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A database of Novel Metagenome Protein Families

A database of Novel Metagenome Protein Clusters

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Metagenome / Metatranscriptome Family F024555

Metagenome / Metatranscriptome Family F024555

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Overview Alignments Structure & Topology Gene Neighborhood Phylogeny Ecosystems Sequences
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Overview

Basic Information
Family ID F024555
Family Type Metagenome / Metatranscriptome
Number of Sequences 205
Average Sequence Length 100 residues
Representative Sequence MLTIKNIEKLYKLNVGNWRIGKVVTLDSSYLMQLYKYNRRETMQVNIERTPIGEGDTALYELWFWEDDSGGAKPIRRLLRKCDFELGPLYVIKNIENMMTLK
Number of Associated Samples 167
Number of Associated Scaffolds 205

Quality Assessment
Transcriptomic Evidence Yes
Most common taxonomic group Unclassified
% of genes with valid RBS motifs 10.29 %
% of genes near scaffold ends (potentially truncated) 25.37 %
% of genes from short scaffolds (< 2000 bps) 78.54 %
Associated GOLD sequencing projects 145
AlphaFold2 3D model prediction Yes
3D model pTM-score0.77

Note: High quality evidence is represented by blue. Low quality evidence is represented by red.
Hidden Markov Model
Powered by Skylign

Most Common Taxonomy
Group Unclassified (69.268 % of family members)
NCBI Taxonomy ID N/A
Taxonomy N/A

Most Common Ecosystem
GOLD Ecosystem Environmental → Aquatic → Marine → Intertidal Zone → Estuary → Estuarine
(26.341 % of family members)
Environment Ontology (ENVO) Unclassified
(53.171 % of family members)
Earth Microbiome Project Ontology (EMPO) Free-living → Non-saline → Water (non-saline)
(54.146 % of family members)



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Multiple Sequence Alignments

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Full Alignment
Alignment of all the sequences in the family.
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IDLabel
.2.4.6.8.10.12.14.16.18.20.22.24.26.28.30.32.34.36.38.40.42.44.46.48.50.52.54.56.58.60.62.64.66.68.70.72.74.76.78.80.82.84.86.88.90.92.94.96.98.100.102.104.106.108.110.112.114.116.118.120
1EsTDRAFT_10159219
2NpDRAFT_100601202
3B570J14230_100414143
4B570J29618_10063933
5B570J29624_1034612
6B570J29624_1112742
7JGI25908J49247_100099593
8JGI25908J49247_101085561
9JGI25910J50241_100174924
10JGI25909J50240_10219302
11JGI25920J50251_100125427
12JGI25920J50251_100926911
13JGI25911J50253_100890101
14JGI25912J50252_100063447
15JGI25925J51416_100686061
16Ga0065166_104068722
17Ga0070374_101639002
18Ga0049083_101603152
19Ga0049081_100835722
20Ga0049080_101878192
21Ga0049085_100242443
22Ga0049082_101642323
23Ga0078894_102915514
24Ga0078894_113878262
25Ga0078894_114177992
26Ga0070743_102849592
27Ga0070744_100094356
28Ga0070744_100167424
29Ga0070744_100597002
30Ga0070744_100875263
31Ga0075464_110881461
32Ga0102873_12094942
33Ga0102874_11233962
34Ga0102875_12005262
35Ga0102877_10659582
36Ga0102879_10253351
37Ga0102879_11171481
38Ga0102879_11565451
39Ga0102880_10633692
40Ga0102881_12101272
41Ga0102821_11163822
42Ga0102913_10911282
43Ga0102915_10930022
44Ga0102915_12488002
45Ga0102918_11793561
46Ga0102921_12282122
47Ga0102923_10572534
48Ga0102896_10789943
49Ga0102896_12765431
50Ga0102872_10899351
51Ga0102863_10185312
52Ga0102863_10658183
53Ga0102870_10501453
54Ga0102870_11743982
55Ga0102869_10656912
56Ga0102903_11363141
57Ga0102894_10704443
58Ga0102894_11561892
59Ga0102901_10696693
60Ga0102876_10778572
61Ga0102902_11705222
62Ga0102912_12080562
63Ga0102862_10912482
64Ga0102859_12641492
65Ga0105746_10607143
66Ga0105747_10080187
67Ga0102893_10657883
68Ga0102893_12343831
69Ga0114341_102719163
70Ga0114346_11891863
71Ga0114336_13007182
72Ga0114337_11041911
73Ga0102891_10283542
74Ga0102891_11193732
75Ga0102887_12483212
76Ga0102889_10787793
77Ga0102831_12211492
78Ga0102829_10137124
79Ga0114980_103334452
80Ga0114977_106133602
81Ga0114981_100304328
82Ga0114966_100759116
83Ga0114974_100125908
84Ga0114976_101948011
85Ga0114971_103787692
86Ga0114982_100340915
87Ga0102883_11648671
88Ga0153799_10715491
89Ga0157203_10057435
90Ga0138284_10754201
91Ga0164293_104896342
92Ga0164292_102701402
93Ga0177922_103036515
94Ga0177922_105662672
95Ga0177922_109127561
96Ga0181356_10277551
97Ga0181356_10788361
98Ga0181343_11631472
99Ga0181358_10154897
100Ga0181357_11214472
101Ga0181349_11652301
102Ga0208201_1055393
103Ga0208234_10027243
104Ga0208223_10192633
105Ga0208232_10016523
106Ga0207941_10045077
107Ga0208856_10203963
108Ga0208599_10285982
109Ga0208852_10192332
110Ga0208082_10458951
111Ga0208485_10380033
112Ga0222713_103743603
113Ga0222713_106375512
114Ga0222712_1000088746
115Ga0222712_101107372
116Ga0181354_11633272
117Ga0181351_11346421
118Ga0181351_11928172
119Ga0214923_100061123
120Ga0214923_103619951
121Ga0214919_102733254
122Ga0244777_100937286
123Ga0244775_1000260929
124Ga0244775_100135336
125Ga0244775_103180831
126Ga0244775_106074422
127Ga0244776_104742282
128Ga0244776_105189652
129Ga0255074_10082251
130Ga0255090_10275321
131Ga0255106_10371812
132Ga0255098_10225012
133Ga0255066_10106153
134Ga0255080_10340312
135Ga0255102_10139443
136Ga0255114_10375103
137Ga0208438_10617302
138Ga0208802_10341741
139Ga0208306_10611322
140Ga0208927_10830041
141Ga0208024_10653312
142Ga0208805_10464903
143Ga0208173_10489672
144Ga0208931_10709412
145Ga0208679_10828782
146Ga0255129_10085705
147Ga0255129_10217134
148Ga0255136_10603761
149Ga0255134_10474702
150Ga0255132_10787691
151Ga0255138_10592312
152Ga0209247_10031336
153Ga0209247_10614632
154Ga0209552_10563222
155Ga0255123_10309511
156Ga0255118_10475092
157Ga0255122_10589971
158Ga0208974_10044424
159Ga0208942_10344284
160Ga0209356_10393404
161Ga0209553_11393912
162Ga0209553_12545031
163Ga0209551_10226162
164Ga0209443_100330817
165Ga0209443_10365116
166Ga0209599_1000126428
167Ga0209297_100099712
168Ga0209087_10373993
169Ga0209087_11813903
170Ga0209597_11222022
171Ga0209084_10283934
172Ga0209444_100360627
173Ga0209296_10487612
174Ga0209770_103655111
175Ga0209086_1001093313
176Ga0209086_101287862
177Ga0209768_100659106
178Ga0209768_100864852
179Ga0209768_101564741
180Ga0209246_101275092
181Ga0209246_102404912
182Ga0209353_102236661
183Ga0209353_103654782
184Ga0209354_102310071
185Ga0209401_10359172
186Ga0334992_0017171_3176_3487
187Ga0334996_0186609_655_960
188Ga0335003_0083287_214_525
189Ga0334991_0194241_90_398
190Ga0335004_0155971_1124_1435
191Ga0335001_0109400_984_1295
192Ga0335020_0410207_227_535
193Ga0335010_0089488_676_987
194Ga0335012_0410284_253_561
195Ga0335029_0311158_580_888
196Ga0335030_0318420_616_924
197Ga0335031_0566648_193_504
198Ga0335036_0581265_361_666
199Ga0335063_0039995_2492_2800
200Ga0335068_0178734_705_1010
201Ga0335054_0173640_424_732
202Ga0335017_0086735_1096_1407
203Ga0335049_0000576_25412_25717
204Ga0335052_0139621_1052_1363
205Ga0335013_0832196_207_512
Powered by MSAViewer


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Structure & Topology

Predicted Secondary Structure and Topology

Predicted Topology & Secondary Structure
Classification: Globular Signal Peptide: No Secondary Structure distribution: α-helix: 21.54%    β-sheet: 29.23%    Coil/Unstructured: 49.23%
Feature Viewer
Position :
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Zoom :
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Original

Variant

Get Predictions
Get Predictions

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Original

Variant

102030405060708090100MLTIKNIEKLYKLNVGNWRIGKVVTLDSSYLMQLYKYNRRETMQVNIERTPIGEGDTALYELWFWEDDSGGAKPIRRLLRKCDFELGPLYVIKNIENMMTLKSequenceα-helicesβ-strandsCoilSS Conf. score
Powered by Feature Viewer

Predicted 3D Structure

Structure Viewer
Per-residue confidence (pLDDT):
  0-50   51-70   71-90   91-100  
pTM-score: 0.77
Powered by PDBe Molstar

Structural matches with SCOPe domains



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Gene Neighborhood

Neighboring Pfam domains


Neighboring Clusters of Orthologous Genes (COGs)



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Phylogeny

NCBI Taxonomy

Select NCBI taxonomy Level:

Visualization
All Organisms
Unclassified
30.7%69.3%
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Associated Scaffolds





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Environmental Properties

Associated Habitat Types

Select Environment Taxonomy Level:

Visualization
Freshwater
Freshwater
Freshwater Lake
Freshwater Lentic
Freshwater
Freshwater, Plankton
Freshwater Lake
Freshwater
Freshwater
Freshwater
Aqueous
Estuary Water
Estuarine
Freshwater And Marine
Estuarine
Estuarine Water
Freshwater And Marine
Deep Subsurface
5.9%20.5%3.4%12.2%8.3%8.3%26.3%4.4%
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Associated Samples


Geographical Distribution
Zoom:     Powered by OpenStreetMap



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Family Sequences

Protein ID Sample Taxon ID Habitat Sequence
EsTDRAFT_101592193300000867Freshwater And MarineMLTIVNIEKLYKQDVGDWRVGKVVTLDSSYLIQLYKHNRRQTKQVNIERTPIGEGAAPLYELWFWADDSGSAKPIRILLDKRDFKLGPSYIIKNIENMMKC*
NpDRAFT_1006012023300000929Freshwater And MarineMLTIVNIEKLYKQDVGEWRVGKVVTLDSSYLIQLYKHNRRETMQVNIERTPIGEGDTALYELWFWEDDSGGAKPIRRLLRKCDFELGPSYVIKNIENMMKC*
B570J14230_1004141433300001282FreshwaterMLTIKNIEKLYKLNVGNWRISKVLTLDSSYLMELKKPNGKKMQVNLERTPIGEGDTALYELWFWEDNSGGAKPIRRLLNKRDLRLGAVPLIKLIEYMMNLK*
B570J29618_100639333300002306FreshwaterMLTIKNIEKLYKLNVGNWRIGKVVTLDSSYLMELRKYNSMDTMQVNIERTPIGEGDTALYELWFWSDDSGGAKPIRRLLRKCDFELGPPY
B570J29624_10346123300002363FreshwaterMLTIKNIEKLTQYGAVEDWRVGKVVTLDSSYLIQLYKHNRRETMQVNIERTPIGEGDTALYELWFWXDDSGGAKPIRRLLRKCDFELGPPYVIKNIENMMNLK*
B570J29624_11127423300002363FreshwaterMLTIKNIEKLYKLNVGNWRIGKVVTLDSSYLMELRKYNSMDTMQVNIERTPIGEGDTALYELWFWSDDSGGAKPIRRLLRKCDFELGPPYVIKNIEN
JGI25908J49247_1000995933300003277Freshwater LakeMLTIVNIEKLYKRDVGEWRVGKVVTLDSSYLIQLYKHNRRQTKQVNIERTPIGEGAAPLYELWFWADDSGSAKPIRRMLSKRDFKLGPSYIIKNIENMMKC*
JGI25908J49247_1010855613300003277Freshwater LakeWRIGKVLTLDSSYLIQLYKHNRMDTKQVNIERTPIGEGDTALYELWFWADDSGTAKPIRRLLRKCDFELGPSYVIKNIENMMIL*
JGI25910J50241_1001749243300003388Freshwater LakeMLTIKNIEKLYKQDVSNWRIGKVLTLDSSYLIQLYKHNRMDTKQVNIERTPIGEGDTALYELWFWADDSGTAKPIRRLLRKCDFELGPSYVIKNIENMMIL*
JGI25909J50240_102193023300003393Freshwater LakeMLTIKNIEKLYKQDVSNWRIGKVVTLDSSYLIQLYKHNRMDTKQVNIERTPIGEGDTALYELWFWADDSGTAKPIRRLLRKCDFELGPSYVIKNIENMMIL*
JGI25920J50251_1001254273300003404Freshwater LakeMLTIKNIEKLYKQDVGEWRIGKVLTLDSSYLIQLYKHNRMDTKQVNIERTPIGEGDTALYELWFWADDSGTAKPIRRLLRKCDFELGPSYVIKNIENMMNLK*
JGI25920J50251_1009269113300003404Freshwater LakeLYKQDVGEWRIGKVVTLDSSYLIKLYKHNRRETMQVNIERTPIGEGDTALYELWFWSDDLGGGIPIRRLLRKCDFELGPLYVIKNIENMMIL*
JGI25911J50253_1008901013300003411Freshwater LakeMLTIKNIEKLYKQDVGEWRIGKVVTLDSSYLIXLYKHNXRETXQVNIERTPIGEGDTALYELWFWSDDLGGGIPIRRLLRKCDFELGPLYVIKNIENMLKC*
JGI25912J50252_1000634473300003412Freshwater LakeMLTIVNIEKLYKRDVGEWRIGKVVTLDSSYLIQLYKHNRRETKQVNIERTPIGEGAAPLYELWFWADDSGSAKPIRRMLSKRDFKLGPSYIIKNIENMMKC*
JGI25925J51416_1006860613300003497Freshwater LakeMLTIVNIEKLYKQDVGEWRIGKVVTLDSSYLIKLYKHNRRETMQVNIERTPIGEGDTALYELWFWSDDLGGGIPIRRLLRKCDFELGPLYVIKNIENMMKC*
Ga0065166_1040687223300004112Freshwater LakeMLTIENISKLYKMDAGIWRVGKVETLDSAYLIKLYKYNRRETMQVNLERNPIGERDTALYELWFWEGNAFGKPIRRLLRKCDFELGPLYVITNIENMMDLK*
Ga0070374_1016390023300005517Freshwater LakeMLTIKNIEKLYKQDVSNWRIGKVLTLDSSYLIQLYKHNRMDTKQVNIERTPIGEGDTALYELWFWADDSGGAKPIRRLLRKCDFELGPSYVIKNIENMMIL*
Ga0049083_1016031523300005580Freshwater LenticMLTIVNIEKLYKQDVGEWRIGKVVTLDSSYLIKLYKHNRRETMQVNIERTPIGEGDTALYELWFWSDDLGGGIPIRRLLRKCDFELGPLYVIKNIENMMIL*
Ga0049081_1008357223300005581Freshwater LenticMLTIKNIEKLTQYGAVEDWRVGKVVTLDSSYLIQLYKHNRRETMQVNIERTPIGEGDTALYELWFWADDSGGAKPIRRLLRKCDFELGPPYVIKNIENMMNLK*
Ga0049080_1018781923300005582Freshwater LenticMLTIKNIEKLYKQDVSNWRIGKVLTLDSSYLIQLYKHNRMDTKQVNIERTPIGEGDTALYELWFWADDSGGAKPIRRLLRKCDFELGPSYVIKNIENMMNLK*
Ga0049085_1002424433300005583Freshwater LenticMLTIVNIEKLYKQDVGEWRIGKVVTLDSSYLIQLYKHNRRQTKQVNIERTPIGEGDTALYELWFWADDSGGAKPIRRLLRKCDFELGPSYVIKNIENMMKC*
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