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Metatranscriptome Family F044293

Metatranscriptome Family F044293

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Overview Alignments Structure & Topology Phylogeny Ecosystems Sequences
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Overview

Basic Information
Family ID F044293
Family Type Metatranscriptome
Number of Sequences 154
Average Sequence Length 180 residues
Representative Sequence MKYLLLLVIATVAFAAPAEQEIDEDFVDEVEAPEKRNSELLNSLLALPGGIHRSGKRNSELLNSLLALPGGIHRSGKRNSELLNSLLALPGGIHRSGKRNSELLNSLLALPGGIHRSGKRNSELLNSLLALPGGIHRSGKRNSELLNSLLALPGGIHRSGKRNSELLNSLLALPGGIHRSG
Number of Associated Samples 90
Number of Associated Scaffolds 154

Quality Assessment
Transcriptomic Evidence Yes
Most common taxonomic group Unclassified
% of genes with valid RBS motifs 0.00 %
% of genes near scaffold ends (potentially truncated) 0.00 %
% of genes from short scaffolds (< 2000 bps) 0.00 %
Associated GOLD sequencing projects 76
AlphaFold2 3D model prediction No

Note: High quality evidence is represented by blue. Low quality evidence is represented by red.
Hidden Markov Model
Powered by Skylign

Most Common Taxonomy
Group Unclassified (100.000 % of family members)
NCBI Taxonomy ID N/A
Taxonomy N/A

Most Common Ecosystem
GOLD Ecosystem Environmental → Aquatic → Marine → Unclassified → Unclassified → Marine
(90.909 % of family members)
Environment Ontology (ENVO) Unclassified
(96.753 % of family members)
Earth Microbiome Project Ontology (EMPO) Free-living → Saline → Water (saline)
(96.104 % of family members)


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Multiple Sequence Alignments

Select alignment to view:      

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Structure & Topology

Predicted Secondary Structure and Topology

Predicted Topology & Secondary Structure
Classification: Fibrous Signal Peptide: Yes Secondary Structure distribution: α-helix: 46.96%    β-sheet: 0.00%    Coil/Unstructured: 53.04%
Feature Viewer
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Phylogeny

NCBI Taxonomy

NameRankTaxonomyDistribution
UnclassifiedrootN/A100.00 %

Visualization
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Associated Scaffolds


ScaffoldTaxonomyLengthIMG/M Link


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Environmental Properties

Associated Habitat Types

Select Environment Taxonomy Level:
HabitatTaxonomyDistribution
MarineEnvironmental → Aquatic → Marine → Unclassified → Unclassified → Marine90.91%
MarineEnvironmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Unclassified → Marine7.14%
Ocean WaterEnvironmental → Aquatic → Marine → Oceanic → Unclassified → Ocean Water1.95%

Visualization
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Associated Samples

Taxon OIDSample NameHabitat TypeIMG/M Link
3300008832Eukaryotic communities of water collected during the Tara Oceans expedition - TARA_A200000150EnvironmentalOpen in IMG/M
3300008998Eukaryotic communities of water from different depths collected during the Tara Oceans expedition - TARA_A100000548EnvironmentalOpen in IMG/M
3300009022Eukaryotic communities from seawater of the North Pacific Subtropical Gyre - HoeDylan_S1EnvironmentalOpen in IMG/M
3300009028Eukaryotic communities from seawater of the North Pacific Subtropical Gyre - HoeDylan_S3EnvironmentalOpen in IMG/M
3300010981Metatranscriptome of Marine eukaryotic phytoplankton communities from the Antarctic Ocean - ANT-7 (Eukaryote Community Metatranscriptome) (version 4)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300010987Metatranscriptome of Marine eukaryotic phytoplankton communities from the Antarctic Ocean - ANT-7 (Eukaryote Community Metatranscriptome) (version 6)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018521Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_036 - TARA_N000000311 (ERX1782300-ERR1712011)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018524Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_132 - TARA_N000002422 (ERX1782099-ERR1711883)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018533Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_147 - TARA_N000002107 (ERX1789415-ERR1719338)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018588Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_022 - TARA_A100000538 (ERX1782191-ERR1712140)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018597Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_009 - TARA_X000001043 (ERX1782201-ERR1712206)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018611Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_102 - TARA_N000001660 (ERX1782173-ERR1712095)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018643Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_128 - TARA_N000002299 (ERX1782462-ERR1712152)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018651Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_078 - TARA_N000001512 (ERX1782264-ERR1711863)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018659Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_142 - TARA_N000003102 (ERX1782249-ERR1712111)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018660Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_018 - TARA_A100000589 (ERX1782392-ERR1711993)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018662Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_064 - TARA_N000000526 (ERX1782276-ERR1711878)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018666Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_025 - TARA_A100000398 (ERX1782307-ERR1712184)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018676Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_020 - TARA_A100000761 (ERX1782202-ERR1711913)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018678Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_131 - TARA_N000002350 (ERX1782149-ERR1712036)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018686Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_052 - TARA_N000000593 (ERX1789430-ERR1719415)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018690Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_072 - TARA_N000000839 (ERX1782228-ERR1712109)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018708Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_072 - TARA_N000000843 (ERX1782185-ERR1711899)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018720Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_066 - TARA_N000000793 (ERX1789656-ERR1719302)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018723Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_046 - TARA_N000000268 (ERX1782137-ERR1712170)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018731Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_151 - TARA_N000002755 (ERX1782345-ERR1712158)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018733Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_040 - TARA_N000000067 (ERX1782259-ERR1711890)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018747Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_022 - TARA_A100000696 (ERX1782435-ERR1712076)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018752Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_070 - TARA_N000000662 (ERX1789652-ERR1719340)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018761Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_137 - TARA_N000002934 (ERX1789455-ERR1719449)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018763Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_040 - TARA_N000000064 (ERX1782288-ERR1711868)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018765Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_152 - TARA_N000002803 (ERX1782330-ERR1712010)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018767Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_041 - TARA_N000000075 (ERX1782420-ERR1711944)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018783Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_039 - TARA_N000000011 (ERX1782442-ERR1712209)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018794Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_111 - TARA_N000001823 (ERX1782102-ERR1711992)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018796Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_004 - TARA_X000000410 (ERX1789505-ERR1719432)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018812Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_040 - TARA_N000000065 (ERX1789716-ERR1719392)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018813Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_066 - TARA_N000000809 (ERX1782297-ERR1712172)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018819Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_137 - TARA_N000002940 (ERX1789719-ERR1719288)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018820Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_036 - TARA_N000000312 (ERX1789518-ERR1719511)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018852Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_100 - TARA_N000001606 (ERX1809471-ERR1739847)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018859Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_039 - TARA_N000000012 (ERX1789645-ERR1719429)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018865Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_111 - TARA_N000001824 (ERX1789688-ERR1719211)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018867Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_065 - TARA_N000000968 (ERX1789681-ERR1719251)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018872Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_025 - TARA_E500000196 (ERX1789513-ERR1719216)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018905Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_152 - TARA_N000002775 (ERX1789358-ERR1719472)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018929Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_072 - TARA_N000000843 (ERX1782134-ERR1712223)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018956Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_072 - TARA_N000000841 (ERX1782332-ERR1711962)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018957Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_151 - TARA_N000002755 (ERX1782215-ERR1712088)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018961Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_152 - TARA_N000002783 (ERX1789414-ERR1719458)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018965Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_149 - TARA_N000002141EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018966Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_100 - TARA_N000001614 (ERX1809469-ERR1739845)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018975Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_131 - TARA_N000002350 (ERX1782140-ERR1711881)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018977Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_111 - TARA_N000001816 (ERX1782322-ERR1711977)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018979Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_153 - TARA_N000002817 (ERX1782403-ERR1712037)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018985Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_020 - TARA_A100000761 (ERX1782416-ERR1711874)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018986Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_018 - TARA_A100000596EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018987Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_038 - TARA_N000000041 (ERX1789590-ERR1719255)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018988Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_098 - TARA_N000001580 (ERX1782315-ERR1711974)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018989Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_152 - TARA_N000002803 (ERX1782326-ERR1711934)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018995Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_128 - TARA_N000002299 (ERX1782426-ERR1711902)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018996Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_072 - TARA_N000000839 (ERX1782178-ERR1712156)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300018999Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_142 - TARA_N000003100 (ERX1782275-ERR1712038)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300019001Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_009 - TARA_X000001043 (ERX1782383-ERR1712007)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300019003Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_153 - TARA_N000002825 (ERX1789479-ERR1719182)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300019004Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_051 - TARA_N000000225 (ERX1782445-ERR1712173)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300019007Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_039 - TARA_N000000011 (ERX1782393-ERR1712012)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300019011Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_076 - TARA_N000000871 (ERX1782184-ERR1712079)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300019017Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_152 - TARA_N000002781EnvironmentalOpen in IMG/M
3300019020Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_153 - TARA_N000002813 (ERX1789673-ERR1719264)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300019033Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_040 - TARA_N000000067 (ERX1782334-ERR1712080)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300019044Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_038 - TARA_N000000041 (ERX1789478-ERR1719328)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300019051Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_040 - TARA_N000000064 (ERX1782232-ERR1712227)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300019053Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_111 - TARA_N000001823 (ERX1782123-ERR1712241)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300019055Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_041 - TARA_N000000073 (ERX1782414-ERR1711963)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300019091Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_078 - TARA_N000001510 (ERX1782237-ERR1711876)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300019115Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_131 - TARA_N000002358 (ERX1782231-ERR1711979)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300019121Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_025 - TARA_A100000394 (ERX1782343-ERR1711910)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300019126Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_022 - TARA_A100000695 (ERX1782402-ERR1712043)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300019127Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_039 - TARA_N000000014 (ERX1782135-ERR1712133)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300019143Metatranscriptome of marine eukaryotic protist communities collected during Tara Oceans survey from station TARA_065 - TARA_N000000963 (ERX1782306-ERR1712244)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300019150Eukaryotic communities of water from different depths collected during the Tara Oceans expedition - TARA_N000000616 (ERX1782105-ERR1711908)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300021865Metatranscriptome of Marine eukaryotic phytoplankton communities from the Antarctic Ocean - ANT-2 (Eukaryote Community Metatranscriptome)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300021928Metatranscriptome of Marine eukaryotic phytoplankton communities from the Atlantic Ocean - Stratiphyt 2011 S9 C1 B7 (Eukaryote Community Metatranscriptome)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300030670Metatranscriptome of marine eukaryotic phytoplankton communities from Antarctic Ocean - PS103-23 (Eukaryote Community Metatranscriptome)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300030702Metatranscriptome of marine eukaryotic phytoplankton communities from Antarctic Ocean - PS103-14 (Eukaryote Community Metatranscriptome)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300031559Metatranscriptome of marine microbial communities from Western Arctic Ocean, Canada - CB4_937_33.10 (Metagenome Metatranscriptome)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300031717Metatranscriptome of marine eukaryotic phytoplankton communities from Antarctic Ocean - PS103-6 (Eukaryote Community Metatranscriptome)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300031729Metatranscriptome of marine eukaryotic phytoplankton communities from South Atlantic Ocean ? PS103-4.R2 (Eukaryote Community Metatranscriptome)EnvironmentalOpen in IMG/M
3300031742Metatranscriptome of marine eukaryotic phytoplankton communities from Antarctic Ocean - PS103-5.R3 (Eukaryote Community Metatranscriptome)EnvironmentalOpen in IMG/M

Geographical Distribution
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Family Sequences

Protein ID Sample Taxon ID Habitat Sequence
Ga0103951_1006136613300008832MarineMKYLLLLVIATVAFAAPAEQEIDEDFVDEVEAPEKRNSELLNSLLALPGGIHRSGKRNSELLNSLLALPGGIHRSGKRNSELLNSLLALPGGIHRSGKRNSELLNSLLALPGGIHRSGKRNSELLNSLLALPGGIHRSGKRNSELLNSLLALPGGIHRSGKRNSELLNSLLALPGGIHRSG*
Ga0103951_1006549713300008832MarineMGAEAKTKEKEKVHLYLATYRWATMKYFLLLVIATVAFAAPAEQDIDEEFDEFEGPDKRNSELLNSLLAVPGGIHRAGKRNSELLNSLLAVPGGIHRAGKRNSELLNSLLAVPGGIHRAGKRNSELLNSLLAVPGGIHRAGKRNSELLNSLLAVPGGIHRAGKRNSELLNSLLAVPGGIHRAGKRNSELLNSLLAVPGGIHRAG*
Ga0103951_1010896613300008832MarineDEVEEVEKRNSELLNSLLAVPGGIHRAGKRNSELLNSLLAVPGGIHRAGKRNSELLNSLLAVPGGIHRAGKRNSELLNSLLAVPGGIHRAGKRNSELLNSLLAVPGGIHRAGKRNSELLNSLLAVPGGIHRAGKRNSELLNSLLAVPGGIHRAG*
Ga0103502_1006963913300008998MarineRKKSFNNIFQRYLTMKYLLLVVIATTALTVHAAPAEIQEDFDEDFADAIEEPVKRNSELLNSLLALPGGIHRSGKRNSELLNSLLALPGGIHRSGKRNSELLNSLLALPGGIHRSGKRNSELLNSLLALPGGIHRSGKRNSELLNSLLALPGGIHRSGKRNSELLNSLLALPGGIHRSGKRNSEYLNSLLALPANIHRSG*
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Ga0103706_1001695113300009022Ocean WaterMKYLLLLVIATVAFAAPAEQEIDEDFVDEVEEVEKRNSELLNSLLAVPGGIHRAGKRNSELLNSLLAVPGGIHRAGKRNSELLNSLLAVPGGIHRAGKRNSELLNSLLAVPGGIHRAGKRNSELLNSLLAVPGGIHRAGKRNSELLNSLLAVPGGIHRAGKRNSELLNSLLAVPGGIHRAG*
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