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A database of Novel Metagenome Protein Families

A database of Novel Metagenome Protein Clusters

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Metagenome / Metatranscriptome Family F012364

Metagenome / Metatranscriptome Family F012364

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Overview Alignments Structure & Topology Gene Neighborhood Phylogeny Ecosystems Sequences
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Overview

Basic Information
Family ID F012364
Family Type Metagenome / Metatranscriptome
Number of Sequences 281
Average Sequence Length 172 residues
Representative Sequence MVGVLAVAGFVLAVLLSTRTVFGRDSENDNGRIARGAGTTIIHGGTGAPNFVPVITTIAFHAERSGAGVTGELDCLALAPPPPGTGPGNGQFTENAMYVAGKVTGASVHEDTATLTGTADITGLGAGTNVPFTFVVHKGGPGSAAVLTVNSLSFPFHEILVQGAFQIDDQK
Number of Associated Samples 165
Number of Associated Scaffolds 281

Quality Assessment
Transcriptomic Evidence Yes
Most common taxonomic group Bacteria
% of genes with valid RBS motifs 59.07 %
% of genes near scaffold ends (potentially truncated) 35.59 %
% of genes from short scaffolds (< 2000 bps) 69.75 %
Associated GOLD sequencing projects 143
AlphaFold2 3D model prediction Yes
3D model pTM-score0.72

Note: High quality evidence is represented by blue. Low quality evidence is represented by red.
Hidden Markov Model
Powered by Skylign

Most Common Taxonomy
Group Bacteria (90.036 % of family members)
NCBI Taxonomy ID 2
Taxonomy All Organisms → cellular organisms → Bacteria

Most Common Ecosystem
GOLD Ecosystem Environmental → Terrestrial → Soil → Unclassified → Unclassified → Vadose Zone Soil
(47.331 % of family members)
Environment Ontology (ENVO) Unclassified
(49.822 % of family members)
Earth Microbiome Project Ontology (EMPO) Host-associated → Plant → Plant rhizosphere
(52.313 % of family members)



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Multiple Sequence Alignments

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Full Alignment
Alignment of all the sequences in the family.
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IDLabel
.2.4.6.8.10.12.14.16.18.20.22.24.26.28.30.32.34.36.38.40.42.44.46.48.50.52.54.56.58.60.62.64.66.68.70.72.74.76.78.80.82.84.86.88.90.92.94.96.98.100.102.104.106.108.110.112.114.116.118.120.122.124.126.128.130.132.134.136.138.140.142.144.146.148.150.152.154.156.158.160.162.164.166.168.170.172.174.176.178.180.182.184.186.188.190.192.194.196.198.200.202.204.206.208.210.212.214.216.218.220.222.224.226.228.230.232.234.236.238.240.242.244.246.248.250.252.254.256.
1INPhiseqgaiiFebDRAFT_1016017182
2INPhiseqgaiiFebDRAFT_1016044172
3JGI12053J15887_100043937
4JGI12053J15887_106005371
5JGI12627J18819_100107735
6JGI12627J18819_100324541
7JGIcombinedJ26739_1000722883
8JGI25616J43925_100240802
9Ga0066395_107830911
10Ga0066684_102168642
11Ga0066687_101775252
12Ga0070706_1001697472
13Ga0070707_1012917621
14Ga0070699_1001723751
15Ga0070730_100119507
16Ga0070730_104075602
17Ga0066697_107398531
18Ga0070695_1003001383
19Ga0070665_1016725881
20Ga0066692_103105442
21Ga0066694_102041842
22Ga0066691_100913562
23Ga0066706_103679192
24Ga0066903_1004540694
25Ga0070765_1001037252
26Ga0066659_109143641
27Ga0066660_107214361
28Ga0075425_1017943911
29Ga0073928_1001074011
30Ga0073928_1001408710
31Ga0073928_101154073
32Ga0073928_105421001
33Ga0075436_1005661092
34Ga0099793_100359213
35Ga0099793_103098301
36Ga0099794_104123991
37Ga0099794_105081891
38Ga0066710_1028534662
39Ga0099829_100630733
40Ga0099829_101393482
41Ga0099829_102247442
42Ga0099829_102857742
43Ga0099830_100838542
44Ga0099830_102716392
45Ga0099830_108355021
46Ga0099830_110293391
47Ga0099830_110866102
48Ga0099828_101937151
49Ga0099828_103075093
50Ga0099828_103933152
51Ga0099828_105038932
52Ga0099828_110810272
53Ga0099827_101269722
54Ga0099827_106959452
55Ga0099827_109676721
56Ga0099827_110969961
57Ga0066709_1001849143
58Ga0099792_110483241
59Ga0105241_113619471
60Ga0134084_104559401
61Ga0134066_104182191
62Ga0134122_102676002
63Ga0126352_11433581
64Ga0150983_123001911
65Ga0137392_100161424
66Ga0137392_100946193
67Ga0137392_101041573
68Ga0137392_101967412
69Ga0137392_103101082
70Ga0137392_104261062
71Ga0137391_101528853
72Ga0137391_102139521
73Ga0137393_102984212
74Ga0137393_106625781
75Ga0137393_108807021
76Ga0137393_109769281
77Ga0137393_114638121
78Ga0137393_117300111
79Ga0137389_100912031
80Ga0137389_104294412
81Ga0137388_102392582
82Ga0137388_102451812
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84Ga0137383_109802041
85Ga0137365_108627371
86Ga0137363_104006452
87Ga0137399_101044543
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89Ga0137399_102604912
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92Ga0137399_110306211
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95Ga0137362_107040071
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98Ga0137376_104813241
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101Ga0137378_100852501
102Ga0137377_101990012
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106Ga0137386_105980221
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110Ga0137360_104468151
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113Ga0137361_103084451
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122Ga0137390_102419732
123Ga0137358_100696393
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142Ga0137419_102162503
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144Ga0137416_100738272
145Ga0137416_101715582
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147Ga0137407_102863951
148Ga0137410_100914061
149Ga0137410_115003021
150Ga0157374_112558721
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152Ga0137418_100075337
153Ga0137418_100351046
154Ga0137418_107307131
155Ga0137409_100388782
156Ga0137403_110444731
157Ga0132255_1026534851
158Ga0134074_13436451
159Ga0066662_109249931
160Ga0066669_103551772
161Ga0137408_12584564
162Ga0193733_10121002
163Ga0193753_101078572
164Ga0179592_103399691
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166Ga0210407_102388851
167Ga0210407_108224952
168Ga0210403_100351732
169Ga0210403_103175252
170Ga0210399_108539101
171Ga0210401_100789413
172Ga0210401_101865161
173Ga0210401_106388941
174Ga0179596_100999611
175Ga0210406_1000327514
176Ga0210406_100194181
177Ga0210406_100410024
178Ga0210406_105051581
179Ga0210400_101866681
180Ga0210405_101630911
181Ga0210405_111314231
182Ga0210408_112187801
183Ga0210396_1000007443
184Ga0210396_100450504
185Ga0210396_115480581
186Ga0210397_100067826
187Ga0210389_102650341
188Ga0210394_114663191
189Ga0210384_100969876
190Ga0210384_101090931
191Ga0210384_104736772
192Ga0210390_100709362
193Ga0210402_101072122
194Ga0210409_100701604
195Ga0210409_105112601
196Ga0210409_106298662
197Ga0242669_10010831
198Ga0212123_1000025153
199Ga0212123_100264034
200Ga0212123_101097682
201Ga0242665_102149171
202Ga0242665_102911011
203Ga0242654_104294001
204Ga0137417_10377612
205Ga0137417_11804501
206Ga0207684_100610553
207Ga0207654_101471131
208Ga0209158_10915882
209Ga0257163_10723981
210Ga0257172_10178232
211Ga0209648_100209725
212Ga0209648_107168241
213Ga0179587_104562162
214Ga0209327_10064981
215Ga0208983_10611971
216Ga0209213_10788081
217Ga0208995_10896571
218Ga0209332_10363221
219Ga0209332_10867622
220Ga0209734_11181631
221Ga0208984_10580481
222Ga0209523_10172322
223Ga0209331_10294742
224Ga0209528_11414841
225Ga0208988_10311901
226Ga0209076_10018562
227Ga0209217_10191002
228Ga0209736_11045301
229Ga0208990_10352452
230Ga0208981_10627421
231Ga0209588_10115572
232Ga0208991_11006842
233Ga0208991_11201771
234Ga0208989_100297703
235Ga0208989_101518622
236Ga0209180_106596681
237Ga0209166_103312861
238Ga0209701_101129961
239Ga0209701_106931391
240Ga0209465_105598001
241Ga0209283_102385461
242Ga0209283_107739811
243Ga0209283_108050261
244Ga0209590_101118372
245Ga0209488_106592221
246Ga0209526_100161336
247Ga0268266_114317101
248Ga0137415_100195237
249Ga0137415_100291024
250Ga0137415_101488363
251Ga0137415_103800282
252Ga0137415_106342431
253Ga0307504_100080291
254Ga0308309_100789482
255Ga0222749_101011781
256Ga0073994_121287792
257Ga0308199_10477421
258Ga0170824_1111738551
259Ga0318541_101456192
260Ga0307476_100816291
261Ga0307476_101162101
262Ga0307476_107004421
263Ga0307474_101635773
264Ga0307474_103829831
265Ga0307474_106734102
266Ga0307469_105540681
267Ga0307477_102639231
268Ga0307478_100753272
269Ga0307478_106528182
270Ga0307479_101588654
271Ga0307479_104958722
272Ga0307479_106559001
273Ga0307479_110382502
274Ga0307479_114005501
275Ga0307479_115080011
276Ga0307470_102368391
277Ga0307471_1028167491
278Ga0310811_100418215
279Ga0310811_100707965
280Ga0310811_106397182
281Ga0372946_0061104_957_1499
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Structure & Topology

Predicted Secondary Structure and Topology

Predicted Topology & Secondary Structure
Classification: Globular Signal Peptide: Yes Secondary Structure distribution: α-helix: 9.55%    β-sheet: 45.73%    Coil/Unstructured: 44.72%
Feature Viewer
Position :
0
Zoom :
x 1
+ Add Multiple Variants

Enter the variants

Position

Original

Variant

Get Predictions
Get Predictions

Enter the variants

Position

Original

Variant

20406080100120140160MVGVLAVAGFVLAVLLSTRTVFGRDSENDNGRIARGAGTTIIHGGTGAPNFVPVITTIAFHAERSGAGVTGELDCLALAPPPPGTGPGNGQFTENAMYVAGKVTGASVHEDTATLTGTADITGLGAGTNVPFTFVVHKGGPGSAAVLTVNSLSFPFHEILVQGAFQIDDQKSequenceα-helicesβ-strandsCoilSS Conf. scoreSignal Peptide
Powered by Feature Viewer

Predicted 3D Structure

Structure Viewer

WebGL does not seem to be available.

This can be caused by an outdated browser, graphics card driver issue, or bad weather. Sometimes, just restarting the browser helps. Also, make sure hardware acceleration is enabled in your browser.

For a list of supported browsers, refer to http://caniuse.com/#feat=webgl.

Per-residue confidence (pLDDT):
  0-50   51-70   71-90   91-100  
pTM-score: 0.72
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Structural matches with SCOPe domains



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Gene Neighborhood

Neighboring Pfam domains


Neighboring Clusters of Orthologous Genes (COGs)



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Phylogeny

NCBI Taxonomy

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All Organisms
Unclassified
90.0%10.0%
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Associated Scaffolds





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Environmental Properties

Associated Habitat Types

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Iron-Sulfur Acid Spring
Soil
Vadose Zone Soil
Terrestrial Soil
Grasslands Soil
Surface Soil
Permafrost
Soil
Grasslands Soil
Soil
Forest Soil
Hardwood Forest Soil
Tropical Forest Soil
Forest Soil
Soil
Corn, Switchgrass And Miscanthus Rhizosphere
Arabidopsis Rhizosphere
Avena Fatua Rhizosphere
Populus Rhizosphere
Corn Rhizosphere
Miscanthus Rhizosphere
Switchgrass Rhizosphere
Boreal Forest Soil
47.3%4.3%14.6%6.4%9.6%
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Associated Samples


Geographical Distribution
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Family Sequences

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Ga0212123_1002640343300022557Iron-Sulfur Acid SpringMPGQHRYSRPVMVGVLAVAGFVFAILLSTRTAFGRDSENDNGGIARGAGTTIIHGGTGAPNFVPVITTIAFHAERSGAGVTGEFECLALAPPPPGTGPGNGQFTENAMYVAGKVTGASVQADTATLTGTADITGLGAGTNVPFTFVVHKGGPGSAAVLTVNSLTFSFHEILVQGAFQIDDQK
Ga0212123_1010976823300022557Iron-Sulfur Acid SpringMGTGSNLYRRIITATLMVASLALAVLFSTRTVSGRDSDSDRKAIAQGGGTTIIHGGTGSPSFIPVITTVAFHAERSNGGAMGEFDCLAFAPEATTGPHSGQLTVNAMYVAGKVTGASAHQDTATLTGVADITGLGAGTNVPFTFVVHKGGPGSTATLTVGTLTFSFNEILVQGAFEVHDQ
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Ga0207684_1006105533300025910Corn, Switchgrass And Miscanthus RhizosphereMGRRLNLYRGVIPRTLMVASLALAMLFSTRTVSGSDSDNGSKEIARGAGTTIIHGGTGSPGFIPVITTVAFHAERSNGGVKGEFDCLALAPEAPTGPHSGQFTVNAMYVVGKITGASVNQDTVTLTGVSDITGLGAGTNVPFTFIARRGGPGATAILTVNSLTFPFNEILVQGAFEVQNQ
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Ga0137415_1063424313300028536Vadose Zone SoilMSKSNVSKSVIAGLLVLASCVLTVLLSTRTVSGRDLENPAGLIARGAGTTIIHGGTGSPGFIPVITTVAFHAERSNGGAKGEFDCLAFAPEAPNGPHSGQLTVNAMYVVGKITGASVHQDTVTLTGVADITGLGAGTNVPFTFIAHRGGPGASATLTVDSLTFPFNEILVQGAFELPDQD
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