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A database of Novel Metagenome Protein Families

A database of Novel Metagenome Protein Clusters

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Metatranscriptome Family F011638

Metatranscriptome Family F011638

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Overview Alignments Structure & Topology Gene Neighborhood Phylogeny Ecosystems Sequences
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Overview

Basic Information
Family ID F011638
Family Type Metatranscriptome
Number of Sequences 288
Average Sequence Length 157 residues
Representative Sequence SAASDTTQIATMADRMWGGVPFTIPSSTAMKYLSGAVKVKRESALAPGGRYNARQTMEREMVGHRFARQEMNDSYENYAKQKMRARTEPKLEPCTGVSKCKLSLRYPMIQTTKTYNGIGWTEPRAEDVLGFVDRRKHLPGYVGGRRLRESIVGGRGV
Number of Associated Samples 184
Number of Associated Scaffolds 288

Quality Assessment
Transcriptomic Evidence Yes
Most common taxonomic group Eukaryota
% of genes with valid RBS motifs 2.09 %
% of genes near scaffold ends (potentially truncated) 93.40 %
% of genes from short scaffolds (< 2000 bps) 99.31 %
Associated GOLD sequencing projects 149
AlphaFold2 3D model prediction No

Note: High quality evidence is represented by blue. Low quality evidence is represented by red.
Hidden Markov Model
Powered by Skylign

Most Common Taxonomy
Group Eukaryota (99.653 % of family members)
NCBI Taxonomy ID 2759
Taxonomy All Organisms → cellular organisms → Eukaryota

Most Common Ecosystem
GOLD Ecosystem Environmental → Aquatic → Marine → Unclassified → Unclassified → Marine
(96.181 % of family members)
Environment Ontology (ENVO) Unclassified
(98.264 % of family members)
Earth Microbiome Project Ontology (EMPO) Free-living → Saline → Water (saline)
(98.958 % of family members)



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Multiple Sequence Alignments

Select alignment to view:      
Full Alignment
Alignment of all the sequences in the family.
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Filter
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Vis.elements
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Extras
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IDLabel
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Structure & Topology

Predicted Secondary Structure and Topology

Predicted Topology & Secondary Structure
Classification: Globular Signal Peptide: No Secondary Structure distribution: α-helix: 40.76%    β-sheet: 3.82%    Coil/Unstructured: 55.41%
Feature Viewer
Position :
0
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Original

Variant

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20406080100120140SAASDTTQIATMADRMWGGVPFTIPSSTAMKYLSGAVKVKRESALAPGGRYNARQTMEREMVGHRFARQEMNDSYENYAKQKMRARTEPKLEPCTGVSKCKLSLRYPMIQTTKTYNGIGWTEPRAEDVLGFVDRRKHLPGYVGGRRLRESIVGGRGVSequenceα-helicesβ-strandsCoilSS Conf. score
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Gene Neighborhood

Neighboring Pfam domains




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Phylogeny

NCBI Taxonomy

Select NCBI taxonomy Level:

Visualization
All Organisms
Unclassified
99.7%
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Associated Scaffolds





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Environmental Properties

Associated Habitat Types

Select Environment Taxonomy Level:

Visualization
Marine
Marine
Surface Ocean Water
Ocean Water
96.2%
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Powered by ApexCharts



Associated Samples


Geographical Distribution
Zoom:     Powered by OpenStreetMap



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Family Sequences

Protein ID Sample Taxon ID Habitat Sequence
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Ga0103706_1009312213300009022Ocean WaterAAGDTTQIATMADRMWGGVPFTIPSSTAMKYLSGAVKVKRESALAPGGRYNARQTMEREMVGHRFARQEMNDSYENYAKQKMRARTEPKLEPCTGVSKCKLSLRYPQIQTTKTYNGIGWTEPRAEEVLGFVDRRRHLPGYVGGRRLRESIVGGRGV*
Ga0103707_1015747313300009025Ocean WaterMADRMWGGVPFTIPSSTAMKYLSGAVKVKRESALAPGGRYNARQTMEREMVGHKFARQEMNDSYENYAKQKMRARTEPKLEPCTGVSKCKLSLRYPQIQTTKTYNGIGWTEPRAEEVLGFVDRRRHLPGYVGGRRLRESIVGGRGV*
Ga0103708_10030522613300009028Ocean WaterQSLVSDTTQVATMADRMWGGVPFTIPSSTAIKYLSGAVKVKRESAIAPGGRYNARQTMEREVVGHKFVRQDMNESYENYAKQKFRARTEPRLEPCTGVSRCKLSLRYPEIQTTKPYNGIGWTEPRAEDVLGFVDRRKHLPGYVGGRRLRDTVFGGRGV*
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