_1045463471
39Ga0126383_121869581
40Ga0126383_136171761
41Ga0137382_111711351
42Ga0137363_110811521
43Ga0137399_104241782
44Ga0137372_112354161
45Ga0137368_108773541
46Ga0137375_109690171
47Ga0137360_109317461
48Ga0137361_101468631
49Ga0137390_105917821
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53Ga0182036_114319281
54Ga0182041_121629851
55Ga0182033_100500421
56Ga0182035_118450401
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59Ga0182040_114954061
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63Ga0182038_100326524
64Ga0182038_117432971
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69Ga0209350_11653591
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71Ga0209577_108577831
72Ga0209466_10630021
73Ga0209814_104064311
74Ga0307278_104202611
75Ga0318541_102105931
76Ga0318538_106684211
77Ga0318528_104226671
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79Ga0318555_107347801
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82Ga0318572_102697121
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85Ga0306918_100730481
86Ga0306918_110198041
87Ga0318502_109441411
88Ga0318492_106162561
89Ga0318537_100138053
90Ga0318535_102431691
91Ga0318554_100437693
92Ga0318521_102436962
93Ga0318521_105616881
94Ga0318566_104103601
95Ga0318508_10268802
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101Ga0318523_101761081
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103Ga0318567_108297901
104Ga0318499_103321371
105Ga0318517_104577091
106Ga0318527_100334791
107Ga0318495_104998351
108Ga0306919_109045031
109Ga0306919_109166471
110Ga0306919_112371111
111Ga0306925_101967563
112Ga0318536_106277931
113Ga0318522_103917911
114Ga0318551_104138651
115Ga0318551_107674321
116Ga0318520_100588973
117Ga0306923_103620162
118Ga0306921_109704182
119Ga0306921_113135901
120Ga0310916_111371531
121Ga0310913_111676451
122Ga0310910_103695272
123Ga0310910_109741071
124Ga0306922_113789941
125Ga0318507_104940891
126Ga0310911_107678691
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130Ga0318532_101804691
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134Ga0318504_103783721
135Ga0318504_106601301
136Ga0318524_104598031
137Ga0318524_106576231
138Ga0306924_123200721
139Ga0318525_101882682
140Ga0318525_107176961
141Ga0318518_103509331
142Ga0318577_105001571
143Ga0307471_1030122141
144Ga0306920_1025973251
145Ga0306920_1028171351
146Ga0306920_1030286001
147Ga0306920_1032206231
148Ga0318519_106302191
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Structure & Topology

Predicted Secondary Structure and Topology

Predicted Topology & Secondary Structure
Classification: Transmembrane (alpha-helical) Signal Peptide: No Secondary Structure distribution: α-helix: 89.55%    β-sheet: 0.00%    Coil/Unstructured: 10.45%
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20406080100120140160180200RVGLGLKGRLQLAFGAITLLVVIATGVGLYAFFQVGKSLQRITEEALPPVLAASELSTRAEFIVGVGPALLAANNADEINRLSASVAGELINVTRLLDQLRRADLEKGVPDAIGAAISNLGANLALLETTTLEKVGAETRREALVEATFAAHREFDEIWEPRFADMRSKVLRLQRALVSSNESQQDRRADLNSLDQAILALExtracel.Sequenceα-helicesβ-strandsCoilSS Conf. scoreTM segmentsTopol. domains
Powered by Feature Viewer


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Gene Neighborhood

Neighboring Pfam domains


Neighboring Clusters of Orthologous Genes (COGs)



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Phylogeny

NCBI Taxonomy

Select NCBI taxonomy Level:

Visualization
All Organisms
Unclassified
26.4%73.6%
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Associated Scaffolds





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Environmental Properties

Associated Habitat Types

Select Environment Taxonomy Level:

Visualization
Soil
Vadose Zone Soil
Tropical Forest Soil
Soil
Grasslands Soil
Soil
Forest Soil
Soil
Hardwood Forest Soil
Tropical Forest Soil
Corn, Switchgrass And Miscanthus Rhizosphere
Tabebuia Heterophylla Rhizosphere
Populus Rhizosphere
Tropical Rainforest Soil
7.4%10.8%4.7%39.2%3.4%19.6%4.1%4.1%
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Associated Samples


Geographical Distribution
Zoom:     Powered by OpenStreetMap



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Family Sequences

Protein ID Sample Taxon ID Habitat Sequence
AP72_2010_repI_A01DRAFT_104498313300000579Forest SoilASTLPPGAAVSGRRVGLGLKGRLQLAFGAITLLVVIATGVGLYAFFQVGKSLQRITEEALPPALAASELSIRAEFIVGVGPALLAANNADEINRLSASVAGELTNVTMLLDQLRHADLEKGVLDAIGAAISNLGANLALLQTTTLEKVGAETRREALVEATFAAHREFDEIWEPRFADMRSKVLRLQRALVSSNESQQDRRADLNSLDQTILA
AF_2010_repII_A01DRAFT_100217113300000580Forest SoilMMEGSQAGRRETTAFETSVPNKASSGSDIRPIWGATGSASTLPPGAAVSGRRVGLGLKGRLQLAFGAITLLVVIATGVGLYAFFQVGKSLQRITEEALPPALAASELSIRAEFIVGVGPALLAANNADEINRLSASVAGELTNVTMLLDQLRHADLEKGVLDAISAAISNLGANLALLQTTTLEKVGAETRREALVEATFAAHREFDEIWEPRFADMRSKVLRLQRALVSSNESQQDRRADLKSLDQ
AF_2010_repII_A1DRAFT_1003499813300000597Forest SoilMMEGSQAGRRETTAFETSVPNKASSGSDIRPIWGATGSASTLALYPPGAAVSGRRVGLGLKGRLQLAFGAITLLVVIATGVGLYAFFQVGKSLQRITEEALPPALAASELSIRAEFIVGVGPALLAANXADEINRLSASVAGELTNVTTLLDQLRRADLEKGVLDPIGAAISNLGXNLALLQTTTLEKVGAETRREALVEATFAAHREFD
AF_2010_repII_A10DRAFT_102498613300000816Forest SoilPGAAVSGRKVGLGLKGRLQLAFGAITLLVVIATGVGLYAFFQVGKSLQRITEEALPPALAASELSIRAEFIVGVGPALLAANNADEINRLSASVAGELTNVTMLLDQLRHADLEKGVLDAISAAISNLGANLALLQTTTLEKVGAETRREALVEATFAAHREFDEXWEPRFADMRXKVLRLQRALVSSNESQQDRRADLNSLDQTILALLP
AP72_2010_repI_A100DRAFT_100271333300000837Forest SoilMMEGSQAGRRETTAFETSVPNKASSGSDSRPIWGATGSASTLPPGAAVSGRRVGLGLKGRLQLAFGAITLLVVIATGVGLYAFFQVGKSLQRITEEALPPALAAGELSTRAEFIVGVGPTLLASTNVDEINRLSASVAGELSNVTRLLDQLRRADLEKAVLDAIGEVISNLGANLALLQTTTLEKVAAETKREELVEATFAAHREF
JGI10216J12902_10581586113300000956SoilMEGSQAGHRESARFETSVADSRDRAGKQTAVSKEKIGLGLKGRLQLAFGAITLLVVIATGVGLYAFFQVGKSLQRITEEALPPALAASELSIRAEFIVGVGPALLASNNVDEINRLSASVSRELVNVTKILDQLRRADLEKAVLDAIGEVISNLGANLALLQTTTLEKVSAETKREAMVEATFAAHREFDAIWEPRFADMRGRVLRLQRALVSPNESQQDRRAELNSLDQAILALLPLEQIR
JGI25615J43890_103593513300002910Grasslands SoilMAGSQAGHRESAQFETSIADSRDRSGEEAAVSKKRIGLGLKGRLQLAFGAITLLVVIATGVGLYAFFQVGKSLQRITEEALPPALAASELSIRAEFIVGVGPALLASNNIDEINRLSASVSRELANVTKLLDQLRRADLEKAVLDAIGEIISNLGANLALLQTTTLEKVSAETKREAMVEATFAAHREFDAIWEPRFADIRGKVLRLQRALVSPNESQQDRRAELNNLDQAILALLPLEQIRRDFSMTFETALRA
Ga0066683_1070777313300005172SoilQAGHRESARFETSVADSRDRVGKQTAVSKEKIGLGLKGRLQLAFGAITLLVVIATGVGLYAFFQVGKSLQQITEEALPPALAASELSIRAEFIVGVGPGLLASNNVDEINRLSASVSRELVNVTKILDQLRRADLEKAVLDAIGEIISNLGANLALLQTTTLEKVSAETKREAMVEATFAAHREFDAIWEPRFADIRG
Ga0066388_10084291723300005332Tropical Forest SoilMEGSQAERRETMMFETSVADSRDRSGEQTAVSEARSGLGLKGRLQFAFGAITLLVVIATGVGLYAFFQVGKSLQQITEEALPPTLAASELSIWAEHILGVGPALLASNNADEVNRLSASVSGEFAIVTKLLDQLRRADLDKAVPDAIGEVISNLSANLALLQTTTLEKVAAETRREALVEATFAAHREFDEIWEPRFADMRSKVLRLQRA
Ga0066388_10658468913300005332Tropical Forest SoilAFGAITLLVVIATGVGLYAFFQVGKSLQRITEEALPPALAASELSTRAEFIVGVGPTLLASTNVDEINRLSASVAGELSNVTRLLDQLRRADLEKAVLDAIGEVISNLGANLALLQTTTLEKVAAETKLEELVEATFAAHREFDAIWEPTFADMRSKVLRLQRALVSPSESQQDRRAELNSLDQAILALLPLEQ
Ga0008090_1019017313300005363Tropical Rainforest SoilIATGVGLYAFFQVGKSLQRITEEALPPALAASELSIRAEFIVGVGPALLAANNADEINRLSASVAGELTNVTMLLDQLRHADLEKGVLDAISAAISNLGANLALLQTTTLEKVGAETRREALVEATFAAHREFDELWEPRFADMRSKVLRLQRALVSSNESQQDRRADLNSLDQTILALLPLEQIR
Ga0070708_10025661613300005445Corn, Switchgrass And Miscanthus RhizosphereMEGSQAGRRETTASETSVADSRDGFGEQTAVPEEKIGLGLQGRLQFAFGAITLLVMIATGVGLYAFFQVGKSLQRITEEALPPALAASELSIRAEFIVGVGPALLASNNIDEINRLSASVVGELLNVTKILDQLRRADLDKAVLDAIGEAISNLGSNLALLQATTLEKVSAETRREALVEATFAAHREFDAIWEPRFAD
Ga0066701_1052558513300005552SoilGHRESARFETSVADSRDRVGKQTAVSKEKIGLGLKGRLQLAFGAITLLVVIATGVGLYAFFQVGKSLQQITEEALPPALAASELSIRAEFIVGVGPGLLASNNVDEINRLSASVSRELVNVTKILDQLRRADLEKAVLDAIGEVISNLGANLALLQTTTLEKVSAETKREAMVEATFAAHREFDAIWEPRFADMRGRVLRLQRALVSPNESQQDRRAELNSLDQAILALLPLEQIRRDFSMTF
Ga0066692_1103709613300005555SoilELSIRAEFIVGVGPALLASNNIDEINRLSASVSRELANVTKLLDQLRRADLEKAVLDAIGEIISNLGANLALLQTTTLEKVSAETKREAMVEATFAAHREFDAIWEPRFADIRGKVLRLQRALVSPNESQQDRRAELNNLDQAILALLPLEQIRRDFSMTFETALRA
Ga0066703_1041377913300005568SoilMAGSQAGHRESAQFETSIAGSRDRSGEEAAVSEGRIGLGLKGRLQLAFGAITLLVVIATGVGLYAFFQVGKSLQRITEEALPPALAASELSIRAEFIVGVGPGLLASNNVDEINRLSASVSRELVNVTKILDQLRRADLEKAVLDAIGEVISNLGANLALLQTTTLETVSAETKREAMVEATFAAHREFDAI
Ga0066905_10035996923300005713Tropical Forest SoilMEGSQAGRREMFETSVADSRDRSGEERIGLGLKGRLQLAFGAIALLVVIATGVGLYAFFQVGKSLQRITEEALPSAAAASELSTRAEYIVGVGPALLASNNADEVNSLFASASGEFANVTKLLDQLRRADLDKTVLDAIGEIISNLGANLALLQTTTLEKVAAETRREALVEAAFEAHREFDAIWEPGFADMRGKVLRLQRALVSPNESQQDRRAELNNLDQAILAL
Ga0066903_10223367313300005764Tropical Forest SoilMEGSRAGLRETTILPALAAESRSKSGMETAVSKGKTGLGLKGRLQLAFGAITLLVVIATGVGLYAFFEFAKSLQRITEQALPPALAASELSTKAEFIVGVGPTLLASNNADEINRLSASVSSQLASATRILDQLRRADLDKAVLDAIGEVIANLSSNLALLQTTTLEKVSAEAKREASVEATFEAHREFDAIWQPRFADLRGRVVRLQRALVSTSDSQQDRRAELNSLDQAILALLPLEQIRRDFSATFEIAL
Ga0066903_10438906713300005764Tropical Forest SoilLKGRLQLAFGAITLLVVIATGVGLYAFFQVGKSLQRITEEALPPALAASELSTRAEFIVGVGPTLLASSNVDEINRLSASVSREFANVTKLLDQLRRADLDKTVLDAIGEIISNLGANLALLQTTTLEKVAAETRREALVEAAFEAHREFDAIWEPGFADMRGKVLRLQRALVSPNESQQDRRAELNNLDQAILALLPLEQIRRDFSVTFEIALRASARRTCWAYRTRAGRRTASAGRE*
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Ga0075417_1015182513300006049Populus RhizosphereMEGSQAKYHKSAWPEPSIADSGNESGGQTAVPEEKIGLGLKGRLQLAFGAITLLVVIATGVGLYAFFQVGKSLQRITEEALPPALAASELSIRAEFIVGVGPALLASNNVDEVNRLSASVSGELANVTKILDQLRRADLDKAVLDAIGEAISNLGANLALLQVTTLEKVSAETKRETLVEATFAAHREFDA
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