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A database of Novel Metagenome Protein Families

A database of Novel Metagenome Protein Clusters

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Metagenome / Metatranscriptome Family F027976

Metagenome / Metatranscriptome Family F027976

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Overview Alignments Structure & Topology Gene Neighborhood Phylogeny Ecosystems Sequences
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Overview

Basic Information
Family ID F027976
Family Type Metagenome / Metatranscriptome
Number of Sequences 193
Average Sequence Length 93 residues
Representative Sequence MNNVQQAIRDAAEKGGYRYRWWKVNDLEHNEGYNGLQLRALSEHLHDPDFWKALATARKWEDVNAWRFHWHRFIDHLADGKDAESFFAAL
Number of Associated Samples 141
Number of Associated Scaffolds 193

Quality Assessment
Transcriptomic Evidence Yes
Most common taxonomic group Bacteria
% of genes with valid RBS motifs 19.17 %
% of genes near scaffold ends (potentially truncated) 42.49 %
% of genes from short scaffolds (< 2000 bps) 89.12 %
Associated GOLD sequencing projects 133
AlphaFold2 3D model prediction Yes
3D model pTM-score0.49

Note: High quality evidence is represented by blue. Low quality evidence is represented by red.
Hidden Markov Model
Powered by Skylign

Most Common Taxonomy
Group Bacteria (100.000 % of family members)
NCBI Taxonomy ID 2
Taxonomy All Organisms → cellular organisms → Bacteria

Most Common Ecosystem
GOLD Ecosystem Environmental → Terrestrial → Soil → Unclassified → Unclassified → Vadose Zone Soil
(28.497 % of family members)
Environment Ontology (ENVO) Unclassified
(30.570 % of family members)
Earth Microbiome Project Ontology (EMPO) Free-living → Non-saline → Soil (non-saline)
(47.668 % of family members)



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Multiple Sequence Alignments

Select alignment to view:      
Full Alignment
Alignment of all the sequences in the family.
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IDLabel
.2.4.6.8.10.12.14.16.18.20.22.24.26.28.30.32.34.36.38.40.42.44.46.48.50.52.54.56.58.60.62.64.66.68.70.72.74.76.78.80.82.84.86.88.90.92.94.96.98.100.102.104.106.108.110.112.114.116.118.120.122.124.126.128.130.132.134.136.138.140.142.144.146.148.150.152.154.156.158
1GPIPI_03532680
2E1_07701890
3NODE_070431211
4AP72_2010_repI_A01DRAFT_10747712
5JGI11643J11755_111630511
6AP72_2010_repI_A100DRAFT_10247751
7AP72_2010_repI_A001DRAFT_10360881
8JGI1027J12803_1048070782
9JGI1027J12803_1058893111
10Ga0062595_1009634341
11Ga0066395_101899962
12Ga0066395_108291961
13Ga0066683_103423082
14Ga0066688_101374363
15Ga0066685_109884921
16Ga0066678_101559542
17Ga0066675_100726414
18Ga0066388_1012578882
19Ga0066388_1038213332
20Ga0066388_1066075422
21Ga0008090_137755541
22Ga0008090_154222562
23Ga0070714_1011793521
24Ga0066686_107259551
25Ga0066681_102758651
26Ga0070706_1010328891
27Ga0070696_1006027951
28Ga0066701_102119922
29Ga0066695_106132381
30Ga0066661_108872051
31Ga0066692_106955732
32Ga0066707_100980841
33Ga0066670_108247671
34Ga0066706_107357941
35Ga0066706_110683992
36Ga0066905_1005572202
37Ga0066905_1012470641
38Ga0066903_1000536972
39Ga0066903_1067548322
40Ga0081455_109991291
41Ga0066656_102924682
42Ga0075018_107972721
43Ga0070716_1013161662
44Ga0070712_1013620531
45Ga0070712_1018449471
46Ga0066653_106876091
47Ga0066660_103255812
48Ga0079220_118472091
49Ga0075421_1004041871
50Ga0075430_1004591221
51Ga0075433_106626342
52Ga0075434_1014737482
53Ga0099793_101430562
54Ga0066709_1006034183
55Ga0066709_1013680262
56Ga0066709_1023126742
57Ga0114129_116415601
58Ga0075423_109183501
59Ga0126382_103546392
60Ga0126373_107890932
61Ga0134070_101013312
62Ga0134070_103120331
63Ga0134109_102186591
64Ga0134086_101496262
65Ga0134080_100144701
66Ga0134071_106189272
67Ga0134062_100479493
68Ga0126376_101469362
69Ga0126372_116444861
70Ga0126379_127282021
71Ga0126379_134792961
72Ga0126381_1045372011
73Ga0126383_136080602
74Ga0138513_1000238612
75Ga0120191_100006834
76Ga0137364_101596362
77Ga0137364_104450493
78Ga0137383_102125182
79Ga0137383_108023971
80Ga0137382_107299271
81Ga0137365_100402683
82Ga0137365_101293123
83Ga0137365_102493962
84Ga0137363_100956861
85Ga0137363_102209272
86Ga0137363_111315371
87Ga0137363_112775801
88Ga0137374_101885292
89Ga0137374_102359163
90Ga0137374_103766601
91Ga0137362_101695352
92Ga0137362_111322692
93Ga0137380_102594142
94Ga0137381_109315491
95Ga0137381_109415972
96Ga0137376_102633092
97Ga0137376_103541872
98Ga0137376_104580633
99Ga0137376_114997341
100Ga0137379_101873482
101Ga0137378_105350201
102Ga0137378_109162501
103Ga0137378_110360472
104Ga0137377_101371941
105Ga0137377_109942231
106Ga0137377_109988071
107Ga0137387_110112082
108Ga0137372_101070141
109Ga0137372_101724902
110Ga0137386_105479151
111Ga0137366_104745972
112Ga0137369_102430322
113Ga0137369_105010891
114Ga0137369_105342452
115Ga0137384_103808662
116Ga0137384_108023311
117Ga0137384_109018301
118Ga0137384_115399711
119Ga0137368_101758892
120Ga0137375_107102212
121Ga0137360_101617763
122Ga0137360_102981472
123Ga0137360_108915671
124Ga0137358_100940683
125Ga0157301_102241571
126Ga0137404_104450782
127Ga0137404_112003381
128Ga0126375_115879692
129Ga0163162_110876171
130Ga0134078_101161221
131Ga0137412_113142571
132Ga0137403_103259542
133Ga0137403_109686481
134Ga0134072_104911261
135Ga0132258_114563651
136Ga0132258_125394622
137Ga0132256_1003921672
138Ga0182036_103474123
139Ga0182041_106724641
140Ga0182041_112934132
141Ga0182035_118371361
142Ga0182032_108189941
143Ga0182034_109172332
144Ga0182034_109922451
145Ga0182034_118096171
146Ga0182039_120801731
147Ga0066667_102161563
148Ga0190269_112913861
149Ga0190270_124558251
150Ga0190274_135860951
151Ga0126371_100502498
152Ga0126371_109045101
153Ga0126371_115376222
154Ga0207663_103470523
155Ga0209240_11548461
156Ga0209239_12193611
157Ga0209239_12367741
158Ga0209266_11793782
159Ga0209159_10486033
160Ga0257156_10538521
161Ga0209690_12058491
162Ga0209376_13662971
163Ga0209648_101101365
164Ga0209799_10009661
165Ga0209465_100737753
166Ga0307302_105296102
167Ga0307278_100230381
168Ga0307278_100633901
169Ga0307278_104743912
170Ga0307277_104738991
171Ga0318538_101925273
172Ga0318538_103738782
173Ga0318574_100549371
174Ga0318572_100100359
175Ga0318496_101088873
176Ga0318493_100630271
177Ga0318501_100077951
178Ga0318543_101852051
179Ga0318552_102088961
180Ga0318503_102658481
181Ga0318567_101161591
182Ga0310917_110731081
183Ga0318512_100940663
184Ga0318522_100494693
185Ga0318520_100213681
186Ga0310912_110756122
187Ga0306926_102148953
188Ga0318530_100091447
189Ga0318569_106047691
190Ga0318559_100556684
191Ga0318533_108644032
192Ga0318519_100874934
193Ga0318519_110593832
Powered by MSAViewer


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Structure & Topology

Predicted Secondary Structure and Topology

Predicted Topology & Secondary Structure
Classification: Globular Signal Peptide: No Secondary Structure distribution: α-helix: 55.93%    β-sheet: 0.00%    Coil/Unstructured: 44.07%
Feature Viewer
Position :
0
Zoom :
x 1
+ Add Multiple Variants

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Original

Variant

Get Predictions
Get Predictions

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Original

Variant

102030405060708090MNNVQQAIRDAAEKGGYRYRWWKVNDLEHNEGYNGLQLRALSEHLHDPDFWKALATARKWEDVNAWRFHWHRFIDHLADGKDAESFFAALSequenceα-helicesβ-strandsCoilSS Conf. score
Powered by Feature Viewer

Predicted 3D Structure

Structure Viewer

WebGL does not seem to be available.

This can be caused by an outdated browser, graphics card driver issue, or bad weather. Sometimes, just restarting the browser helps. Also, make sure hardware acceleration is enabled in your browser.

For a list of supported browsers, refer to http://caniuse.com/#feat=webgl.

Per-residue confidence (pLDDT):
  0-50   51-70   71-90   91-100  
pTM-score: 0.49
Powered by PDBe Molstar

Low Quality Model:

This family has a low confidence model (pTM < 0.7) and has not been screened against SCOPe or PDB.


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Gene Neighborhood

Neighboring Pfam domains


Neighboring Clusters of Orthologous Genes (COGs)



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Phylogeny

NCBI Taxonomy

Select NCBI taxonomy Level:

Visualization
All Organisms
Unclassified
100.0%
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Associated Scaffolds





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Environmental Properties

Associated Habitat Types

Select Environment Taxonomy Level:

Visualization
Watersheds
Soil
Vadose Zone Soil
Tropical Forest Soil
Grasslands Soil
Terrestrial
Soil
Agricultural Soil
Soil
Grasslands Soil
Grass Soil
Soil
Forest Soil
Soil
Tropical Forest Soil
Corn, Switchgrass And Miscanthus Rhizosphere
Agricultural Soil
Soil
Arabidopsis Rhizosphere
Tabebuia Heterophylla Rhizosphere
Switchgrass Rhizosphere
Populus Rhizosphere
Arabidopsis Rhizosphere
Sugar Cane Bagasse Incubating Bioreactor
Tropical Rainforest Soil
4.7%28.5%6.2%4.7%13.5%4.1%11.9%5.2%5.7%3.1%3.1%
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Associated Samples


Geographical Distribution
Zoom:     Powered by OpenStreetMap



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Family Sequences

Protein ID Sample Taxon ID Habitat Sequence
GPIPI_035326802088090014SoilMRAKTPPLIGTQPNAVSFEPPSTLGDPRVNSVQQAIREAAEKGGYRYRSWKVNDLQPNEGYNALQLRALPEHLHDPDFWKALASARKWEDVNAWRFHWHRFIDHLADGGDVESFFAAL
E1_077018902170459002Grass SoilMNNVQQAIRDAAENGGYRYRWWKVNDLEHDEGYNGLQLRALSEHFHDPDFWKALATARKWEDVNSWRFHWHRFIDHLADGKDAESFFAGL
NODE_0704312113300000156Sugar Cane Bagasse Incubating BioreactorMNNVQQAIRDAAEKGGYRYRWWKVNDLEHSEGYNGLQLRALSEHLHDPDFWKALAKARKWEDANAWRFHWHRFIDHLADGKDAESFFAAL*
AP72_2010_repI_A01DRAFT_107477123300000579Forest SoilREAAEKGGYRYRSWKVNDLEQNEGYNALQLRALSGHFHDPDFWKALATARKWEDPNAWRFHWHRFIDHLADGKDPESFFATL*
JGI11643J11755_1116305113300000787SoilVNSVQQAIREAAEKGGYRYRSWKVNDLQPNEGYNALQLRALPEHLHDPDFWKALASARKWEDVNAWRFHWHRFIDHLADGGDVESFFAAL*
AP72_2010_repI_A100DRAFT_102477513300000837Forest SoilMNNVQQAIRDAAEKGGYRYRWWKVNDLEHSEGYNGLQLRALSEHLHDPDFWKALAKARKWEDANAWRFHWHRFIDHLADGKDAESFSPLYEKQMLP*
AP72_2010_repI_A001DRAFT_103608813300000893Forest SoilRFPQNEPEVREPMIGQQANVEQAIREAAEKGGYRYRSWKVNDLEQNEGYNALQLRALSGHFHDPDFWKALATARKWEDPNAWRFHWHRFIDHLADGKDPESFFATL*
JGI1027J12803_10480707823300000955SoilMNNVQQAIRDAAEKGGYRYRWWKVNDLKHNEGYNGRQLRALSEHLHDPDFWKALATARKWEDVNAWRFHWHRFIDHLADGKDAESFFAGL*
JGI1027J12803_10588931113300000955SoilMNNVQQAIRDAAEKGGYRYRWWKVNDLEHNEGYNGLQLRALSEHLQDPDFWKALSTARKWDDANAWRFHWHRFIDHL
Ga0062595_10096343413300004479SoilIGTQPNAVSFEPPSTLGDPRVNSVQQAIREAAEKGGYRYRSWKVNDLQPNEGYNALQLRALPEHLHDPDFWKALASARKWEDVNAWRFHWHRFIDHLADGGDVESFFAAL*
Ga0066395_1018999623300004633Tropical Forest SoilMKHVQQAIRDAADRGGYRYRWWKVNDLEQNEGYNGLQLRALIEHLHDPDFWKALAKARKWEDANAWRFHWHRFIDHLADGKDAESFFAAL*
Ga0066395_1082919613300004633Tropical Forest SoilMNNVQQAIRDAAEKGGYRYRWWKVNDLEHSEGYNGLQLRALSEHLHDPDFWKALAKARKWEDANAWRFHWHRFID
Ga0066683_1034230823300005172SoilMPNAVSFEPQATLGDPRVNSVQQAIREAAEKGGYRYRSWKVNDLEPNEGYNALQLRALPEHLHDPDFWKALATARKWEDVNAWRFHWHRFIDHLADGGDVESFFAAL*
Ga0066688_1013743633300005178SoilVLMSAKTPPLMPNAVSFEPQATLGDPRVNSVQQAIREAAEKGGYRYRSWRVNDLEPNEGYNALQLRALPEHLHDPDFWKALATARKWEDVNAWRFHWHRFIDHLADGGDVESFFAAL*
Ga0066685_1098849213300005180SoilPNAVSFEPQSTLGDPRVNSVQQAIREAAEKGGYRYRSWKVNDLEPNEGYNALQLRALPEHLHDPDFWKALATARKWEDVNAWRFHWHRFIDHLADGGDVESFFAAL*
Ga0066678_1015595423300005181SoilYRYRSWKVNDLEPNEGYNALQLRALPEHLHDPDFWKALATARKWEDVNAWRFHWHRFIDHLADGGDVESFFAAL*
Ga0066675_1007264143300005187SoilMPNAVSFEPQATLGDPRVNSVQQAIREAAEKGGYRYRSWRVNDLEPNEGYNALQLRALPEHLHDPDFWKALATARKWEDVNAWRFHWHRFIDHLADGGDVESFFAAL*
Ga0066388_10125788823300005332Tropical Forest SoilMNNIQQAIRDAAEKGGYRYRWWKVNDLEHSGGYNGLQLRALSEHLHDPDFWKALANARKWDDANAWRFHWHRFIDHLADGKDAESFFAAL*
Ga0066388_10382133323300005332Tropical Forest SoilMSSVHQAIRDAVEKGGYRYRWWKVNDLESNEGYNGFQLRALSEHFQDPDFWKALATARRWEDVNAWRFHWRRFIDHLADGKDAESFFASL*
Ga0066388_10660754223300005332Tropical Forest SoilMNNVQQAIRDAAEKGGYRYRWWKVNDLEHSEGYNGLQLRALSEHLHDPDFWKALAKARKWEDANAWRFHWHRFIDHLADGKDAESFFVAL*
Ga0008090_1377555413300005363Tropical Rainforest SoilMNNVQQAIRDAAEKGGYRCRWWKVNDLERNEGYNALQLRALSEHLHDPDFWQALATARKWEDVNAWRFHWHRFVDHLADGKDAES
Ga0008090_1542225623300005363Tropical Rainforest SoilMNNVQQAVRDAAERGEYRYRSWKVNDLEQNEGYNALQLRALPEHLQDPDFWKALAKARKWEDVNAWRFHWHRFIDHLAD
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